| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,598,512 | A→G | intergenic (‑98/+147) | rpoH ← / ← ftsX | sigma(32) factor/cell division membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,598,512 | 0 | A | G | 80.9% | 698.8 / 179.0 | 345 | intergenic (‑98/+147) | rpoH/ftsX | sigma(32) factor/cell division membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/32); new base G (136/143); total (170/175) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
TCCTCTCAATCGATATCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGACCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAATGTGACATAGAGATGAAATACCGGGAAGAGACAAC > NC_000913/3598420‑3598601 | ctctCAATCGATATCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGcc > 1:1682428/1‑93 (MQ=255) ctctCAATCGATATCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGcc > 2:2311858/1‑93 (MQ=255) ctcAATCGATATCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGt < 1:5684510/93‑1 (MQ=255) ctcAATCGATATCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGACCGt < 1:1491364/93‑1 (MQ=255) cAATCGATATCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGa < 1:7169344/93‑1 (MQ=255) aaTCGATATCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGAt > 2:6727796/1‑93 (MQ=255) aaTCGATATCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGACCGTGAt > 2:3494536/1‑93 (MQ=255) tCGATATCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGAttt < 2:1659590/93‑1 (MQ=255) tCGATATCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGAttt > 1:6916671/1‑93 (MQ=255) tCGATATCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGAttt < 1:7451606/93‑1 (MQ=255) tCGATATCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGACCGTGAttt > 1:448928/1‑93 (MQ=255) cGATATCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGAtttt < 1:7076372/93‑1 (MQ=255) gATATCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTa < 2:171663/93‑1 (MQ=255) gATATCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGACCGTGATTTTa < 2:7457543/93‑1 (MQ=255) atatCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTAt > 2:3109613/1‑93 (MQ=255) atatCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTAt < 1:2731712/93‑1 (MQ=255) atatCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTAt < 1:3241975/93‑1 (MQ=255) atatCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGACCGTGATTTTAt > 1:259985/1‑93 (MQ=255) atCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATcc > 1:5736956/1‑93 (MQ=255) atCTTCTGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATcc < 1:4004077/93‑1 (MQ=255) tcttctGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCca > 1:6229496/1‑93 (MQ=255) ttctGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCcaca > 2:4597664/1‑93 (MQ=255) ttctGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCcaca > 2:4746901/1‑93 (MQ=255) tGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGt > 2:3031221/1‑93 (MQ=255) tGGCGCTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGACCGTGATTTTATCCACAAGt > 1:1154639/1‑93 (MQ=255) gcTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCaa < 2:1046422/93‑1 (MQ=255) gcTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCaa > 2:2518771/1‑93 (MQ=255) cTTCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAAt > 1:1562721/1‑93 (MQ=255) ttCAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATg < 1:3913317/93‑1 (MQ=255) cAGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCa > 2:1497730/1‑93 (MQ=255) aGTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCaa > 1:7496353/1‑93 (MQ=255) gTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAg > 1:5026160/1‑93 (MQ=255) gTGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGACCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAg < 2:2626512/93‑1 (MQ=255) tGGTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGc > 1:5390485/1‑93 (MQ=255) ggTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCt < 1:4748566/93‑1 (MQ=255) gTAGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCtt > 2:434296/1‑93 (MQ=255) aGCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTtgt > 2:5763043/1‑93 (MQ=255) gCAACAACTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTtgtg > 2:4943270/1‑93 (MQ=255) acaacTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAAt < 1:5548013/93‑1 (MQ=255) acaacTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAAt < 1:7233769/93‑1 (MQ=255) caacTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATa > 1:829211/1‑93 (MQ=255) caacTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATa < 1:260908/93‑1 (MQ=255) aacTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATaa < 2:4905900/93‑1 (MQ=255) aacTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGACCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATaa > 1:6531651/1‑93 (MQ=255) acTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATaaa < 1:1012601/93‑1 (MQ=255) acTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATaaa < 2:6807149/93‑1 (MQ=255) cTGTGCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAAt < 1:6790049/93‑1 (MQ=255) tgtgCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAAtt < 2:7257997/93‑1 (MQ=255) gtgCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTa < 1:3395977/93‑1 (MQ=255) tgCCAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGACCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTAc < 1:2127015/93‑1 (MQ=255) cAGAGCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGca < 2:401358/93‑1 (MQ=255) gagCTTAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGcaca > 2:6489583/1‑93 (MQ=255) ttAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAAt < 2:620879/93‑1 (MQ=255) ttAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAAt > 2:6332712/1‑93 (MQ=255) ttAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAAt > 2:5597195/1‑93 (MQ=255) ttAAGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGACCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAAt > 2:1766044/1‑93 (MQ=255) aaGAGCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAAtgt < 2:5713937/93‑1 (MQ=255) gagCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAATGTGa > 1:578442/1‑93 (MQ=255) gagCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGACCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAATGTGa > 1:7331015/1‑93 (MQ=255) gCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGACCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAATGTGACa > 2:1986327/1‑93 (MQ=255) gCAACGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGACCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAATGTGACa > 2:1109357/1‑93 (MQ=255) aaCGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAATGTGACATa < 1:1947360/93‑1 (MQ=255) aaCGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAATGTGACATa < 2:5107828/93‑1 (MQ=255) aaCGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAATGTGACATa > 2:2699180/1‑93 (MQ=255) aaCGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAATGTGACATa > 1:4431272/1‑93 (MQ=255) aaCGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAATGTGACATa > 2:3435787/1‑93 (MQ=255) aaCGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGACCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAATGTGACATa < 2:1468234/93‑1 (MQ=255) aCGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAATGTGACATag < 1:128332/93‑1 (MQ=255) aCGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAATGTGACATag > 1:4965289/1‑93 (MQ=255) cGAGGTTATCATTCACTGTTTTATCAGGCCGTGATTTTATCCACAAGTTCAATGCAAGCTTGTGAATAAATTACGCACAAAATGTGACATaga < 1:3003475/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |