| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,888,277 | C→T | A138V (GCC→GTC) | tnaB → | low affinity tryptophan permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,888,277 | 0 | C | T | 83.5% | 816.9 / 107.0 | 310 | A138V (GCC→GTC) | tnaB | low affinity tryptophan permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/29); new base T (132/126); total (154/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
TAATGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCGTGTTTGGTT > NC_000913/3888185‑3888369 | tAATGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGc > 2:3318071/1‑93 (MQ=255) aTGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCa > 1:2079206/1‑93 (MQ=255) tGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAg < 1:6227441/93‑1 (MQ=255) tGGTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAg < 1:535219/93‑1 (MQ=255) ggTGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGc > 2:3038695/1‑93 (MQ=255) tGCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGt < 1:1008964/93‑1 (MQ=255) gCGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTa < 1:2791133/93‑1 (MQ=255) cGATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTAt > 1:673375/1‑93 (MQ=255) gATCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTAtt > 1:341682/1‑93 (MQ=255) aTCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATtg > 2:3636950/1‑93 (MQ=255) aTCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATtg > 1:2512685/1‑93 (MQ=255) aTCATTAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATtg > 2:2913672/1‑93 (MQ=255) ttAGTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGt > 2:2282039/1‑93 (MQ=255) gTGAAACGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTaa < 1:5673635/93‑1 (MQ=255) aaaCGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGtt > 1:2314578/1‑93 (MQ=255) aaCGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTc > 2:3158832/1‑93 (MQ=255) aaCGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTc < 1:2213498/93‑1 (MQ=255) aaCGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTc > 2:1801937/1‑93 (MQ=255) aaCGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTc > 2:2700840/1‑93 (MQ=255) aCGATATCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCg < 1:6509804/93‑1 (MQ=255) atatCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTa < 1:5495989/93‑1 (MQ=255) atCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgc < 2:4697332/93‑1 (MQ=255) tCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgcc < 2:2508836/93‑1 (MQ=255) tCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgcc > 2:1298021/1‑93 (MQ=255) tCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgcc > 1:6953869/1‑93 (MQ=255) tCAATGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgcc > 1:2600014/1‑93 (MQ=255) aaTGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgccgc < 2:5667436/93‑1 (MQ=255) aTGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgccgcc > 2:3235924/1‑93 (MQ=255) aTGAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAgccgcc > 2:2593469/1‑93 (MQ=255) gAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAg > 1:6322823/1‑93 (MQ=255) gAATTTGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAg < 2:3289313/93‑1 (MQ=255) tttGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCg > 2:1207970/1‑93 (MQ=255) tttGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCg < 1:5198618/93‑1 (MQ=255) ttGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGt > 1:3300830/1‑93 (MQ=255) tGGGTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTa < 1:2533599/93‑1 (MQ=255) gggTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTAt > 1:1254620/1‑93 (MQ=255) gggTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTAt > 2:6027371/1‑93 (MQ=255) gggTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTAt < 2:4537410/93‑1 (MQ=255) ggTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTAtt < 1:1537764/93‑1 (MQ=255) gTTATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTa > 2:6353052/1‑93 (MQ=255) ttATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTAc > 1:3553201/1‑93 (MQ=255) tATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTAcc > 1:5999859/1‑93 (MQ=255) tATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTAcc < 1:7195032/93‑1 (MQ=255) tATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTAcc > 2:6472548/1‑93 (MQ=255) tATCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTAcc < 2:6461117/93‑1 (MQ=255) aTCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCt > 1:5296870/1‑93 (MQ=255) tCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTc > 2:3763479/1‑93 (MQ=255) tCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTc < 2:7476099/93‑1 (MQ=255) tCACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTc > 2:2789234/1‑93 (MQ=255) cACGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCa > 1:3181149/1‑93 (MQ=255) aCGCTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCAt < 1:4905339/93‑1 (MQ=255) cTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGt < 2:1445875/93‑1 (MQ=255) cTAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGt > 1:5112847/1‑93 (MQ=255) tAATCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGtt > 2:4098048/1‑93 (MQ=255) aaTCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTc > 2:7281990/1‑93 (MQ=255) aTCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTcc < 2:6824073/93‑1 (MQ=255) aTCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTcc < 1:6076644/93‑1 (MQ=255) tCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCt > 2:5240205/1‑93 (MQ=255) tCCACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCt > 2:6625854/1‑93 (MQ=255) ccACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTc < 2:6263474/93‑1 (MQ=255) ccACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTc < 1:5792743/93‑1 (MQ=255) cACGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCg < 2:158142/93‑1 (MQ=255) aCGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAGGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCgg < 1:1426845/93‑1 (MQ=255) aCGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCgg > 1:414939/1‑93 (MQ=255) aCGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCgg > 1:1586577/1‑93 (MQ=255) aCGTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCgg < 2:6100845/93‑1 (MQ=255) gTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGc > 2:1137431/1‑93 (MQ=255) gTATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGc < 2:3934771/93‑1 (MQ=255) tATTGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCt > 2:5453201/1‑93 (MQ=255) ttGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGa < 2:1667948/93‑1 (MQ=255) ttGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGa < 1:3012792/93‑1 (MQ=255) ttGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGa > 1:3110100/1‑93 (MQ=255) tGTCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGaa < 1:2835486/93‑1 (MQ=255) tCGGGATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGa < 2:5065309/93‑1 (MQ=255) gggATCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGAtt < 2:4206887/93‑1 (MQ=255) gATCTGCACAGCCATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTAt > 2:7445169/1‑93 (MQ=255) aTCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTAtc < 2:6718116/93‑1 (MQ=255) tCTGCACAGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCTCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTAtct > 1:7373919/1‑93 (MQ=255) 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caGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTtg > 2:604264/1‑93 (MQ=255) aGCCATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTtgt > 2:2014789/1‑93 (MQ=255) ccATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGa < 2:4681823/93‑1 (MQ=255) ccATTTTCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGa < 2:5732100/93‑1 (MQ=255) cATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGAt < 1:5385785/93‑1 (MQ=255) cATTTTCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGAt < 2:7376101/93‑1 (MQ=255) ttttCGTTGTCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCg < 2:5809935/93‑1 (MQ=255) tCGTTGCCAGCGTATTGTGGTTAAGTTCGTTAGCCGCCAGTCGTATTACCTCATTGTTCCTCGGGCTGAAGATTATCTCCTTTGTGATCgtgt < 1:5008432/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |