| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,739,262 | T→C | intergenic (‑51/+51) | yiaI ← / ← yiaJ | hypothetical protein/putative regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,739,262 | 0 | T | C | 86.4% | 870.3 / 124.0 | 359 | intergenic (‑51/+51) | yiaI/yiaJ | hypothetical protein/putative regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/27); new base C (142/168); total (164/195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 360 total aligned reads displayed.
ACCGATACATTTCGTCGCATCCGCAATAATAAACCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACTGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGTTTTGGCACTTGTCCAAAGCGTTATGTGATCGCGCCCAGGTCATCCCTGACAGTAAATCCCA > NC_000913/3739170‑3739353 | gATACATTTCGTCGCATCCGCAATAATAAACCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCt > 1:3100255/1‑93 (MQ=255) gATACATTTCGTCGCATCCGCAATAATAAACCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCt > 2:3623802/1‑93 (MQ=255) gATACATTTCGTCGCATCCGCAATAATAAACCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCt > 2:2596125/1‑93 (MQ=255) aTACATTTCGTCGCATCCGCAATAATAAACCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCtt < 1:4690803/93‑1 (MQ=255) aTACATTTCGTCGCATCCGCAATAATAAACCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCtt < 1:6124574/93‑1 (MQ=255) cATTTCGTCGCATCCGCAATAATAAACCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGa < 2:6133738/93‑1 (MQ=255) cATTTCGTCGCATCCGCAATAATAAACCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGa < 2:7350838/93‑1 (MQ=255) aTTTCGTCGCATCCGCAATAATAAGCCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGAt < 2:2995148/93‑1 (MQ=255) aTTTCGTCGCATCCGCAATAATAAACCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGAt > 1:5492239/1‑93 (MQ=255) tttCGTCGCATCCGCAATAATAAACCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATc > 1:1231973/1‑93 (MQ=255) cgtcgCATCCGCAATAATAAACCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCaa < 2:278785/93‑1 (MQ=255) cgtcgCATCCGCAATAATAAACCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCaa < 2:725105/93‑1 (MQ=255) gtcgCATCCGCAATAATAAACCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCAAc > 2:6868874/1‑93 (MQ=255) tcgCATCCGCAATAATAAACCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCAACg < 2:1626348/93‑1 (MQ=255) 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aCCGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACTGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGttt > 1:6628726/1‑93 (MQ=255) ccGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGtttt > 2:4549741/1‑93 (MQ=255) cGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACTGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGTTTTg < 2:13828/93‑1 (MQ=255) cGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGTTTTg < 2:2367212/93‑1 (MQ=255) cGGTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGTTTTg < 1:4008452/93‑1 (MQ=255) ggTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGTTTTgg < 1:3294843/93‑1 (MQ=255) ggTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGTTTTgg < 1:4294343/93‑1 (MQ=255) gTTCATGATCACTCCTTTGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGTTTTGGc > 2:3241528/1‑93 (MQ=255) 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tGCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGTTTTGGCACTTGTCCAAAGCGTTa > 2:4779585/1‑93 (MQ=255) gCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGTTTTGGCACTTGTCCAAAGCGTTAt < 2:5259243/93‑1 (MQ=255) gCACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGTTTTGGCACTTGTCCAAAGCGTTAt > 1:5032122/1‑93 (MQ=255) cACTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGTTTTGGCACTTGTCCAAAGCGTTAtg > 1:1015752/1‑93 (MQ=255) cTAAAACAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCCTCCCTACCGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGTTTTGGCACTTGTCCAAAGCGTTAtgtg < 2:2941220/93‑1 (MQ=255) aaaaCAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGTTTTGGCACTTGTCCAAAGCGTTATGTGAt < 1:5234055/93‑1 (MQ=255) aaaCAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACTGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGTTTTGGCACTTGTCCAAAGCGTTATGTGATc < 1:6932123/93‑1 (MQ=255) aaCAGCAGAGTGCCAGAGAGCGCGTCCCTACCGCTTTGATCCAACGAAGGAAATGTTAAAGTTTTGGCACTTGTCCAAAGCGTTATGTGATcg < 1:708856/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |