| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,494,555 | T→C | intergenic (+41/‑85) | nirD → / → nirC | nitrite reductase (NAD(P)H) subunit/Nitrite transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,494,555 | 0 | T | C | 86.0% | 667.3 / 94.3 | 278 | intergenic (+41/‑85) | nirD/nirC | nitrite reductase (NAD(P)H) subunit/Nitrite transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/31); new base C (41/198); total (49/229) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
AACATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTTATTTTTTAAAGGATAATCAAATGTT > NC_000913/3494465‑3494644 | aaCATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGccc < 2:3045452/93‑1 (MQ=255) cATTACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTg < 1:2088708/93‑1 (MQ=255) tACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGtaa < 2:6384491/93‑1 (MQ=255) tACGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGtaa > 2:6034159/1‑93 (MQ=255) aCGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGtaat < 2:814252/93‑1 (MQ=255) cGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGtaata < 1:4741535/93‑1 (MQ=255) cGAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGtaata < 1:23993/93‑1 (MQ=255) gAAGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGtaataa < 1:4354558/93‑1 (MQ=255) aGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATc < 1:3390790/93‑1 (MQ=255) aGCGCGAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATc > 1:4296355/1‑93 (MQ=255) gcgAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTc < 2:625291/93‑1 (MQ=255) gcgAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTc < 2:5083680/93‑1 (MQ=255) gcgAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTc < 2:5704478/93‑1 (MQ=255) gcgAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTc > 2:1629760/1‑93 (MQ=255) gcgAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTc < 2:7463530/93‑1 (MQ=255) cgAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCg < 2:4127584/93‑1 (MQ=255) gAGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCgg < 2:2440797/93‑1 (MQ=255) aGTGAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGt > 2:2309876/1‑93 (MQ=255) gAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGtata < 1:5648123/93‑1 (MQ=255) gAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGtata < 2:4542702/93‑1 (MQ=255) gAAAGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGtata < 1:161231/93‑1 (MQ=255) aaaGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTatat < 2:4691344/93‑1 (MQ=255) aaaGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTatat < 1:5433643/93‑1 (MQ=255) aaGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATAtt < 2:6875843/93‑1 (MQ=255) aaGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATAtt < 1:3210532/93‑1 (MQ=255) aaGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATAtt < 2:1423128/93‑1 (MQ=255) aaGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATAtt < 2:6956586/93‑1 (MQ=255) aGACGGTGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTg < 1:251906/93‑1 (MQ=255) aGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTg < 2:6170209/93‑1 (MQ=255) aGACGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTg < 2:35817/93‑1 (MQ=255) aCGGCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCa < 2:2343922/93‑1 (MQ=255) ggCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAgg < 1:1979656/93‑1 (MQ=255) gCGTGGTGCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGa < 1:3859861/93‑1 (MQ=255) gtggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACa < 2:2806706/93‑1 (MQ=255) gtggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACa < 1:6386401/93‑1 (MQ=255) gtggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACa > 1:5936038/1‑93 (MQ=255) gtggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACa < 1:5889520/93‑1 (MQ=255) gtggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACa < 1:1072610/93‑1 (MQ=255) tggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAt < 2:7297017/93‑1 (MQ=255) tggtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAt < 1:2711036/93‑1 (MQ=255) gtgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAttt < 1:2971113/93‑1 (MQ=255) tgCAGCTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACAtttt < 2:368033/93‑1 (MQ=255) cTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTaaa < 1:3905705/93‑1 (MQ=255) cTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTaaa < 2:1498846/93‑1 (MQ=255) cTGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTaaa < 2:6296266/93‑1 (MQ=255) tGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAAc < 2:3163543/93‑1 (MQ=255) tGCGCGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAAc < 2:4387507/93‑1 (MQ=255) gcgcGGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACt > 1:2221733/1‑93 (MQ=255) gcgGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACttt < 2:3432611/93‑1 (MQ=255) gcgGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACttt < 2:340035/93‑1 (MQ=255) gcgGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACttt < 1:448829/93‑1 (MQ=255) gcgGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACttt < 1:2474457/93‑1 (MQ=255) gcgGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACttt < 1:4577355/93‑1 (MQ=255) cgGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACtttt < 1:654844/93‑1 (MQ=255) cgGTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACtttt > 1:4813941/1‑93 (MQ=255) ggTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACttttt < 1:1677062/93‑1 (MQ=255) gTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTg < 1:1231436/93‑1 (MQ=255) gTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTg > 2:4297536/1‑93 (MQ=255) gTTAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTg < 1:6178192/93‑1 (MQ=255) ttAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGt < 1:5120091/93‑1 (MQ=255) tAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGtt < 2:7259876/93‑1 (MQ=255) tAATGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGtt < 2:1018426/93‑1 (MQ=255) aaTGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGttt < 1:7468307/93‑1 (MQ=255) aaTGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGttt < 2:1284482/93‑1 (MQ=255) aTGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGtttt < 1:517028/93‑1 (MQ=255) aTGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGtttt > 2:2998029/1‑93 (MQ=255) aTGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGtttt > 2:2538069/1‑93 (MQ=255) tGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTa < 1:4957117/93‑1 (MQ=255) tGTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTa < 1:4027310/93‑1 (MQ=255) gTTTTAACGGGAGGCGCAATGCCTGCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAt < 2:4785764/93‑1 (MQ=255) ttttAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGTCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAtt < 1:1031180/93‑1 (MQ=255) ttttAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAtt < 2:913921/93‑1 (MQ=255) ttttAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAtt < 2:3344593/93‑1 (MQ=255) ttttAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAtt < 2:1261358/93‑1 (MQ=255) ttttAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAtt < 2:2131237/93‑1 (MQ=255) ttttAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAtt < 2:5783381/93‑1 (MQ=255) tttAACGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAttt < 2:7398699/93‑1 (MQ=255) accGGGAGGCGCAATGCCTCCCCTTTTTGCATGGCCCTGTAATAATCTTCGGTATATTGCAGGACATTTTTTAAACTTTTTGTTTTAtttttt < 1:3709237/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |