| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,406,487 | T→C | L415P (CTT→CCT) | b3258 → | sodium/pantothenate symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,406,487 | 0 | T | C | 84.9% | 723.4 / 116.6 | 311 | L415P (CTT→CCT) | b3258 | sodium/pantothenate symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/27); new base C (123/141); total (143/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
CGCCTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTCA > NC_000913/3406395‑3406577 | cgccTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCt > 1:4156077/1‑93 (MQ=255) cTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTa < 2:3058265/93‑1 (MQ=255) cTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTa < 1:5386855/93‑1 (MQ=255) cTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTa < 2:1685913/93‑1 (MQ=255) cTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTa > 1:3582242/1‑93 (MQ=255) cTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTa > 2:5346325/1‑93 (MQ=255) cTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTa > 1:3335634/1‑93 (MQ=255) cTGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTa > 2:3240595/1‑93 (MQ=255) tGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTAc > 2:1837658/1‑93 (MQ=255) tGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTAc > 1:3908351/1‑93 (MQ=255) tGGAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTAc > 2:4029706/1‑93 (MQ=255) ggAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACt > 1:2339743/1‑93 (MQ=255) ggAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACt < 2:3415042/93‑1 (MQ=255) ggAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACt > 2:4865814/1‑93 (MQ=255) ggAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACt > 2:5046218/1‑93 (MQ=255) ggAAGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACt > 1:5821369/1‑93 (MQ=255) aGCCGCCAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTggg < 1:5756082/93‑1 (MQ=255) gccgccAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGa > 1:1194846/1‑93 (MQ=255) gccAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAAcg > 1:5264463/1‑93 (MQ=255) cAGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAAcgcg > 1:2945329/1‑93 (MQ=255) aGAAATGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTAGGAACgcgc > 2:6745875/1‑93 (MQ=255) aaaTGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgcca > 1:76594/1‑93 (MQ=255) aaTGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaa < 2:2851711/93‑1 (MQ=255) aTGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaac > 2:5864863/1‑93 (MQ=255) aTGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaac > 2:7376541/1‑93 (MQ=255) tGATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaacg > 1:3792957/1‑93 (MQ=255) gATCATCTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGcgccaacgc < 2:3357982/93‑1 (MQ=255) atcTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCaaa > 1:6982458/1‑93 (MQ=255) atcTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCaaa > 1:6722985/1‑93 (MQ=255) atcTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCaaa < 1:5182272/93‑1 (MQ=255) atcTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCaaa < 2:3789416/93‑1 (MQ=255) tcTGGCTGAATTTGTTGACCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAg > 2:5625147/1‑93 (MQ=255) cTGGCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAgg < 1:999317/93‑1 (MQ=255) gCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGgcgc > 1:3604168/1‑93 (MQ=255) gCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGgcgc < 2:6681730/93‑1 (MQ=255) gCTGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGgcgc > 2:7238015/1‑93 (MQ=255) tGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGgcgcgc > 2:861063/1‑93 (MQ=255) tGAATTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGgcgcgc > 1:2212997/1‑93 (MQ=255) aTTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTaa < 1:6404981/93‑1 (MQ=255) aTTTGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTaa < 1:3389778/93‑1 (MQ=255) tttGTTGGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAg > 1:6197371/1‑93 (MQ=255) ttgttgGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGt < 1:1054507/93‑1 (MQ=255) gttgGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGc < 1:1287021/93‑1 (MQ=255) tgGCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCga < 1:4924202/93‑1 (MQ=255) ggCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCgat < 1:2567037/93‑1 (MQ=255) gCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCgatg > 2:3635890/1‑93 (MQ=255) gCCTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCgatg > 2:4177334/1‑93 (MQ=255) cTTCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCgatgat < 2:5123466/93‑1 (MQ=255) ttCGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATc < 2:5931788/93‑1 (MQ=255) cGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTGAGTGCGATGATCGt < 2:6455204/93‑1 (MQ=255) cGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGt < 1:1489484/93‑1 (MQ=255) cGGTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGt < 2:6308804/93‑1 (MQ=255) ggTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGtt < 2:6831420/93‑1 (MQ=255) ggTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGtt < 2:2072759/93‑1 (MQ=255) gTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTg > 1:6548573/1‑93 (MQ=255) gTGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTg < 2:143541/93‑1 (MQ=255) tGGGCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTgg < 1:4572837/93‑1 (MQ=255) ggCTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTggcg < 1:6133499/93‑1 (MQ=255) tGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGgcggcg > 2:7464499/1‑93 (MQ=255) tGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGgcggcg > 2:3868740/1‑93 (MQ=255) gAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTg > 2:5509574/1‑93 (MQ=255) aaGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGc > 2:4820993/1‑93 (MQ=255) aaGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGc < 1:6025201/93‑1 (MQ=255) aaGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGc < 1:685455/93‑1 (MQ=255) aaGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGc < 1:1394909/93‑1 (MQ=255) aGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCt > 2:4412018/1‑93 (MQ=255) gCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTg > 1:7404792/1‑93 (MQ=255) cGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTa < 2:6113030/93‑1 (MQ=255) cGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTa < 1:3145808/93‑1 (MQ=255) cGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTa < 2:2213442/93‑1 (MQ=255) cGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTa > 2:4562541/1‑93 (MQ=255) gTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTAt < 2:7508897/93‑1 (MQ=255) gTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACCGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTAt < 2:2678827/93‑1 (MQ=255) gTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTAt < 1:1685593/93‑1 (MQ=255) gTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTAt > 1:3962118/1‑93 (MQ=255) gTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTAt < 2:466115/93‑1 (MQ=255) ttttCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATg > 1:26675/1‑93 (MQ=255) ttttCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATg < 2:3911002/93‑1 (MQ=255) ttttCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATg > 1:2716188/1‑93 (MQ=255) ttttCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATg > 1:1946535/1‑93 (MQ=255) ttttCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATg < 2:7141525/93‑1 (MQ=255) ttCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGcc > 1:7461983/1‑93 (MQ=255) ttCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGcc > 1:3863936/1‑93 (MQ=255) tCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCg < 1:4846404/93‑1 (MQ=255) ccTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGt < 1:789597/93‑1 (MQ=255) cTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCCTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTa < 2:2957797/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |