| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,219,147 | T→C | H288R (CAC→CGC) | bglX ← | beta‑D‑glucoside glucohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,219,147 | 0 | T | C | 85.5% | 576.8 / 90.6 | 248 | H288R (CAC→CGC) | bglX | beta‑D‑glucoside glucohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/18); new base C (115/97); total (133/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
TGCTCATGTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGTGCCGTTC > NC_000913/2219055‑2219236 | ctcatgTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGa < 2:2410972/93‑1 (MQ=255) tcatgTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGAt > 1:4808256/1‑93 (MQ=255) tcatgTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGAt > 2:6956302/1‑93 (MQ=255) tgTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCgg < 2:5057138/93‑1 (MQ=255) aTTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACg > 1:499434/1‑93 (MQ=255) ttCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACgg > 1:6880407/1‑93 (MQ=255) ttCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACgg > 1:3768850/1‑93 (MQ=255) tCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGt < 1:5237250/93‑1 (MQ=255) tCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGt < 1:387948/93‑1 (MQ=255) tCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGt < 1:5629391/93‑1 (MQ=255) ccGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTg > 2:5835332/1‑93 (MQ=255) aTTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGc > 1:4005022/1‑93 (MQ=255) tttCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGcc < 2:6037634/93‑1 (MQ=255) tttCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGcc > 1:3190984/1‑93 (MQ=255) ttCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCt < 2:1898076/93‑1 (MQ=255) ttCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCt > 2:500078/1‑93 (MQ=255) ttCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCt < 1:3462825/93‑1 (MQ=255) tCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCtt < 1:2308233/93‑1 (MQ=255) tCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCtt < 1:551573/93‑1 (MQ=255) cAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCttt < 1:217569/93‑1 (MQ=255) aGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTa > 2:3883472/1‑93 (MQ=255) gcgcCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTaa < 1:5164250/93‑1 (MQ=255) cgcCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTaaa < 1:1853063/93‑1 (MQ=255) cgcCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTaaa < 2:407716/93‑1 (MQ=255) gcCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAg > 2:5788430/1‑93 (MQ=255) gcCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAg < 2:4842741/93‑1 (MQ=255) ccACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGc < 2:4615515/93‑1 (MQ=255) cACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGcc > 2:2179257/1‑93 (MQ=255) aCGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGccc > 2:5250540/1‑93 (MQ=255) gcgcACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAGCGGTGATGCCTTTAAAGCCCCa < 2:1062941/93‑1 (MQ=255) cgcACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGATCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCAc < 1:6492592/93‑1 (MQ=255) cACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTg > 1:7044412/1‑93 (MQ=255) aCCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTgg > 2:446268/1‑93 (MQ=255) aCCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTgg > 2:2738517/1‑93 (MQ=255) aCCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTgg > 1:1508022/1‑93 (MQ=255) ccGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGt > 2:5503479/1‑93 (MQ=255) cGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTc < 1:5588823/93‑1 (MQ=255) cATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTcgc > 1:6651322/1‑93 (MQ=255) aTCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTcgcg > 2:5720166/1‑93 (MQ=255) tCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCgcgc > 1:4445082/1‑93 (MQ=255) ttCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAg > 2:5217036/1‑93 (MQ=255) cGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAAc > 1:4760922/1‑93 (MQ=255) gggTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACa < 1:4474598/93‑1 (MQ=255) tCTGCCGCCGTGCCGTGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCt > 2:7487692/1‑93 (MQ=255) tCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCt < 2:6376806/93‑1 (MQ=255) tCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCt < 2:1459080/93‑1 (MQ=255) tCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCt < 2:2764760/93‑1 (MQ=255) cTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCtt < 1:1174187/93‑1 (MQ=255) cTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCtt < 2:5960607/93‑1 (MQ=255) tGCCGCCGTGTCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCttt < 2:7118931/93‑1 (MQ=255) tGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCttt > 1:4549831/1‑93 (MQ=255) tGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCttt < 2:588551/93‑1 (MQ=255) gccgccGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTc > 1:2686237/1‑93 (MQ=255) gccgccGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTc < 1:1762490/93‑1 (MQ=255) cgccgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcag > 1:3748725/1‑93 (MQ=255) gccgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcagc < 2:5347060/93‑1 (MQ=255) gccgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcagc > 2:6188807/1‑93 (MQ=255) gccgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcagc > 1:917517/1‑93 (MQ=255) gccgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcagc < 1:3419314/93‑1 (MQ=255) ccgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcagca < 2:5443478/93‑1 (MQ=255) ccgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcagca < 2:2997406/93‑1 (MQ=255) cgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcagcag < 2:5951571/93‑1 (MQ=255) gTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCagcagc > 2:5367326/1‑93 (MQ=255) tGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGcc > 2:7192304/1‑93 (MQ=255) gCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCa > 1:5404649/1‑93 (MQ=255) gCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCa > 1:3612984/1‑93 (MQ=255) ccATATTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAg < 1:2412148/93‑1 (MQ=255) cATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAgg > 2:318334/1‑93 (MQ=255) cATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAgg > 1:2118411/1‑93 (MQ=255) aTGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGa > 1:2978873/1‑93 (MQ=255) tGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGaa < 1:1280473/93‑1 (MQ=255) tGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGaa < 1:7197760/93‑1 (MQ=255) gTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAAt > 2:1705644/1‑93 (MQ=255) ttAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCg < 1:294792/93‑1 (MQ=255) tAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCgg > 2:3445704/1‑93 (MQ=255) tAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCgg > 1:2637111/1‑93 (MQ=255) aaTCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGa > 1:4205262/1‑93 (MQ=255) aaTCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGa > 2:210001/1‑93 (MQ=255) 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ctctTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGtggc < 1:1960999/93‑1 (MQ=255) tctTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGtggct < 2:4203128/93‑1 (MQ=255) ctTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGtggctg < 2:1275237/93‑1 (MQ=255) ctTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGtggctg > 1:1037423/1‑93 (MQ=255) gATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGt > 2:4298525/1‑93 (MQ=255) gATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGt > 1:2491647/1‑93 (MQ=255) aTTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGTg > 1:672345/1‑93 (MQ=255) aTTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGTg > 2:643082/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |