Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,522,805 | A→G | Y774C (TAC→TGC) | mrcA → | penicillin‑binding protein 1A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,522,805 | 0 | A | G | 84.3% | 684.1 / 119.1 | 306 | Y774C (TAC→TGC) | mrcA | penicillin‑binding protein 1A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/24); new base G (137/120); total (161/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.34e-02 |
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
GTGACCTCGGTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGC > NC_000913/3522714‑3522894 | tgACCTCGGTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCg > 2:4073677/1‑93 (MQ=255) gACCTCGGTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGa > 1:6638325/1‑93 (MQ=255) aCCTCGGTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGaa > 1:3841770/1‑93 (MQ=255) ccTCGGTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAg > 2:4037083/1‑93 (MQ=255) cTCGGTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAgg > 1:1759338/1‑93 (MQ=255) tCGGTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGc < 1:3747479/93‑1 (MQ=255) cGGTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCg > 1:31996/1‑93 (MQ=255) gTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGt > 2:1323689/1‑93 (MQ=255) cTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGc > 2:7047549/1‑93 (MQ=255) cTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGc > 1:5149567/1‑93 (MQ=255) ggATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCa > 1:5740130/1‑93 (MQ=255) ggATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCa > 2:3130510/1‑93 (MQ=255) gATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCaa > 2:6883960/1‑93 (MQ=255) aTTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAag > 1:3582144/1‑93 (MQ=255) ttGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAaga < 1:1837651/93‑1 (MQ=255) ttGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAaga > 2:5607106/1‑93 (MQ=255) ttGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAaga < 2:6634760/93‑1 (MQ=255) tGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAagag < 1:617538/93‑1 (MQ=255) ggCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGt < 2:6200533/93‑1 (MQ=255) gCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTg < 1:2433948/93‑1 (MQ=255) ttGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGccc < 2:3718145/93‑1 (MQ=255) ttGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGccc > 1:3483662/1‑93 (MQ=255) 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tcgtAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGa > 2:5390007/1‑93 (MQ=255) tcgtAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGa < 2:492231/93‑1 (MQ=255) nntAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGAc < 1:2571683/91‑1 (MQ=255) cgtAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGAc < 2:6372702/93‑1 (MQ=255) gtAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACg < 2:3809597/93‑1 (MQ=255) gtAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACg > 1:2967144/1‑93 (MQ=255) gtAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACg > 2:5227894/1‑93 (MQ=255) tAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGc < 2:720933/93‑1 (MQ=255) tAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGc > 2:1732675/1‑93 (MQ=255) aaTCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCt > 1:5031336/1‑93 (MQ=255) tctcGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTta < 2:4993190/93‑1 (MQ=255) tctcGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTta < 1:1277539/93‑1 (MQ=255) tctcGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTta < 2:1103736/93‑1 (MQ=255) tctcGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTta > 1:4780426/1‑93 (MQ=255) ctcGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTtat < 1:3302714/93‑1 (MQ=255) ggTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATg < 1:2855312/93‑1 (MQ=255) 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tcagatcTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGcc > 1:6782054/1‑93 (MQ=255) agatcTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGc < 1:3555060/93‑1 (MQ=255) gatcTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCt < 2:5686816/93‑1 (MQ=255) gatcTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCt > 2:2337124/1‑93 (MQ=255) gatcTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCt > 1:900765/1‑93 (MQ=255) atcTCAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTg < 2:320789/93‑1 (MQ=255) tctcAGGTTGCGAAGGCGGTGCTAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGa < 2:4616882/93‑1 (MQ=255) tctcAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGa < 2:3320373/93‑1 (MQ=255) tctcAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGa > 1:4886612/1‑93 (MQ=255) tctcAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGa < 1:4073867/93‑1 (MQ=255) tctcAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGa < 2:792037/93‑1 (MQ=255) ctcAGGTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGAc > 1:6079785/1‑93 (MQ=255) ggTTGCGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGAcgccg > 2:2512247/1‑93 (MQ=255) gTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGAcgccgc > 1:4966857/1‑93 (MQ=255) | GTGACCTCGGTCTGGATTGGCTTTGATGATCACCGTCGTAATCTCGGTCATACAACGGCTTCCGGAGCGATTAAAGATCAGATCTCAGGTTACGAAGGCGGTGCCAAGAGTGCCCAGCCTGCATGGGACGCTTATATGAAAGCCGTTCTTGAAGGTGTGCCGGAGCAGCCGCTGACGCCGC > NC_000913/3522714‑3522894 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |