| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,796,560 | T→C | intergenic (‑44/‑625) | stpA ← / → b2670 | StpA/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,796,560 | 0 | T | C | 87.8% | 640.1 / 76.9 | 257 | intergenic (‑44/‑625) | stpA/b2670 | StpA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/14); new base C (118/106); total (136/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGA > NC_000913/2796470‑2796650 | gCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTtcgtcg > 1:6802113/1‑93 (MQ=255)gCACGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTtcgccg < 1:4476449/93‑1 (MQ=255) aCGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCcgcg > 2:3960371/1‑93 (MQ=255) cGGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCcgcgc > 2:2059696/1‑92 (MQ=255) ggAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGTCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTa > 2:4495173/1‑93 (MQ=255) gAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAg < 2:2283752/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |