| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,111,112 | T→C | intergenic (‑29/+344) | rfbB ← / ← galF | dTDP‑glucose 4,6 dehydratase/putative a UDP‑gal transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,111,112 | 0 | T | C | 88.9% | 657.7 / 68.9 | 252 | intergenic (‑29/+344) | rfbB/galF | dTDP‑glucose 4,6 dehydratase/putative a UDP‑gal transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/13); new base C (105/119); total (120/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
TTATAATGTGACGAACTACAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ATGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCAT > NC_000913/2111020‑2111204 | tataATGTGACGAACTACAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ATg < 2:5318416/93‑1 (MQ=255) ataATGTGACGAACTACAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGc > 2:6722179/1‑93 (MQ=255) aaTGTGACGAACTACAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ATGCtg > 1:2124390/1‑93 (MQ=255) aaTGTGACGAACTACAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCtg < 2:4475315/93‑1 (MQ=255) aTGTGACGAACTACAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCtgt < 1:4073120/93‑1 (MQ=255) tgtgACGAACTACAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCtgtg > 2:181453/1‑93 (MQ=255) tgtgACGAACTACAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCtgtg > 2:1396570/1‑93 (MQ=255) gtgACGAACTACAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGa > 2:2899677/1‑93 (MQ=255) tgACGAACTACAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGaa < 2:5064415/93‑1 (MQ=255) gACGAACTACAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGaaa < 2:463291/93‑1 (MQ=255) aCGAACTACAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAAt < 2:5849374/93‑1 (MQ=255) gAACTACAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATaa < 1:630684/93‑1 (MQ=255) aaCTACAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAg < 1:12272/93‑1 (MQ=255) aCTACAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGc < 2:4779036/93‑1 (MQ=255) aCAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGc < 2:901043/93‑1 (MQ=255) aCAGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGc > 1:4310539/1‑93 (MQ=255) aGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGctc < 2:6257209/93‑1 (MQ=255) aGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGctc < 2:4187215/93‑1 (MQ=255) aGCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGctc < 1:7398753/93‑1 (MQ=255) aGCTGAAACAAAAAATCCCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGCAACGCTGTGAAATAAGCGGc < 1:6159672/93‑1 (MQ=255) gCTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGctct > 2:4709975/1‑93 (MQ=255) cTGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCtctc < 1:4432585/93‑1 (MQ=255) tGAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCa < 1:673770/93‑1 (MQ=255) gAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAg < 1:3443777/93‑1 (MQ=255) gAACCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAg < 2:4107062/93‑1 (MQ=255) aaCCAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGt < 1:386693/93‑1 (MQ=255) ccAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGttt < 1:1111035/93‑1 (MQ=255) ccAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGttt < 2:6784591/93‑1 (MQ=255) ccAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGttt > 1:6774759/1‑93 (MQ=255) cAATAAAT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTg < 1:7254331/93‑1 (MQ=255) aT‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAAt > 2:426420/1‑93 (MQ=255) t‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATa < 2:3824839/93‑1 (MQ=255) t‑CCTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATa > 1:2206291/1‑93 (MQ=255) ccTACGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATag < 2:4891982/93‑1 (MQ=255) cTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATaga < 2:3070121/93‑1 (MQ=255) cTGCGCCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATaga < 2:6909570/93‑1 (MQ=255) gcgcCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAgg > 2:2198327/1‑93 (MQ=255) cgcCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGt < 2:1587586/93‑1 (MQ=255) gcCACCAGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTa < 2:4007237/93‑1 (MQ=255) ccaccaGTAACAAGTATTTTCACTTAAGTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTAt > 2:6418155/1‑93 (MQ=255) accaGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTa < 1:6474651/93‑1 (MQ=255) ccaGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ATGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTaa > 1:5840606/1‑93 (MQ=255) ccaGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTaa < 1:3541172/93‑1 (MQ=255) ccaGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTaa > 2:5827457/1‑93 (MQ=255) ccaGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTaa < 1:1366940/93‑1 (MQ=255) ccaGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTaa > 2:1700194/1‑93 (MQ=255) caGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAAt < 1:2489009/93‑1 (MQ=255) caGTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAAt < 2:1531752/93‑1 (MQ=255) gTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGc < 2:269618/93‑1 (MQ=255) gTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGc > 2:2395062/1‑93 (MQ=255) gTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGc > 2:5962330/1‑93 (MQ=255) gTAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGc < 1:566684/93‑1 (MQ=255) tAACAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCa > 1:6336727/1‑93 (MQ=255) cAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ATGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGc > 2:7454212/1‑93 (MQ=255) cAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGc < 2:6582581/93‑1 (MQ=255) cAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGc > 2:7499201/1‑93 (MQ=255) cAAGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGc > 1:3222556/1‑93 (MQ=255) aaGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCt > 1:3908921/1‑93 (MQ=255) aGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ATGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTa > 1:2887750/1‑93 (MQ=255) aGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTa < 2:7376200/93‑1 (MQ=255) aGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTa < 1:5522888/93‑1 (MQ=255) aGTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTa > 1:5270349/1‑93 (MQ=255) gTATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTAc < 1:6964206/93‑1 (MQ=255) tATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTAcc < 1:1912638/93‑1 (MQ=255) tATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTAcc > 2:3421963/1‑93 (MQ=255) tATTTTCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTAcc < 2:2112922/93‑1 (MQ=255) tCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGcccc < 2:5196700/93‑1 (MQ=255) tCACTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGcccc < 1:2395858/93‑1 (MQ=255) aCTTAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTg > 2:3259137/1‑93 (MQ=255) ttAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGc > 2:7252308/1‑93 (MQ=255) ttAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGc > 1:1520331/1‑93 (MQ=255) tAATTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCt < 2:3497933/93‑1 (MQ=255) aaTTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCtt > 1:4332944/1‑93 (MQ=255) aaTTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCtt < 1:31684/93‑1 (MQ=255) aaTTTATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCtt < 1:1861198/93‑1 (MQ=255) tttATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTa < 2:5597709/93‑1 (MQ=255) ttATTCCATATTACTTCAGAGC‑ATGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTAc < 1:97393/93‑1 (MQ=255) ttATTCCATATTACTTCAGAGC‑ACGCTGTGAAATAAGCGGCTCTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTAc < 2:2581451/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |