| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,471,916 | C→T | G92S (GGT→AGT) | rpsL ← | 30S ribosomal subunit protein S12 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,471,916 | 0 | C | T | 88.3% | 950.4 / 71.8 | 318 | G92S (GGT→AGT) | rpsL | 30S ribosomal subunit protein S12 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/29); new base T (149/131); total (158/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.57e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.22e-02 | |||||||||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
GGACGCTTCACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACCCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAGTCACTTC > NC_000913/3471825‑3472006 | ggACGCTTCACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACAccc > 2:6926335/1‑93 (MQ=255) aCGCTTCACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACCCgg < 1:1124188/93‑1 (MQ=255) gCTTCACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGa < 1:1406907/93‑1 (MQ=255) ttCACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAgg > 1:5896353/1‑93 (MQ=255) ttCACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAgg < 1:5008814/93‑1 (MQ=255) ttCACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAgg > 1:3790338/1‑93 (MQ=255) cACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTc < 2:586386/93‑1 (MQ=255) cACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACCCGGGAGGTc < 1:262713/93‑1 (MQ=255) gCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCttt < 2:2968636/93‑1 (MQ=255) aTACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAac < 2:2798311/93‑1 (MQ=255) tACTTGGAACGAGTCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAaca > 2:5819882/1‑93 (MQ=255) tACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAaca < 1:460848/93‑1 (MQ=255) tACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAaca < 2:1874159/93‑1 (MQ=255) tACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAaca < 1:4475826/93‑1 (MQ=255) tACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAaca < 1:3895859/93‑1 (MQ=255) tACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACCCGGGAGGTCTTTAaca < 1:820621/93‑1 (MQ=255) ttGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGa > 1:2053113/1‑93 (MQ=255) ttGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGa < 2:3504935/93‑1 (MQ=255) tGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGAc < 2:5668286/93‑1 (MQ=255) tGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGAc < 1:7013478/93‑1 (MQ=255) tGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGAc > 1:6020104/1‑93 (MQ=255) tGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGAc < 1:5354311/93‑1 (MQ=255) tGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACCCGGGAGGTCTTTAACACGAc < 2:6311581/93‑1 (MQ=255) ggAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGAcc < 1:292953/93‑1 (MQ=255) aaCGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGc < 2:1128721/93‑1 (MQ=255) aCGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGcc > 1:626016/1‑93 (MQ=255) gAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCAc < 1:4931696/93‑1 (MQ=255) aGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACg > 1:3235229/1‑93 (MQ=255) aGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACg > 2:6352223/1‑93 (MQ=255) aGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACg > 1:210170/1‑93 (MQ=255) gCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACgg > 2:2304644/1‑93 (MQ=255) ccTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACgga < 2:6023616/93‑1 (MQ=255) tGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACggatc > 2:2696883/1‑93 (MQ=255) tGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACggatc > 1:3597043/1‑93 (MQ=255) tGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACggatc > 2:117266/1‑93 (MQ=255) tGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACggatc < 2:683793/93‑1 (MQ=255) tGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACCCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACggatc < 2:4603706/93‑1 (MQ=255) gCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACggatca < 2:7013788/93‑1 (MQ=255) gCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACggatca > 1:6857699/1‑93 (MQ=255) gCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACggatca < 2:1784358/93‑1 (MQ=255) cTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACggatcag > 2:4303583/1‑93 (MQ=255) cTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACggatcag > 2:5415403/1‑93 (MQ=255) tACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACggatcagga > 2:2020383/1‑93 (MQ=255) tACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACggatcagga < 2:3604883/93‑1 (MQ=255) cGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACggatcaggatc > 2:5313361/1‑93 (MQ=255) cGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACggatcaggatc > 1:1040413/1‑93 (MQ=255) gTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCAc < 2:3651872/93‑1 (MQ=255) tCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACg < 2:942029/93‑1 (MQ=255) tCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACg > 1:5657316/1‑93 (MQ=255) cTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACgg > 1:1165067/1‑93 (MQ=255) tttAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGa > 1:5263898/1‑93 (MQ=255) ttAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAg < 2:7389348/93‑1 (MQ=255) ttAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAg < 2:7164687/93‑1 (MQ=255) tAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACCCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGt < 2:434731/93‑1 (MQ=255) aCGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGc < 1:7367696/93‑1 (MQ=255) ccGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTcc < 2:1401545/93‑1 (MQ=255) ccGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTcc > 2:327355/1‑93 (MQ=255) cGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCt > 1:915837/1‑93 (MQ=255) cGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACCCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCt < 2:7332065/93‑1 (MQ=255) ggAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTg > 2:4797315/1‑93 (MQ=255) gAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGc > 2:5549976/1‑93 (MQ=255) gTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGtt > 1:7500304/1‑93 (MQ=255) gTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGtt < 2:6514530/93‑1 (MQ=255) tCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTtg < 1:655791/93‑1 (MQ=255) cAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTtgt < 1:3974509/93‑1 (MQ=255) cAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTtgt < 2:2175309/93‑1 (MQ=255) cAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTtgt < 2:6099944/93‑1 (MQ=255) gcgcACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGAc < 1:1209220/93‑1 (MQ=255) gcACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCt > 2:4121628/1‑93 (MQ=255) accacGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTc > 1:5622302/1‑93 (MQ=255) cacGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTcac > 1:7422717/1‑93 (MQ=255) cacGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTcac > 1:223126/1‑93 (MQ=255) acGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTcacc > 2:523716/1‑93 (MQ=255) cGTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTcacca > 2:208050/1‑93 (MQ=255) gTACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTcaccac < 1:3526157/93‑1 (MQ=255) tACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCAGGGTTGTGACTTTaacaac > 1:2357280/1‑93 (MQ=255) tACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCaccacc > 1:1676797/1‑93 (MQ=255) tACGGTGTGGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCaccacc < 1:3159295/93‑1 (MQ=255) 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tgGTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAg < 2:3127960/93‑1 (MQ=255) gTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGa > 1:1953073/1‑93 (MQ=255) gTAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGa < 1:5595771/93‑1 (MQ=255) tAACGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGaa > 2:2543083/1‑93 (MQ=255) aaCGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAg < 1:6666747/93‑1 (MQ=255) aCGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAGt < 2:1556795/93‑1 (MQ=255) aCGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAGt > 2:6004723/1‑93 (MQ=255) aCGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAGt < 2:1470190/93‑1 (MQ=255) cGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAGTc < 1:1531237/93‑1 (MQ=255) cGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAGTc > 2:4721481/1‑93 (MQ=255) cGAACACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAGTc > 1:7127778/1‑93 (MQ=255) aaCACTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAGTCAc > 2:910536/1‑93 (MQ=255) acacTCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAGTCACt < 1:6314822/93‑1 (MQ=255) acCCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGCAGGAAGTCACTTc < 1:4124353/93‑1 (MQ=255) | GGACGCTTCACGCCATACTTGGAACGAGCCTGCTTACGGTCTTTAACGCCGGAGCAGTCAAGCGCACCACGTACGGTGTGGTAACGAACACCCGGGAGGTCTTTAACACGACCGCCACGGATCAGGATCACGGAGTGCTCCTGCA‑GGTTGTGACCTTCACCACCGATGTAGGAAGTCACTTC > NC_000913/3471825‑3472006 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |