Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,637,648 | T→C | V316V (GTA→GTG) | hisS ← | histidine tRNA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,637,648 | 0 | T | C | 84.5% | 628.1 / 100.1 | 271 | V316V (GTA→GTG) | hisS | histidine tRNA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/22); new base C (120/109); total (140/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
TGCCATAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGGTGTTGCACGACCGCCCAGTTGTTCCACAAGACCGTCATAACG > NC_000913/2637558‑2637737 | gCCATAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACt > 2:2760240/1‑93 (MQ=255) cATAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTaa < 2:7211224/93‑1 (MQ=255) aTAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAAc < 1:7259294/93‑1 (MQ=255) aTAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAAc > 2:5343754/1‑93 (MQ=255) aTAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAAc > 1:5969780/1‑93 (MQ=255) tAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACTAACa > 2:5059283/1‑93 (MQ=255) tAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACa > 1:636265/1‑93 (MQ=255) tAGCCGCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACa > 1:5354400/1‑93 (MQ=255) gCAGATTGTGTATCCGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACTAACAATACa < 2:4381706/93‑1 (MQ=255) gCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACa > 2:4008910/1‑93 (MQ=255) gCAGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACa > 2:2228139/1‑93 (MQ=255) aGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAg > 1:2694653/1‑93 (MQ=255) aGATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAg < 1:3244935/93‑1 (MQ=255) gATTGTGTATCAGCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGa < 1:2508559/93‑1 (MQ=255) 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gCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGccc < 2:1315734/93‑1 (MQ=255) gCACCTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGccc < 1:3669865/93‑1 (MQ=255) ccTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATa < 1:5750524/93‑1 (MQ=255) ccTGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATa > 1:3484177/1‑93 (MQ=255) tGAAGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGc > 1:7281845/1‑93 (MQ=255) aGCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCaaa < 2:147903/93‑1 (MQ=255) gCCACCAGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCaaaa > 2:393532/1‑93 (MQ=255) caccaGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAAcc < 1:2435354/93‑1 (MQ=255) ccaGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGa < 1:4784396/93‑1 (MQ=255) ccaGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGa < 1:6710094/93‑1 (MQ=255) ccaGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGa > 2:6988567/1‑93 (MQ=255) caGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGAc > 1:6248435/1‑93 (MQ=255) caGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGAc > 1:3055368/1‑93 (MQ=255) caGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGAc < 2:2520900/93‑1 (MQ=255) caGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGAc > 2:2123847/1‑93 (MQ=255) aGGTATATATCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACa < 1:2673643/93‑1 (MQ=255) 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tatatCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCgg > 1:5942403/1‑93 (MQ=255) atatCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGgt < 2:1565182/93‑1 (MQ=255) tatCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGgtg > 2:4869541/1‑93 (MQ=255) tatCGACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGgtg > 2:3440037/1‑93 (MQ=255) gACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGGTGTTGc > 2:3628533/1‑93 (MQ=255) gACAACAGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGGTGTTGc > 2:666445/1‑93 (MQ=255) acaacaGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGGTGTTGCa < 2:5926732/93‑1 (MQ=255) caacaGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGGTGTTGCAc > 1:7197986/1‑93 (MQ=255) acaaaGGATTCGCCTTAAATTCCGGAATAACCGCCTGTTCTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGGTGTTGCAc < 1:4233687/89‑1 (MQ=255) aacaGGATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGGTGTTGCACg > 2:7006840/1‑93 (MQ=255) ggATCTGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGGTGTTGCACGACCg > 1:5835399/1‑93 (MQ=255) gATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGTACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGGTGTTGCACGACCGc < 2:897880/93‑1 (MQ=255) gATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGGTGTTGCACGACCGc > 2:6572777/1‑93 (MQ=255) gATCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGGTGTTGCACGACCGc > 2:1675632/1‑93 (MQ=255) aTCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGATGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGGTGTTGCACGACCGcc > 2:4338356/1‑93 (MQ=255) aTCGGCTTTAAATTCCGGATTAACGGCCTGCACTAACAATACAAGACGTTCGAGGCCCATAGCAAAACCGACAGCCGGTGTTGCACGACCGcc < 1:6330984/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |