| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,766,847 | T→C | intergenic (+582/‑125) | yibG → / → b4549 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,766,847 | 0 | T | C | 86.8% | 717.4 / 95.1 | 287 | intergenic (+582/‑125) | yibG/b4549 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/16); new base C (127/122); total (149/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
TTTTGGTCCGTCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAG > NC_000913/3766757‑3766939 | ttttGGTCCGTCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATtctc > 2:5116556/1‑93 (MQ=255)ttttGGTCCGTCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATtctc > 2:3326384/1‑93 (MQ=255) tttGGTCCGTCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCa < 1:5310314/93‑1 (MQ=255) gTCCGTCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGc > 1:756612/1‑93 (MQ=255) ccGTCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAGAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCa < 2:543422/93‑1 (MQ=255) ccGTCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCa < 2:275686/93‑1 (MQ=255) ccGTCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCa > 2:6746421/1‑93 (MQ=255) cGTCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAg > 1:5800913/1‑93 (MQ=255) gTCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGa > 1:3379944/1‑93 (MQ=255) tCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGAt > 1:4524462/1‑93 (MQ=255) cTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATGACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATa < 1:2663736/93‑1 (MQ=255) cTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATa < 2:5484892/93‑1 (MQ=255) tAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGca > 1:1020899/1‑93 (MQ=255) ggACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGcaca > 1:5909653/1‑93 (MQ=255) ggACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGcaca > 1:2009348/1‑93 (MQ=255) ggACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGcaca < 1:5575788/93‑1 (MQ=255) gACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACAt > 1:7408381/1‑93 (MQ=255) cTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTaa > 1:4555785/1‑93 (MQ=255) cTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTaa > 1:7449163/1‑93 (MQ=255) tCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAAc > 1:6278612/1‑93 (MQ=255) tCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAAc < 2:4545183/93‑1 (MQ=255) cGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACa < 1:1411521/93‑1 (MQ=255) gATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAg < 1:3642878/93‑1 (MQ=255) aTTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGt > 1:46701/1‑93 (MQ=255) ttCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACGTGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGtt > 1:6214884/1‑93 (MQ=255) ttCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGtt > 2:1578772/1‑93 (MQ=255) ttCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGtt < 1:4741271/93‑1 (MQ=255) tCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTa > 1:2527338/1‑93 (MQ=255) cTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTAc < 2:6915907/93‑1 (MQ=255) tGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACg < 1:6433643/93‑1 (MQ=255) 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aCTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCaa > 1:6041608/1‑93 (MQ=255) aCTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCaa < 1:2101562/93‑1 (MQ=255) aCTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCaa < 2:4087266/93‑1 (MQ=255) cTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAg > 1:4902569/1‑93 (MQ=255) cTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAg < 2:4439507/93‑1 (MQ=255) cTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAg > 1:51220/1‑93 (MQ=255) tGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAgg > 2:2944459/1‑93 (MQ=255) tGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAgg < 1:6914305/93‑1 (MQ=255) ggTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGt > 1:3120594/1‑93 (MQ=255) ggTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGt < 2:3941628/93‑1 (MQ=255) ggTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCGCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGt < 2:7253829/93‑1 (MQ=255) ttATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGttat < 2:6157532/93‑1 (MQ=255) ttATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGttat > 1:2789239/1‑93 (MQ=255) ttATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGttat > 2:3743807/1‑93 (MQ=255) tATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGttatt < 1:4283822/93‑1 (MQ=255) tATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGttatt > 1:2440097/1‑93 (MQ=255) 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tatTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGt > 1:6506570/1‑93 (MQ=255) tatTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGt > 2:2549261/1‑93 (MQ=255) tatTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGt > 1:6749751/1‑93 (MQ=255) atTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTg > 2:1011751/1‑93 (MQ=255) atTCTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTg > 2:6068130/1‑93 (MQ=255) ttttCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGc > 1:6584815/1‑93 (MQ=255) | TTTTGGTCCGTCTTTAGGACCTCGATTCTGTTCCGAGGGTTGTATAACTGGTTTATCTAATGACATGCAAAAATTAAATGAGTTAATATTTTCAGAGCCAGATAGCACATTAACAGTTACGGACTAAAAAATATGGCAAGGTTATTAACAATTGTATTTTTTTCTCTATTTCTGCGAGTGCAG > NC_000913/3766757‑3766939 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |