| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,846,045 | T→C | intergenic (‑13/+104) | selD ← / ← ydjA | selenophosphate synthase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,846,045 | 0 | T | C | 89.7% | 650.9 / 57.3 | 243 | intergenic (‑13/+104) | selD/ydjA | selenophosphate synthase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/15); new base C (113/104); total (123/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
CCAACACTTTTGGGGAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGTCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTCTGAATTCCTGCGCCTTTGCTCACAATCCAGACAGTTT > NC_000913/1845954‑1846137 | cAACACTTTTGGGGAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCa > 1:5030257/1‑93 (MQ=255) cTTTTGGGGAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCa > 2:6619492/1‑93 (MQ=255) cTTTTGGGGAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCa > 1:7149436/1‑93 (MQ=255) cTTTTGGGGAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCa > 1:2183788/1‑93 (MQ=255) ttttGGGGAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCaa < 2:1143153/93‑1 (MQ=255) tttGGGGAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAAt < 1:6111683/93‑1 (MQ=255) tttGGGGAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAAt < 1:2827100/93‑1 (MQ=255) tGGGGAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATcc < 2:7501930/93‑1 (MQ=255) tGGGGAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATcc > 2:3113060/1‑93 (MQ=255) tGGGGAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATcc > 2:5915818/1‑93 (MQ=255) gggAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCgg > 2:4355570/1‑93 (MQ=255) ggAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCggg < 2:2986900/93‑1 (MQ=255) ggAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCggg < 1:3385314/93‑1 (MQ=255) gAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGTCAATGCAATCCGGGt < 2:5859959/93‑1 (MQ=255) gAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGt > 2:1703752/1‑93 (MQ=255) gAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGt > 2:6850354/1‑93 (MQ=255) aTTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATg < 1:7201199/93‑1 (MQ=255) ttttACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATgg < 2:69241/93‑1 (MQ=255) ttttACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATgg > 2:5292467/1‑93 (MQ=255) ttttACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATgg > 2:1041155/1‑93 (MQ=255) ttttACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATgg > 1:2225242/1‑93 (MQ=255) cAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAAcc > 1:362143/1‑93 (MQ=255) aGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGTCAATGCAATCCGGGTATGGTAAccc < 2:1416005/93‑1 (MQ=255) aGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGTCAATGCAATCCGGGTATGGTAAccc < 2:5485404/93‑1 (MQ=255) aGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAAccc > 1:3558449/1‑93 (MQ=255) gCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCt > 1:5378394/1‑93 (MQ=255) gCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCt > 2:5157826/1‑93 (MQ=255) gCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCt > 1:4745045/1‑93 (MQ=255) ccGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTc < 2:3477126/93‑1 (MQ=255) cGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCa < 2:3173038/93‑1 (MQ=255) ccAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCGCGCTCATGGACATCTCCTGTCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCg > 1:6224722/1‑93 (MQ=255) cAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGt < 1:5801929/93‑1 (MQ=255) aGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTg < 2:6417926/93‑1 (MQ=255) aGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTg > 1:6010131/1‑93 (MQ=255) gCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGa < 2:6340419/93‑1 (MQ=255) gCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGa < 2:6737268/93‑1 (MQ=255) cTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGaa < 1:5216334/93‑1 (MQ=255) cTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGaa < 1:2776540/93‑1 (MQ=255) tCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAg > 1:4843672/1‑93 (MQ=255) tCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAg > 2:4399923/1‑93 (MQ=255) tCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAg < 1:3209117/93‑1 (MQ=255) tCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAg > 2:4440550/1‑93 (MQ=255) ccGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGt > 2:2504737/1‑93 (MQ=255) ccGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGt > 1:617917/1‑93 (MQ=255) ccGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGt < 2:3121827/93‑1 (MQ=255) cGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑g > 1:228888/1‑93 (MQ=255) gTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑Ga < 1:2545067/93‑1 (MQ=255) tGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GAt < 2:826423/93‑1 (MQ=255) gCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATaa < 2:6167002/93‑1 (MQ=255) cTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAg < 1:1609117/93‑1 (MQ=255) tGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGt > 1:1219952/1‑93 (MQ=255) tGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGt > 1:698000/1‑93 (MQ=255) tGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGt < 1:1467744/93‑1 (MQ=255) tATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTga > 1:6784453/1‑93 (MQ=255) tATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTga > 2:2389924/1‑93 (MQ=255) ttGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGTCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTgaga > 2:712319/1‑93 (MQ=255) ttGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTgaga < 1:4671346/93‑1 (MQ=255) tGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGagag < 2:2580831/93‑1 (MQ=255) gggTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAgt > 1:5433252/1‑93 (MQ=255) gggTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAgt < 2:6949524/93‑1 (MQ=255) gTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAgtgt < 2:7041357/93‑1 (MQ=255) tCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTc < 1:13455/93‑1 (MQ=255) tCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTc > 1:4076743/1‑93 (MQ=255) cAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTCt < 1:3007657/93‑1 (MQ=255) aaaCGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGTGGATAAGTGAGAGGGTCt > 1:2364216/1‑93 (MQ=255) aaaCGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTCTg > 2:5790231/1‑93 (MQ=255) aaCGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTCTGa > 1:3933191/1‑93 (MQ=255) aaCGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTCTGa > 2:1451292/1‑93 (MQ=255) aacGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTCTGAATTcc < 1:4813954/91‑1 (MQ=255) cGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTCTGAATTCCTg < 1:4520975/93‑1 (MQ=255) 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tcCTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTCTGAATTCCTGCGCCTTTGCTCACAATCCAGAc < 2:2822670/93‑1 (MQ=255) ccTGTCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTCTGAATTCCTGCGCCTTTGCTCACAATCCAGACa < 1:913890/93‑1 (MQ=255) ccTGTCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTCTGAATTCCTGCGCCTTTGCTCACAATCCAGACa < 2:1839516/93‑1 (MQ=255) cTGCCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTCTGAATTCCTGCGCCTTTGCTCACAATCCAGACAg < 1:4912524/93‑1 (MQ=255) gTCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTCTGAATTCCTGCGCCTTTGCTCACAATCCAGACAGtt < 2:3765455/93‑1 (MQ=255) gTCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTCTGAATTCCTGCGCCTTTGCTCACAATCCAGACAGtt > 2:2150758/1‑93 (MQ=255) | CCAACACTTTTGGGGAAATTTTACAGCCGCAACCAGCTCCGTGGCTGTATTGGGTCAAACGAATCGAGTTCTCGCTCATGGACATCTCCTGTCAATGCAATCCGGGTATGGTAACCCTCATTCCGTGAAGT‑GATAAGTGAGAGTGTCTGAATTCCTGCGCCTTTGCTCACAATCCAGACAGTTT > NC_000913/1845954‑1846137 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |