| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,796,565 | T→C | intergenic (‑49/‑620) | stpA ← / → b2670 | StpA/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,796,565 | 0 | T | C | 87.4% | 655.5 / 80.7 | 263 | intergenic (‑49/‑620) | stpA/b2670 | StpA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/14); new base C (119/110); total (138/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
GGAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAACTC > NC_000913/2796474‑2796655 | ggAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGTCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTa > 2:4495173/1‑93 (MQ=255) gAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAg > 1:6969996/1‑93 (MQ=255) gAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAg < 2:3048543/93‑1 (MQ=255) aGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAgt < 2:1635608/93‑1 (MQ=255) gggTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAgtg < 2:1295427/93‑1 (MQ=255) ggTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAgtgt > 2:904057/1‑93 (MQ=255) 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caaaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGattat < 1:1333890/93‑1 (MQ=255) caaaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGattat < 2:1597124/93‑1 (MQ=255) caaaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGattat > 1:4168267/1‑93 (MQ=255) aaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTAttt < 1:4065969/93‑1 (MQ=255) aaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTAttt < 2:7265903/93‑1 (MQ=255) aaacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTAttt > 1:1763777/1‑93 (MQ=255) aacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTc > 1:7212120/1‑93 (MQ=255) aacaaaaAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTc < 1:730214/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |