| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,852,569 | T→C | T104A (ACC→GCC) | b1770 ← | putative DEOR‑type transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,852,569 | 0 | T | C | 87.9% | 630.1 / 70.8 | 248 | T104A (ACC→GCC) | b1770 | putative DEOR‑type transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/15); new base C (100/118); total (115/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
TGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGATGAA > NC_000913/1852477‑1852660 | tgactgaGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGt < 2:5101227/93‑1 (MQ=255) actgaGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGtac > 2:5034324/1‑93 (MQ=255) actgaGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGcac > 2:5964346/1‑93 (MQ=255) ctgaGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGtact > 2:6197849/1‑93 (MQ=255) gaGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGcactac < 2:4470512/93‑1 (MQ=255) gCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTg < 1:2876057/93‑1 (MQ=255) cAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGa > 2:2616360/1‑93 (MQ=255) cAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGa > 1:619960/1‑93 (MQ=255) aGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGaa < 1:6754201/93‑1 (MQ=255) aGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGaa > 2:5803925/1‑93 (MQ=255) gAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAAt > 2:3731428/1‑93 (MQ=255) aaCATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATc > 2:1851865/1‑93 (MQ=255) aTGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGc < 1:3324914/93‑1 (MQ=255) aTGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGc < 1:2563849/93‑1 (MQ=255) aTGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGc < 2:3451224/93‑1 (MQ=255) aTGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGc < 2:2732152/93‑1 (MQ=255) aTGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGc < 2:2518301/93‑1 (MQ=255) aTGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGc < 1:4742611/93‑1 (MQ=255) aTGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGc > 1:3818378/1‑93 (MQ=255) aaTCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGc > 2:3139042/1‑93 (MQ=255) tCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCa < 1:2064519/93‑1 (MQ=255) tCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCa > 1:991818/1‑93 (MQ=255) cGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCAt < 1:4012734/93‑1 (MQ=255) cTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCAtgg < 1:1098916/93‑1 (MQ=255) ttCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCAtggt > 2:5455532/1‑93 (MQ=255) ttCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCAtggt > 2:5555775/1‑93 (MQ=255) ttCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCAtggt > 1:7077313/1‑93 (MQ=255) ttCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCAtggt < 2:1989053/93‑1 (MQ=255) ttCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCAtggt > 1:92226/1‑93 (MQ=255) ttCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCAtggt < 2:467611/93‑1 (MQ=255) tCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCAtggtg < 1:1397438/93‑1 (MQ=255) cgccgAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATggtggt < 2:1454529/93‑1 (MQ=255) gccgAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGtt < 1:3791896/93‑1 (MQ=255) cgAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGtttt > 2:2434640/1‑93 (MQ=255) cgAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGCGGtttt > 1:7079048/1‑93 (MQ=255) gTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTAtt < 1:5719469/93‑1 (MQ=255) gTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTAtt < 1:2937925/93‑1 (MQ=255) gTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTAtt > 1:5358363/1‑93 (MQ=255) 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cGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAggg < 2:1244194/93‑1 (MQ=255) cGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGCTTTATTGTCGATAAAggg < 2:2157037/93‑1 (MQ=255) tCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTa > 1:6963570/1‑93 (MQ=255) cAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAg < 1:1454246/93‑1 (MQ=255) aGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGt < 2:6516666/93‑1 (MQ=255) gCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGc > 1:4107053/1‑93 (MQ=255) ccACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGcc < 2:3046528/93‑1 (MQ=255) cACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCt > 2:1080647/1‑93 (MQ=255) cACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCt > 2:5691565/1‑93 (MQ=255) cACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCt < 2:3575445/93‑1 (MQ=255) cACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCt > 2:4753644/1‑93 (MQ=255) cACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCt > 2:823580/1‑93 (MQ=255) aCTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCtt < 2:4348280/93‑1 (MQ=255) cTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTg < 1:2602232/93‑1 (MQ=255) tACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGc > 1:1607223/1‑93 (MQ=255) ccTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCaa < 2:6250974/93‑1 (MQ=255) tGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATa < 2:7006264/93‑1 (MQ=255) tGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATa > 2:2337734/1‑93 (MQ=255) gTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATaa < 1:5924426/93‑1 (MQ=255) tAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAg > 2:1575873/1‑93 (MQ=255) tAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAg > 2:7234885/1‑93 (MQ=255) aaCAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAgc < 1:3592385/93‑1 (MQ=255) aaCAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAgc > 2:4280982/1‑93 (MQ=255) aCAATTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGTCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAgct > 1:3111501/1‑93 (MQ=255) aaTTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAgctgc < 1:1149122/93‑1 (MQ=255) aaTTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAgctgc < 2:7089654/93‑1 (MQ=255) aaTTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAgctgc < 1:3251901/93‑1 (MQ=255) aaTTTGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAgctgc < 2:5356671/93‑1 (MQ=255) tttGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCtt < 2:1825281/93‑1 (MQ=255) tttGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCtt < 1:6127939/93‑1 (MQ=255) ttGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTtc < 1:2730140/93‑1 (MQ=255) tGAGCAATTCCATTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTtct < 1:6603509/93‑1 (MQ=255) 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aTTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAAc > 1:1910841/1‑93 (MQ=255) aTTACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAAc < 1:6225258/93‑1 (MQ=255) ttACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACg > 1:5437828/1‑93 (MQ=255) tACGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGa < 1:2828155/93‑1 (MQ=255) aCGGCACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGAt > 2:6650187/1‑93 (MQ=255) gTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGATGaa > 1:6536339/1‑93 (MQ=255) | TGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGATGAA > NC_000913/1852477‑1852660 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |