| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,783,092 | T→C | V69A (GTT→GCT) | yibO → | putative 2,3‑bisphosphoglycerate‑independent phosphoglycerate mutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,783,092 | 0 | T | C | 86.4% | 635.3 / 86.9 | 265 | V69A (GTT→GCT) | yibO | putative 2,3‑bisphosphoglycerate‑independent phosphoglycerate mutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/20); new base C (98/131); total (114/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-02 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
GTGGGCCAATCGTCCGCATACCCTAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGTTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCGTGTATCAGGACCTGACTCGTCTGGACGTTGAAATCAAAGATCGCGCTTTCTTTGCTAATCCGGTGCTGA > NC_000913/3783000‑3783184 | gtgGGCCAATCGTCCGCATACCCTAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGt < 1:4620481/93‑1 (MQ=255) gggCCAATCGTCCGCATACCCTAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGTTa < 1:1520803/93‑1 (MQ=255) gggCCAATCGTCCGCATACCCTAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTa > 1:1923127/1‑93 (MQ=255) ggCCAATCGTCCGCATACCCTAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTaa < 1:3557705/93‑1 (MQ=255) ggCCAATCGTCCGCATACCCTAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTaa < 2:212846/93‑1 (MQ=255) gCCAATCGTCCGCATACCCTAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAAc > 2:1649795/1‑93 (MQ=255) 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aTCGTCCGCATACCCTAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGTTAACCTgg > 2:60235/1‑93 (MQ=255) aTCGTCCGCATACCCTAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTgg > 1:5398593/1‑93 (MQ=255) aTCGTCCGCATACCCTAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTgg > 1:4953624/1‑93 (MQ=255) aTCGTCCGCATACCCTAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTgg < 2:3225068/93‑1 (MQ=255) tCGTCCGCATACCCTAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTggg < 1:5353774/93‑1 (MQ=255) cGTCCGCATACCCTAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTGGGt < 2:5838274/93‑1 (MQ=255) gTCCGCATACCCTAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTGGGTg < 2:1993127/93‑1 (MQ=255) cGCATACCCTAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTGGGTgccg > 2:6200225/1‑93 (MQ=255) 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tAATCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACATTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCg > 2:4783443/1‑93 (MQ=255) aaTCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGTTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCgt > 1:138044/1‑93 (MQ=255) aaTCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCgt < 2:6881491/93‑1 (MQ=255) aaTCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCgt < 1:429248/93‑1 (MQ=255) aTCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCgtg < 1:3468319/93‑1 (MQ=255) aTCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCgtg < 2:6367112/93‑1 (MQ=255) tCGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCgtgt > 1:7522273/1‑93 (MQ=255) cGACGCTTCCGGTCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGTTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCGTGTa > 2:1547021/1‑93 (MQ=255) 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tCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGTTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCGTGTATCAGGACCTGAc < 2:7135254/93‑1 (MQ=255) tCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGTTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCGTGTATCAGGACCTGAc < 2:179073/93‑1 (MQ=255) tCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCGTGTATCAGGACCTGAc < 1:6233561/93‑1 (MQ=255) tCTGGAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCGTGTATCAGGACCTGAc > 2:4337378/1‑93 (MQ=255) ggAAGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCGTGTATCAGGACCTGACTCg > 1:2544012/1‑93 (MQ=255) aGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCGTGTATCAGGACCTGACTCGTCt > 1:7320931/1‑93 (MQ=255) aGTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCGTGTATCAGGACCTGACTCGTCt < 2:4161328/93‑1 (MQ=255) gTCGGTCTGCCTGACCGTCAGATGGGTAACTCCGAAGTAGGCCACGCTAACCTGGGTGCCGGCCGCATCGTGTATCAGGACCTGACTCGTCTg > 2:2409369/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |