| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,108,221 | A→G | V274A (GTA→GCA) | rfbA ← | glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,108,221 | 0 | A | G | 81.8% | 540.5 / 121.7 | 253 | V274A (GTA→GCA) | rfbA | glucose‑1‑phosphate thymidylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/20); new base G (107/100); total (133/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
ACATCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACTGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCTAATTTTCTTACTTGCTCAACATCAATAAAACCTTTACGAAATGCAATCTCTTCAGGACAGGAAACCTTCAATCCCTGGCGCTCTTCA > NC_000913/2108129‑2108313 | aTCTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACTGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTGCa < 1:375375/93‑1 (MQ=255) cTTCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACTGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTGCAGc < 2:6635027/93‑1 (MQ=255) ttCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACTGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTGCAGCt > 1:234167/1‑93 (MQ=255) ttCAATTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACTGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTACAGCt > 2:7298593/1‑93 (MQ=255) aaTTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACTGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTGCAGCTAAt > 1:4884810/1‑93 (MQ=255) aaTTTCAGTTCTAATCACATTCATTAATTTGAATCCTTCGTCATTTTATAAAGATACTGCCCATAATTATTCTTTATTAGTGGTGCAGCTAAt < 2:4575617/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |