| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,359 | C→T | intergenic (‑399/‑130) | gef ← / → nhaA | Gef/pH dependent Na+/H antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,359 | 0 | C | T | 86.4% | 570.5 / 54.3 | 198 | intergenic (‑399/‑130) | gef/nhaA | Gef/pH dependent Na+/H antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/7); new base T (128/43); total (148/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
TTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAA > NC_000913/17269‑17449 | ttaatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGc > 2:7418563/1‑93 (MQ=255)ttaatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGc > 2:5193199/1‑93 (MQ=255) aatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCActgctg > 1:5513181/1‑93 (MQ=255) aatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCActgctg > 1:7126170/1‑93 (MQ=255) aatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCActgctg > 1:3348809/1‑93 (MQ=255) aatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCActgctg > 2:5776414/1‑93 (MQ=255) atCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGa > 2:3383766/1‑93 (MQ=255) tCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGAt > 2:1652597/1‑93 (MQ=255) ccTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATgg > 1:6592731/1‑93 (MQ=255) ccTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATgg > 2:1818663/1‑93 (MQ=255) tCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGgcg > 1:1282278/1‑93 (MQ=255) tCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGgcg > 2:1788048/1‑93 (MQ=255) aGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCa > 1:6248938/1‑93 (MQ=255) aGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCa < 1:4264509/93‑1 (MQ=255) ggAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCaa < 1:3908397/93‑1 (MQ=255) ggAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCaa > 2:2116183/1‑93 (MQ=255) ggAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCaa > 1:2144802/1‑93 (MQ=255) aaTCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAAt > 2:1048620/1‑93 (MQ=255) aaTCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAAt > 2:5922608/1‑93 (MQ=255) aaTCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAAt > 1:2550856/1‑93 (MQ=255) tCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAAttc > 1:1577115/1‑93 (MQ=255) aCCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCaa > 1:7329969/1‑93 (MQ=255) aCCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCaa > 1:2190460/1‑93 (MQ=255) aCCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCaa > 1:2840719/1‑93 (MQ=255) aCCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCaa > 1:6323942/1‑93 (MQ=255) ccTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAAt < 1:3831285/93‑1 (MQ=255) ttAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAg > 1:2993587/1‑93 (MQ=255) ttAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTACTGATGGCGCAAATTCTTCAATAg > 2:4786802/1‑93 (MQ=255) tAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGc < 1:7018816/93‑1 (MQ=255) aGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTc > 1:1374454/1‑93 (MQ=255) aGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTc < 1:4040005/93‑1 (MQ=255) aGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTc > 2:6218325/1‑93 (MQ=255) gCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCg > 2:4526413/1‑93 (MQ=255) gCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCg > 1:4343120/1‑93 (MQ=255) gCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCg > 1:2001800/1‑93 (MQ=255) cTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGt > 2:1007215/1‑93 (MQ=255) tATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTa > 1:513802/1‑93 (MQ=255) tGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTaaa > 2:45892/1‑93 (MQ=255) gATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTaaaa > 2:1220690/1‑93 (MQ=255) gATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGCaaaa > 1:1543439/1‑93 (MQ=255) ttATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTaaaaaa > 2:84390/1‑93 (MQ=255) cTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGaa < 1:1154330/93‑1 (MQ=255) cTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGaa < 2:1079944/93‑1 (MQ=255) tAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAat < 2:748949/93‑1 (MQ=255) tAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAat < 1:5755490/93‑1 (MQ=255) tAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAat < 1:2262250/93‑1 (MQ=255) ggCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAatta < 2:3192933/93‑1 (MQ=255) cTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAattatt > 2:3607954/1‑93 (MQ=255) aGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCt > 2:1145463/1‑93 (MQ=255) gggTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTa > 1:376974/1‑93 (MQ=255) gggTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTa > 2:5375968/1‑93 (MQ=255) gggTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTa > 2:6739506/1‑93 (MQ=255) gggTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTC‑AAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTac > 1:321616/1‑93 (MQ=255) tCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTacac < 2:3709126/93‑1 (MQ=255) tCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTacac < 1:5598331/93‑1 (MQ=255) cACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACt > 2:2663782/1‑93 (MQ=255) aCTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACta > 1:3535151/1‑93 (MQ=255) cTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACtat > 1:698122/1‑93 (MQ=255) cTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACtat > 2:2832138/1‑93 (MQ=255) tCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACtata > 1:25296/1‑93 (MQ=255) tCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACtata > 1:6205343/1‑93 (MQ=255) cGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATaa > 1:6510413/1‑93 (MQ=255) 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aaCGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTg > 2:5084454/1‑93 (MQ=255) cGCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCg > 2:3298870/1‑93 (MQ=255) gCATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCgg > 2:5872183/1‑93 (MQ=255) gCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCgg < 2:1572458/93‑1 (MQ=255) cATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCggg < 2:1974024/93‑1 (MQ=255) cATCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCggg < 2:3143757/93‑1 (MQ=255) aTCTCACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCgggg > 1:1034722/1‑93 (MQ=255) aTCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCgggg > 2:3155833/1‑93 (MQ=255) tctcACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGt > 1:5338419/1‑93 (MQ=255) tctcACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGt > 1:5969409/1‑93 (MQ=255) ctcACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTa > 2:2703425/1‑93 (MQ=255) ctcACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTa > 2:7425959/1‑93 (MQ=255) tcACTGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTaa > 2:2469501/1‑93 (MQ=255) aCCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTaaaa > 1:2131581/1‑93 (MQ=255) | TTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAAAAACGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAA > NC_000913/17269‑17449 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |