| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,808,645 | G→A | S45S (AGC→AGT) | mutM ← | formamidopyrimidine DNA glycosylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,808,645 | 0 | G | A | 85.1% | 898.7 / 106.5 | 335 | S45S (AGC→AGT) | mutM | formamidopyrimidine DNA glycosylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/18); new base A (162/123); total (194/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
CCAGACATCCCTAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCGCTTAAACGGTAGATCTCTTCTGAAACCGGCCAGCGCAAGCGTCCGTTGCGCACCACTGCATGAAGAATGGTTGCACCAACGAGATGCGGTT > NC_000913/3808553‑3808736 | aCATCCCTAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTa > 1:2316796/1‑93 (MQ=255) aCATCCCTAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTa > 2:1018609/1‑93 (MQ=255) aTCCCTAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCGCTTaaa < 2:1234499/93‑1 (MQ=255) aTCCCTAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCGCTTaaa > 1:4589107/1‑93 (MQ=255) aTCCCTAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTaaa > 2:6170149/1‑93 (MQ=255) tCCCTAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGGCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCGCTTAAAc > 1:5781231/1‑93 (MQ=255) cccTAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACg < 1:767661/93‑1 (MQ=255) cccTAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACg < 2:2022031/93‑1 (MQ=255) cccTAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACg < 1:5489966/93‑1 (MQ=255) ccTAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACgg > 2:5785157/1‑93 (MQ=255) ccTAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACgg > 2:4753465/1‑93 (MQ=255) cTAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCGCTTAAACGGt < 1:6347127/93‑1 (MQ=255) cTAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGt < 2:4232196/93‑1 (MQ=255) cTAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGt < 1:5581252/93‑1 (MQ=255) tAAATGAATGATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTa > 2:2233290/1‑93 (MQ=255) aatgaatgATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCGCTTAAACGGTAGa > 1:5275273/1‑93 (MQ=255) aatgaatgATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCGCTTAAACGGTAGa < 1:6855528/93‑1 (MQ=255) aatgaatgATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGa > 2:2724127/1‑93 (MQ=255) aatgaatgATAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGa > 1:7105336/1‑93 (MQ=255) atgaatgaTAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGAt > 2:3390263/1‑93 (MQ=255) tgaatgaTAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGAtc > 1:6012249/1‑93 (MQ=255) tgaatgaTAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGAtc > 2:5907255/1‑93 (MQ=255) tgaatgaTAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCAGGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGAtc < 1:3906343/93‑1 (MQ=255) aatgaTAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCGCTTAAACGGTAGAtctc < 2:3797504/93‑1 (MQ=255) tgaTAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGATCtctt < 2:818962/93‑1 (MQ=255) gaTAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCGCTTAAACGGTAGATCtcttc > 2:1056904/1‑93 (MQ=255) gaTAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGATCtcttc < 2:4802383/93‑1 (MQ=255) gaTAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGATCtcttc < 1:3474487/93‑1 (MQ=255) aTAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGATCtcttct > 2:7413429/1‑93 (MQ=255) tAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGATCTCTTCTg > 2:6939493/1‑93 (MQ=255) tAATCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGATCTCTTCTg > 1:6417461/1‑93 (MQ=255) aacccAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGATCTCTTCTGa < 1:5135443/90‑1 (MQ=255) aTCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGATCTCTTCTGaa < 2:349607/93‑1 (MQ=255) aTCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGATCTCTTCTGaa > 1:2234446/1‑93 (MQ=255) tCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGATCTCTTCTGaaa < 2:60978/93‑1 (MQ=255) tCCAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGATCTCTTCTGaaa > 1:1647278/1‑93 (MQ=255) ccAGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCACTTAAACGGTAGATCTCTTCTGAAAc < 2:6699944/93‑1 (MQ=255) aGCCCTCAGGCAGCTCCAGCAGCAGATATTTAGCCCGCCGCTGCACGCTAAGCACTGGTTGGTCGCTTAAACGGTAGATCTCTTCTGAAACCg > 2:1406645/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |