| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,719,494 | T→C | V223A (GTG→GCG) | t150 → | IS150 putative transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,719,494 | 0 | T | C | 83.1% | 743.1 / 136.2 | 331 | V223A (GTG→GCG) | t150 | IS150 putative transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/26); new base C (142/133); total (172/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
GTATCGTATGAGAAGATATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGTGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAATATAAGCGAACTGAAGGATGCTGTTACGGAATATA > NC_000913/3719402‑3719586 | gTATCGTATGAGAAGATATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTgtggt > 1:4739948/1‑93 (MQ=255) tATCGTATGAGAAGATATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTgtggtg > 2:3638737/1‑93 (MQ=255) aTCGTATGAGAAGATATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGtggcgg > 1:3344228/1‑93 (MQ=255) cGTATGAGAAGATATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAg < 1:4434211/93‑1 (MQ=255) gTATGAGAAGATATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAgt > 1:6248980/1‑93 (MQ=255) tATGAGAAGATATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGTGGAgtg > 2:4153805/1‑93 (MQ=255) tATGAGAAGATATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAgtg > 1:2853525/1‑93 (MQ=255) tATGAGAAGATATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAAAGCTGTGGCGGAgtg > 2:4381749/1‑93 (MQ=255) aTGAGAAGATATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAgtgt < 2:7019167/93‑1 (MQ=255) tGAGAAGATATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGtt > 2:2534214/1‑93 (MQ=255) agaagaTATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGTGGAGTGTTTc < 2:3029590/93‑1 (MQ=255) gaagaTATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCt > 2:6843102/1‑93 (MQ=255) gaagaTATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCt < 1:6968872/93‑1 (MQ=255) gaTATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTg > 2:1462175/1‑93 (MQ=255) gaTATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTg < 2:5448707/93‑1 (MQ=255) atatCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTgg < 2:2889973/93‑1 (MQ=255) atatCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTgg < 1:143763/93‑1 (MQ=255) tatCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGa < 2:3167621/93‑1 (MQ=255) atCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGaa < 2:1409014/93‑1 (MQ=255) atCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGaa < 2:7510429/93‑1 (MQ=255) tCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAAc < 2:4875128/93‑1 (MQ=255) tCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAAc < 1:5989244/93‑1 (MQ=255) cAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAAcc > 1:4055989/1‑93 (MQ=255) aaaaTATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGTGGAGTGTTTCTTTGGAACCt > 1:2054329/1‑93 (MQ=255) aaaaTATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCt > 1:6816608/1‑93 (MQ=255) aaaTATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGTGGAGTGTTTCTTTGGAACCtt > 1:1971110/1‑93 (MQ=255) aaaTATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCtt < 1:325783/93‑1 (MQ=255) tatCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTaaa < 1:5298902/93‑1 (MQ=255) tCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGt > 1:4207288/1‑93 (MQ=255) ccTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTc > 1:1045523/1‑93 (MQ=255) ttAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCgg > 2:2148557/1‑93 (MQ=255) ttAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCgg > 2:4279265/1‑93 (MQ=255) tAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGa < 1:7393593/93‑1 (MQ=255) aaaGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAg > 2:1840623/1‑93 (MQ=255) aGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAgtg > 1:7498840/1‑93 (MQ=255) gAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGTGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAgtgt > 1:5847466/1‑93 (MQ=255) aaCATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGTGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGtt > 1:3660567/1‑93 (MQ=255) aaCATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGtt < 1:5002229/93‑1 (MQ=255) aaCATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGtt < 1:4353751/93‑1 (MQ=255) aCATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGttt > 2:3193711/1‑93 (MQ=255) cATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGtttt < 1:1791981/93‑1 (MQ=255) cATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGtttt > 1:739727/1‑93 (MQ=255) aTGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGTGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGttttt > 2:3468611/1‑93 (MQ=255) aTGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGttttt > 1:6743967/1‑93 (MQ=255) tGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTa > 1:3781027/1‑93 (MQ=255) gTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGTGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATc < 1:1258390/93‑1 (MQ=255) aTTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCtt < 2:270361/93‑1 (MQ=255) ttAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGTGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTtg > 2:523951/1‑93 (MQ=255) tAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTtga > 2:6381214/1‑93 (MQ=255) tAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTtga < 2:5555080/93‑1 (MQ=255) aaaCAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGTGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTtgat < 2:6722987/93‑1 (MQ=255) aaaCAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTtgat > 1:5669909/1‑93 (MQ=255) aCAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTtgatga > 2:6060562/1‑93 (MQ=255) cAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAg > 2:7317685/1‑93 (MQ=255) cAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAg > 2:634773/1‑93 (MQ=255) aaaGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGt < 1:4319559/93‑1 (MQ=255) aaGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGTGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGtt > 1:5228318/1‑93 (MQ=255) gCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCa > 2:1200868/1‑93 (MQ=255) gCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCa < 1:736116/93‑1 (MQ=255) cATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAg < 1:3891253/93‑1 (MQ=255) aTGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGt < 1:805264/93‑1 (MQ=255) aTGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGt < 2:5005383/93‑1 (MQ=255) tGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTa > 2:1110933/1‑93 (MQ=255) tGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTa > 2:3762940/1‑93 (MQ=255) cAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAatat > 2:6517658/1‑93 (MQ=255) cAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAatat > 1:1186887/1‑93 (MQ=255) cAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAatat < 1:558714/93‑1 (MQ=255) aGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAAtata < 2:1398898/93‑1 (MQ=255) aGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAAtata < 2:1006583/93‑1 (MQ=255) aGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAAtata > 1:7124511/1‑93 (MQ=255) aGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAAtata < 2:4084943/93‑1 (MQ=255) gAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAATATaa < 2:4538939/93‑1 (MQ=255) gAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAATATaa < 2:2313380/93‑1 (MQ=255) gAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAATATaa < 2:4680379/93‑1 (MQ=255) gAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAATATaa < 1:6331926/93‑1 (MQ=255) gAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTACAGTAATATaa < 1:103747/93‑1 (MQ=255) aaaaGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAATATAAg > 1:5079712/1‑93 (MQ=255) aaaGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAATATAAGc > 2:5925685/1‑93 (MQ=255) 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ggATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAATATAAGCGAACTGAAGGATGc < 1:2726929/93‑1 (MQ=255) gATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAATATAAGCGAACTGAAGGATGCt < 1:54525/93‑1 (MQ=255) gATAATGCTGTGGCGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAATATAAGCGAACTGAAGGATGCt < 2:1744448/93‑1 (MQ=255) gtggcgGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAATATAAGCGAACTGAAGGATGCTGTTACGGaa < 1:2513163/93‑1 (MQ=255) gtggcgGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAATATAAGCGAACTGAAGGATGCTGTTACGGaa > 2:4938001/1‑93 (MQ=255) tggAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAATATAAGCGAACTGAAGGATGCTGTTACGGAatata < 1:1601391/93‑1 (MQ=255) | GTATCGTATGAGAAGATATCAAAATATCCTTAAAGAACATGGTATTAAACAAAGCATGTCCAGAAAAGGCAATTGTCTGGATAATGCTGTGGTGGAGTGTTTCTTTGGAACCTTAAAGTCGGAGTGTTTTTATCTTGATGAGTTCAGTAATATAAGCGAACTGAAGGATGCTGTTACGGAATATA > NC_000913/3719402‑3719586 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |