| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,887,809 | A→G | intergenic (+35/‑56) | b3708 → / → tnaB | tryptophanase/low affinity tryptophan permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,887,809 | 0 | A | G | 85.0% | 721.2 / 111.8 | 307 | intergenic (+35/‑56) | b3708/tnaB | tryptophanase/low affinity tryptophan permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/27); new base G (128/132); total (148/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
TTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCACTCTCTTACCCTACATCCTCAATAACAAAAATAGCCTTCCTCTAAAGGTGGCATCATGACTGATCAAGCTGAAAAAAAGCACTCTGCATT > NC_000913/3887718‑3887899 | ttACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCGct > 2:5888863/1‑93 (MQ=255) cgtacgAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCGctctc < 2:7072841/93‑1 (MQ=255) gtacgAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCGctctct < 2:521691/93‑1 (MQ=255) gtacgAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCGctctct < 1:6824668/93‑1 (MQ=255) gtacgAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCGctctct < 1:7033394/93‑1 (MQ=255) gtacgAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCActctct < 1:2541058/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |