| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,420,432 | T→C | H235H (CAT→CAC) | b2304 → | putative sugar nucleotide epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,420,432 | 0 | T | C | 79.9% | 497.5 / 136.8 | 259 | H235H (CAT→CAC) | b2304 | putative sugar nucleotide epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/22); new base C (122/85); total (152/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TCAACGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTCCCCGCGACCGCCATTCGACTGTTAATGGGCGAATCTTCAGTACTGGTA > NC_000913/2420341‑2420522 | tCAACGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATg > 1:1004417/1‑93 (MQ=255)tCAACGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATg < 2:3323177/93‑1 (MQ=255) cAACGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATgc < 1:1073091/93‑1 (MQ=255) aaCGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCAcgcg > 2:4176463/1‑93 (MQ=255) aCGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACgcgc > 2:2188372/1‑93 (MQ=255) aCGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACgcgc < 2:2727241/93‑1 (MQ=255) aCGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACgcgc > 1:726892/1‑93 (MQ=255) aCGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACgcgc < 1:1413851/93‑1 (MQ=255) cGGTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCt > 2:6625693/1‑93 (MQ=255) ggTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTc > 2:7000159/1‑93 (MQ=255) ggTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTc < 2:5145269/93‑1 (MQ=255) gTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATGCGCTCg > 2:3741240/1‑93 (MQ=255) gTATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCg > 1:5958827/1‑93 (MQ=255) tATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATGCGCTCgg > 1:2064880/1‑93 (MQ=255) tATTCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCgg > 2:1625251/1‑93 (MQ=255) ttCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCggnn > 2:1873554/1‑91 (MQ=255) ttCTCTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTc > 1:3330089/1‑93 (MQ=255) tctcTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCa < 2:2431890/93‑1 (MQ=255) tctcTGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCa < 2:5098378/93‑1 (MQ=255) ctGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATGCGCTCGGTCATgc < 2:4730779/93‑1 (MQ=255) ctGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATgc > 1:4177624/1‑93 (MQ=255) tGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATgcg > 1:430736/1‑93 (MQ=255) tGGCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATgcg > 1:953636/1‑93 (MQ=255) ggCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATgcgc > 2:3430435/1‑93 (MQ=255) ggCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATgcgc < 2:4603021/93‑1 (MQ=255) ggCTGCTGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATgcgc > 1:378915/1‑93 (MQ=255) gctgctGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCt < 2:573169/93‑1 (MQ=255) gctgctGGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCt < 1:3420341/93‑1 (MQ=255) ctgctgGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTg > 1:5428011/1‑93 (MQ=255) tgctgGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGc > 2:1520979/1‑93 (MQ=255) gctgGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCa > 1:6936028/1‑93 (MQ=255) gctgGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCa > 1:3880024/1‑93 (MQ=255) ctgGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCAt > 2:7145127/1‑93 (MQ=255) ctgGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCAt < 1:4710509/93‑1 (MQ=255) tgGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATc > 2:5415333/1‑93 (MQ=255) tgGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATc > 1:2880251/1‑93 (MQ=255) tgGATAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATc > 2:589131/1‑93 (MQ=255) aTAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGcc < 2:6736077/93‑1 (MQ=255) aTAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGcc > 1:6091831/1‑93 (MQ=255) tAACGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGccc > 1:5013232/1‑93 (MQ=255) aaCGAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCg < 1:2243037/93‑1 (MQ=255) gAGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGcc > 1:4911898/1‑93 (MQ=255) aGCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCa > 2:7162807/1‑93 (MQ=255) gCTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCAt > 2:5511686/1‑93 (MQ=255) cTGCGCGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCAtt < 1:6244089/93‑1 (MQ=255) gcgcGGGCCATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCAtttt > 1:6576244/1‑93 (MQ=255) 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cATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTcc > 2:1754551/1‑93 (MQ=255) cATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTcc > 1:2698908/1‑93 (MQ=255) cATTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTcc > 2:3193985/1‑93 (MQ=255) aTTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTccc > 2:7350815/1‑93 (MQ=255) aTTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTccc < 2:4563314/93‑1 (MQ=255) aTTTAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTccc < 1:6683997/93‑1 (MQ=255) tttAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTcccc < 2:1376313/93‑1 (MQ=255) tttAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTcccc > 1:2395140/1‑93 (MQ=255) tttAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTcccc > 1:1898305/1‑93 (MQ=255) ttAATATGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTCCCcg > 2:156603/1‑93 (MQ=255) atatGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTCCCCGCGa > 1:372340/1‑93 (MQ=255) tatGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTCCCCGCGAc < 2:3546710/93‑1 (MQ=255) tGGTTTCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTCCCCGCGACCg > 1:6427374/1‑93 (MQ=255) tCGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCATGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTCCCCGCGACCGCCAtt > 2:4811458/1‑93 (MQ=255) cGCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTCCCCGCGACCGCCATTc < 1:6543214/93‑1 (MQ=255) gCCCTACCCGGTACGCAATGAACAATTTGCCCACGCGCTCGGTCATGCGCTGCATCGCCCGGCCATTTTGCGCGTCCCCGCGACCGCCATTCg > 2:5612933/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |