| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,931,725 | A→G | N108D (AAT→GAT) | rbsA → | ATP‑binding component of D‑ribose high‑affinity transport system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,931,725 | 0 | A | G | 82.9% | 696.2 / 146.1 | 322 | N108D (AAT→GAT) | rbsA | ATP‑binding component of D‑ribose high‑affinity transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/28); new base G (135/132); total (162/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
GAAGCCGGGATTGGGATTATCCATCAGGAACTGAACCTGATCCCGCAGTTGACCATTGCCGAAAACATTTTCCTCGGTCGTGAGTTTGTTAATCGCTTTGGCAAAATTGACTGGAAAACCATGTATGCCGAAGCGGATAAATTGCTGGCTAAACTTAACCTGCGCTTTAAAAGCGACAAGCT > NC_000913/3931635‑3931816 | gAAGCCGGGATTGGGATTATCCATCAGGAACTGAACCTGATCCCGCAGTTGACCATTGCCGAAAACATTTTCCTCGGTCGTGAGTTTGTTGAt < 1:4983444/93‑1 (MQ=255)gAAGCCGGGATTGGGATTATCCATCAGGAACTGAACCTGATCCCGCAGTTGACCATTGCCGAAAACATTTTCCTCGGTCGTGAGTTTGTTGAt < 2:7470226/93‑1 (MQ=255)gAAGCCGGGATTGGGATTATCCATCAGGAACTGAACCTGATCCCGCAGTTGACCATTGCCAAAAACATTTTCCTCGGTCGTGAGTTTGTTGAt < 1:1063853/93‑1 (MQ=255) aaGCCGGGATTGGGATTATCCATCAGGAACTGAACCTGATCCCGCAGTTGACCATTGCCGAAAACATTTTCCTCGGTCGTGAGTTTGTTGATc < 1:2877439/93‑1 (MQ=255) aaGCCGGGATTGGGATTATCCATCAGGAACTGAACCTGATCCCGCAGTTGACCATTGCCGAAAACATTTTCCTCGGTCGTGAGTTTGTTGATc < 1:6989676/93‑1 (MQ=255) aGCCGGGATTGGGATTATCCATCAGGAACTGAACCTGATCCCGCAGTTGACCATTGCCGAAAACATTTTCCTCGGTCGTGAGTTTGTTGATCg > 1:3901012/1‑93 (MQ=255) 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gattgggattATCCATCAGGAACTGAACCTGATCCCGCAGTTGACCATTGCCGAAAACATTTTCCTCGGTCGTGAGTTTGTTGATCGCTTTgg < 2:5312606/93‑1 (MQ=255) gattgggattATCCATCAGGAACTGAACCTGATCCCGCAGTTGACCATTGCCGAAAACATTTTCCTCGGTCGTGAGTTTGTTAATCGCTTTgg < 1:6740358/93‑1 (MQ=255) attgggattATCCATCAGGAACTGAACCTGATCCCGCAGTTGACCATTGCCGAAAACATTTTCCTCGGTCGTGAGTTTGTTGATCGCTTTGGc < 1:3170825/93‑1 (MQ=255) ttgggattATCCATCAGGAACTGAACCTGATCCCGCAGTTGACCATTGCCGAAAACATTTTCCTCGGTCGTGAGTTTGTTGATCGCTTTGGCa > 2:3080774/1‑93 (MQ=255) gggattATCCATCAGGAACTGAACCTGATCCCGCAGTTGACCATTGCCGAAAACATTTTCCTCGGTCGTGAGTTTGTTGATCGCTTTGGCaaa < 1:3267743/93‑1 (MQ=255) ggattATCCATCAGGAACTGAACCTGATCCCGCAGTTGACCATTGCCGAAAACATTTTCCTCGGTCGTGAGTTTGTTGATCGCTTTGGCaaaa > 1:7471187/1‑93 (MQ=255) ggattATCCATCAGGAACTGAACCTGATCCCGCAGTTGACCATTGCCGAAAACATTTTCCTCGGTCGTGAGTTTGTTGATCGCTTTGGCaaaa < 2:337397/93‑1 (MQ=255) ggattATCCATCAGGAACTGAACCTGATCCCGCAGTTGACCATTGCCGAAAACATTTTCCTCGGTCGTGAGTTTGTTGATCGCTTTGGCaaaa < 2:3539348/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |