Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,429,168 | A→G | A133A (GCT→GCC) | yrdD ← | putative DNA topoisomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,429,168 | 0 | A | G | 78.1% | 569.8 / 188.4 | 311 | A133A (GCT→GCC) | yrdD | putative DNA topoisomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/35); new base G (110/133); total (143/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.11e-01 |
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
TTTCCACATTGTTTACTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAATGTTTTGCCATAACGGGAGCGGCGCTGGACCA > NC_000913/3429076‑3429259 | ccACATTGTTTACTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCt < 2:1848225/93‑1 (MQ=255) cacaTTGTTTACTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGACTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTa > 2:5214064/1‑93 (MQ=255) acaTTGTTTACTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTAt < 2:3549329/93‑1 (MQ=255) caTTGTTTACTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATg > 2:4081003/1‑93 (MQ=255) aTTGTTTACTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATgg < 1:4897150/93‑1 (MQ=255) aTTGTTTACTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATgg > 1:449143/1‑93 (MQ=255) ttGTTTACTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATggg < 1:7065363/93‑1 (MQ=255) tGTTTACTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGt < 1:5319997/93‑1 (MQ=255) gTTTACTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGtt < 1:6446973/93‑1 (MQ=255) tttACTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGttt < 1:464012/93‑1 (MQ=255) tttACTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGttt > 2:5327469/1‑93 (MQ=255) ttACTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTg < 1:2139502/93‑1 (MQ=255) tACTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGa < 1:1399787/93‑1 (MQ=255) aCTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGaa > 2:1173975/1‑93 (MQ=255) aCTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGaa < 1:6910277/93‑1 (MQ=255) aCTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGaa < 2:2957958/93‑1 (MQ=255) aCTGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGaa > 1:3229442/1‑93 (MQ=255) tGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGt > 1:3867383/1‑93 (MQ=255) tGGCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGt > 1:179971/1‑93 (MQ=255) gCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTa < 2:6197325/93‑1 (MQ=255) gCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTa < 1:393695/93‑1 (MQ=255) gCACAAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTa > 1:5702683/1‑93 (MQ=255) cacaAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTaa < 1:7516121/93‑1 (MQ=255) acaAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAAt > 1:4127575/1‑93 (MQ=255) acaAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAAt > 2:5940277/1‑93 (MQ=255) acaAAAGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAAt < 2:5563134/93‑1 (MQ=255) aaaaGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATgg > 1:2592433/1‑93 (MQ=255) aaaaGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATgg > 2:3030823/1‑93 (MQ=255) aaaaGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATgg > 2:4528190/1‑93 (MQ=255) aaaGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGc > 1:5101902/1‑93 (MQ=255) aaGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCa > 1:4023894/1‑93 (MQ=255) aGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCaa > 2:3959286/1‑93 (MQ=255) aGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCaa < 2:2244633/93‑1 (MQ=255) aGTGTTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCaa < 1:1157717/93‑1 (MQ=255) gtgtTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCaaa < 2:7147767/93‑1 (MQ=255) gtTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAAtt < 2:154602/93‑1 (MQ=255) gtTTTACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAAtt < 2:3149980/93‑1 (MQ=255) ttACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGac < 2:3305461/93‑1 (MQ=255) tACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGaca < 2:4318129/93‑1 (MQ=255) tACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGaca > 2:6777745/1‑93 (MQ=255) tACACCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGaca < 2:386124/93‑1 (MQ=255) acacCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGacac > 2:7497576/1‑93 (MQ=255) acacCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGacac < 1:2456936/93‑1 (MQ=255) cacCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACt > 1:6064155/1‑93 (MQ=255) acCCTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTc < 2:5002291/93‑1 (MQ=255) cccTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTTAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTcc > 1:3040411/1‑93 (MQ=255) cccTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTcc > 1:4789414/1‑93 (MQ=255) cccTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTcc < 2:5883251/93‑1 (MQ=255) cccTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTcc < 2:7443244/93‑1 (MQ=255) cccTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTcc > 2:1316547/1‑93 (MQ=255) cTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCgg < 1:7376409/93‑1 (MQ=255) cTGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCgg > 1:7150655/1‑93 (MQ=255) tGCGCGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCggg < 1:5515926/93‑1 (MQ=255) gcgcGGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGt < 1:6615195/93‑1 (MQ=255) cgcgGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTa < 1:2324431/93‑1 (MQ=255) cgcgGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTa < 1:5813417/93‑1 (MQ=255) gcgGTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAg > 1:5573882/1‑93 (MQ=255) ggTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCg > 2:6315847/1‑93 (MQ=255) gTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGa < 1:6000631/93‑1 (MQ=255) gTTTTCTTTTCGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGa > 2:1751547/1‑93 (MQ=255) ttttcttttcGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGAt < 2:6566075/93‑1 (MQ=255) ttttcttttcGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGAt > 2:3741858/1‑93 (MQ=255) cttttcGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATcaca > 2:615899/1‑93 (MQ=255) cttttcGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATcaca < 1:1034538/93‑1 (MQ=255) ttttcGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACaa < 2:1699649/93‑1 (MQ=255) tttcGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAag > 2:5706283/1‑93 (MQ=255) ttcGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAaga < 2:2367186/93‑1 (MQ=255) tcGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAagag < 1:3511362/93‑1 (MQ=255) cGATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGt < 1:243680/93‑1 (MQ=255) gATGAGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTg > 1:1441154/1‑93 (MQ=255) aGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAAt < 2:1987013/93‑1 (MQ=255) aGTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAAt < 2:363256/93‑1 (MQ=255) gTAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAATg > 1:7013464/1‑93 (MQ=255) tAGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAATGt > 1:6345123/1‑93 (MQ=255) aGCGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAATGtt < 1:815131/93‑1 (MQ=255) cGGATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAATGtttt < 1:1900962/93‑1 (MQ=255) gATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAATGTTTTGc > 1:3405686/1‑93 (MQ=255) gATAATGACACTCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCAATCACAAGAGTGAAATGTTTTGc > 2:5109485/1‑93 (MQ=255) 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acTCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAATGTTTTGCCATAACggg < 2:267693/93‑1 (MQ=255) tCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAATGTTTTGCCATAACGGGAg < 1:3296525/93‑1 (MQ=255) tCAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAATGTTTTGCCATAACGGGAg > 1:4391564/1‑93 (MQ=255) tCAGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAATGTTTTGCCATAACGGGAg > 2:6918392/1‑93 (MQ=255) tCAAGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAATGTTTTGCCATAACGGGAg < 2:4726413/93‑1 (MQ=255) cAGGGCATTCTCCGGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAATGTTTTGCCATAACGGGAgc < 2:4900106/93‑1 (MQ=255) aGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAATGTTTTGCCATAACGGGAgcg < 1:2833234/93‑1 (MQ=255) aGGGCATTCTCCAGCTATGGGTTTGAAGTTAATGGCAAATTGACACTCCGGGTAGCGATCACAAGAGTGAAATGTTTTGCCATAACGGGAgcg < 1:695352/93‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |