| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 148,799 | G→A | intergenic (‑4/+8) | panC ← / ← panB | pantothenate synthetase/3‑methyl‑2‑oxobutanoate hydroxymethyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 148,799 | 0 | G | A | 89.1% | 833.2 / 57.7 | 275 | intergenic (‑4/+8) | panC/panB | pantothenate synthetase/3‑methyl‑2‑oxobutanoate hydroxymethyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/16); new base A (117/128); total (131/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
GTAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACGTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGTCGCC > NC_000913/148710‑148890 | gTAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACGTGa < 1:6944422/93‑1 (MQ=255)gTAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGa < 2:3550435/93‑1 (MQ=255)gTAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGa < 1:5926373/93‑1 (MQ=255) tAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGAc < 1:3268730/93‑1 (MQ=255) tAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGAc > 2:4984871/1‑93 (MQ=255) tAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGAc < 1:2290057/93‑1 (MQ=255) gggCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACt > 2:7321141/2‑93 (MQ=255) aGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACt < 2:6315143/93‑1 (MQ=255) ggCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGAcnn > 2:1338658/1‑91 (MQ=255) ggCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTc < 2:4629290/93‑1 (MQ=255) ggCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTc < 1:450465/93‑1 (MQ=255) ggCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTc > 2:6109392/1‑93 (MQ=255) gCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTcc > 2:1680780/1‑93 (MQ=255) gCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTcc < 1:4747796/93‑1 (MQ=255) cACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCt > 1:3533038/1‑93 (MQ=255) cACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCt < 1:6430317/93‑1 (MQ=255) cACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCt < 1:3501166/93‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTa < 2:6824765/93‑1 (MQ=255) ccAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTa > 2:5164550/1‑93 (MQ=255) cAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTaa > 1:3337394/1‑93 (MQ=255) aGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAAt < 1:5385589/93‑1 (MQ=255) aGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAAt < 2:52226/93‑1 (MQ=255) gcCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGa < 2:2154777/93‑1 (MQ=255) cACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACGTGACTCCTTAATGGaaa > 2:4837259/1‑93 (MQ=255) aCGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAAc > 2:235142/1‑93 (MQ=255) gcgcTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACtg < 1:2703595/93‑1 (MQ=255) gcTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACtgtg < 1:1814449/93‑1 (MQ=255) cTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTgtgt > 1:1170974/1‑93 (MQ=255) ttGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACGTGACTCCTTAATGGAAACTGTGtt < 2:6815903/93‑1 (MQ=255) ttGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGtt < 2:3971031/93‑1 (MQ=255) ttGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGtt < 1:1717467/93‑1 (MQ=255) ttGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGtt < 1:614868/93‑1 (MQ=255) tGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCATCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttc < 2:4305403/93‑1 (MQ=255) gCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACGTGACTCCTTAATGGAAACTGTGttct < 1:2454627/93‑1 (MQ=255) gCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttct > 2:4162053/1‑93 (MQ=255) ccTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttctt < 2:2474633/93‑1 (MQ=255) cTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttcttc < 1:5463681/93‑1 (MQ=255) cTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGttcttc > 2:3465010/1‑93 (MQ=255) ttCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCg > 1:753893/1‑93 (MQ=255) tCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGc > 1:4481011/1‑93 (MQ=255) cATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGccc > 1:2981984/1‑93 (MQ=255) aTACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCg > 1:7456916/1‑93 (MQ=255) tACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCgg > 1:5786316/1‑93 (MQ=255) tACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGGTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCgg > 1:2331082/1‑93 (MQ=255) gCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATa > 2:592143/1‑93 (MQ=255) aGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATaaa < 1:6724406/93‑1 (MQ=255) aGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATaaa < 2:4338840/93‑1 (MQ=255) cggcgAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGc < 1:6887150/93‑1 (MQ=255) cggcgAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGc > 2:563038/1‑93 (MQ=255) cggcgAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGc < 1:5049439/93‑1 (MQ=255) ggcgAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAAATAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGcc > 1:6227394/1‑93 (MQ=255) gcgAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACGTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCg > 2:2637325/1‑93 (MQ=255) gcgAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCg < 2:1644141/93‑1 (MQ=255) gcgAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCg > 2:4187413/1‑93 (MQ=255) gcgAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCg < 1:1105146/93‑1 (MQ=255) aaTTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGAc > 2:2107447/1‑93 (MQ=255) aaTTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGAc < 1:7521045/93‑1 (MQ=255) aaTTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGAc > 1:7136401/1‑93 (MQ=255) aaTTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGAc < 1:6290171/93‑1 (MQ=255) tGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCa > 1:3018031/1‑93 (MQ=255) gCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCAc < 2:836305/93‑1 (MQ=255) tGACGCAGCAGCGGCTGGGTTTCGATAATTAACACAACGTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACtt < 1:2779089/93‑1 (MQ=255) aCGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCa < 2:662494/93‑1 (MQ=255) aCGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCa < 1:5590429/93‑1 (MQ=255) gcagcaGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGc > 1:31456/1‑93 (MQ=255) gcagcaGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGc < 2:4028356/93‑1 (MQ=255) agcagcGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACGTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCa > 1:4257711/1‑93 (MQ=255) gcagcGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCat > 2:1603302/1‑93 (MQ=255) cGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATAc < 2:4461268/93‑1 (MQ=255) cGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATAc < 2:5343956/93‑1 (MQ=255) ggCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACt < 2:138694/93‑1 (MQ=255) gCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTg > 1:6044747/1‑93 (MQ=255) gCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTg > 2:3106663/1‑93 (MQ=255) gCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTg > 2:6471661/1‑93 (MQ=255) gCAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTg > 2:290789/1‑93 (MQ=255) cAGGGTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGc > 2:5759950/1‑93 (MQ=255) aGGGTTTCGATAATTAACACAACGTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGcc > 2:3347556/1‑93 (MQ=255) gggTTTCGATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCg > 1:879734/1‑93 (MQ=255) 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gATAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGcc > 1:4871867/1‑93 (MQ=255) aTAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCcg > 1:6503258/1‑93 (MQ=255) aTAATTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCcg > 2:5987652/1‑93 (MQ=255) tAATTAACACAACGTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCcgc < 1:5276309/93‑1 (MQ=255) aTTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCcgcgc > 2:458905/1‑93 (MQ=255) aTTAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCcgcgc > 2:7285076/1‑93 (MQ=255) ttAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCcgcgcg > 1:2912905/1‑93 (MQ=255) ttAACACAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCcgcgcg > 2:3922320/1‑93 (MQ=255) acacAACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGAt > 1:2537349/1‑93 (MQ=255) cacaACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATg < 1:1881026/93‑1 (MQ=255) acaacaTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGt > 1:204151/1‑93 (MQ=255) acaacaTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGt > 1:6830093/1‑93 (MQ=255) caACATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGTc < 1:3082368/93‑1 (MQ=255) aaCATGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGTCg < 2:1984331/93‑1 (MQ=255) | GTAGGCACCAGCGCCACGCGCTTGCCTTCCATACGCAGGCGGCGAATTTGCTGACGCAGCAGCGGCAGGGTTTCGATAATTAACACAACGTGACTCCTTAATGGAAACTGTGTTCTTCGCCCGGATAAACGCCGGACTCCACTTCAGCCATATACTGCCGCACAGCCGCGCGGATGTCGCC > NC_000913/148710‑148890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |