| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,902,757 | T→C | L280P (CTG→CCG) | b1819 → | PTS enzyme IID, mannose‑specific |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,902,757 | 0 | T | C | 84.2% | 508.3 / 88.8 | 228 | L280P (CTG→CCG) | b1819 | PTS enzyme IID, mannose‑specific |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/16); new base C (95/97); total (115/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
TGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCTTTTGGCCCCGTTTTTTTATCTGGAGGATTAATGACAATCACGGACCTGGTAC > NC_000913/1902665‑1902846 | tGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCct < 2:323564/93‑1 (MQ=255) ttGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCccgct > 1:1439382/1‑93 (MQ=255) gTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTgg > 1:2609336/1‑93 (MQ=255) aTGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGa > 1:2846453/1‑93 (MQ=255) aTGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGa > 2:1601335/1‑93 (MQ=255) aTGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGa > 1:3643930/1‑93 (MQ=255) aTGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCCGGGa > 1:4487696/1‑93 (MQ=255) gtgGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACt > 1:6295251/1‑93 (MQ=255) tgGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTg < 2:1314921/93‑1 (MQ=255) ggCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGt > 2:6839354/1‑93 (MQ=255) cTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTaa > 2:5304455/1‑93 (MQ=255) aCTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGa < 1:3375167/93‑1 (MQ=255) tGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACt > 2:2920485/1‑93 (MQ=255) tGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACt > 1:2241997/1‑93 (MQ=255) tGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACt > 1:3085235/1‑93 (MQ=255) tGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACt > 2:5377581/1‑93 (MQ=255) cgcAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACtgt < 1:885974/93‑1 (MQ=255) cgcAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACtgt < 2:732826/93‑1 (MQ=255) gcAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACtgtt < 2:1689173/93‑1 (MQ=255) aaaaaGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTa < 2:3352143/93‑1 (MQ=255) aaaaaGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTa > 2:5154172/1‑93 (MQ=255) aaaaGTTAAACCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTac > 2:2326833/1‑93 (MQ=255) aaaGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTaca < 1:4667516/93‑1 (MQ=255) gTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTa < 2:6140974/93‑1 (MQ=255) gTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTa > 1:119914/1‑93 (MQ=255) gTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTa > 2:1445908/1‑93 (MQ=255) gTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTa > 1:4532903/1‑93 (MQ=255) ttAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑c < 1:1020304/93‑1 (MQ=255) tAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑cc < 2:2697490/93‑1 (MQ=255) aaCCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑g < 1:3365641/93‑1 (MQ=255) cccGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑ggg < 1:4468343/93‑1 (MQ=255) ccGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑gggg > 2:75897/1‑93 (MQ=255) cGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGc > 2:3845087/1‑93 (MQ=255) gCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑gggggc > 1:427528/1‑91 (MQ=255) gCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGcc < 1:4151810/93‑1 (MQ=255) tgtgGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTAC‑CC‑GGGGccg > 1:6371293/1‑92 (MQ=255) tgtgGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CCTGGGGCCt > 2:1212868/1‑93 (MQ=255) tgtgGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCtt < 2:203226/93‑1 (MQ=255) tgtgGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCtt < 1:4357645/93‑1 (MQ=255) gtgGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCttt < 1:4886382/93‑1 (MQ=255) gtgGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCttt < 1:1193417/93‑1 (MQ=255) tgGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCtttt > 2:4574780/1‑93 (MQ=255) tgGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCtttt < 1:6630764/93‑1 (MQ=255) tgGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCtttt > 2:3647485/1‑93 (MQ=255) tgGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCtttt > 2:1958913/1‑93 (MQ=255) tgGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCtttt < 1:1928413/93‑1 (MQ=255) 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tcGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCTTTTGGCCCCg > 2:6199945/1‑93 (MQ=255) cGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCTTTTGGCCCCGt < 1:5629409/93‑1 (MQ=255) gTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCTTTTGGCCCCGtt > 2:5990893/1‑93 (MQ=255) gTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCTTTTGGCCCCGtt > 2:495867/1‑93 (MQ=255) ttGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCTTTTTGCCCCCttt > 2:4287992/1‑93 (MQ=255) tGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCTTTTGGTCCCGtttt > 2:3311671/1‑93 (MQ=255) tGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCTTTTGGCCCCGtttt < 2:2407143/93‑1 (MQ=255) tGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCCGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTA‑‑CC‑GGGGCCTTTTGGCCCCGtttt < 1:6511639/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |