| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,964,491 | A→G | T154A (ACT→GCT) | rho → | transcription termination factor Rho |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,964,491 | 0 | A | G | 91.4% | 1469.7 / 99.6 | 522 | T154A (ACT→GCT) | rho | transcription termination factor Rho |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/14); new base G (270/207); total (301/221) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-05 | |||||||||||
Only 100 of 536 total aligned reads displayed.
AACCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTATCGGTCGTGGTCAGCGTGGTCTGATTGTGGCACCGCCGAAAGCCGGTAAA > NC_000913/3964399‑3964583 | aaCCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTa < 2:5218183/93‑1 (MQ=255)aaCCTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTa < 2:4118393/93‑1 (MQ=255) ccTGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCt > 1:6802269/1‑93 (MQ=255) tGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGa < 2:6197604/93‑1 (MQ=255) tGAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGa > 2:3885395/1‑93 (MQ=255) gAAAACGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGaa > 1:1124402/1‑93 (MQ=255) aaaaCGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAg < 2:6073798/93‑1 (MQ=255) aaaCGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGa > 2:5281589/1‑93 (MQ=255) aaaCGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGa > 2:1399810/1‑93 (MQ=255) aaaCGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGa < 2:3517152/93‑1 (MQ=255) aaCGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGAt < 2:6941297/93‑1 (MQ=255) aCGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGAtt > 2:2252250/1‑93 (MQ=255) cGCCCGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGAttt < 2:1517173/93‑1 (MQ=255) cccGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTaa > 1:2938200/1‑93 (MQ=255) cccGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTaa < 1:3792318/93‑1 (MQ=255) cGCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACt < 1:1984290/93‑1 (MQ=255) gCAACAAAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTg > 1:3192420/1‑93 (MQ=255) aacaaAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCt > 1:6843216/1‑93 (MQ=255) aacaaAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCt < 2:4572578/93‑1 (MQ=255) acaaAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTc > 1:2685971/1‑93 (MQ=255) acaaAATCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTc < 1:3081584/93‑1 (MQ=255) aaaaTCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTcgc > 1:7279396/1‑93 (MQ=255) aaaaTCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTcgc > 1:5826240/1‑93 (MQ=255) aaaTCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTcgcg > 1:1875266/1‑93 (MQ=255) aaTCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGt > 2:2818216/1‑93 (MQ=255) aTCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTa > 2:1610532/1‑93 (MQ=255) aTCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTa < 1:1525747/93‑1 (MQ=255) tCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTAc > 1:599691/1‑93 (MQ=255) tCCTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTAc > 2:7111678/1‑93 (MQ=255) ccTCTTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACt > 2:4812657/1‑93 (MQ=255) ttctTTGAGAACTTAACCCCTCTGCCCGCACACTCGCGTCTGCTTACGGGACGAGGCAACGGCTCTGCTCACGATTTAACTGCTCGCTTATTg > 1:4626515/2‑93 (MQ=255) ctctTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTg > 2:6769282/1‑93 (MQ=255) tctTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTgg < 1:1034821/93‑1 (MQ=255) tctTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTgg < 1:5558407/93‑1 (MQ=255) tctTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTgg > 1:7515086/1‑93 (MQ=255) ctTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGa < 1:4756215/93‑1 (MQ=255) ctTTGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGa > 2:3016074/1‑93 (MQ=255) tttGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGAt > 1:2338752/1‑93 (MQ=255) tttGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGAt > 1:2461022/1‑93 (MQ=255) tttGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGAt > 1:4504595/1‑93 (MQ=255) tttGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGAt > 2:3264470/1‑93 (MQ=255) ttGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATc < 1:6337584/93‑1 (MQ=255) ttGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATc > 1:1696092/1‑93 (MQ=255) ttGAGAACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATc < 1:1299759/93‑1 (MQ=255) tGAGATCTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCt < 1:2386825/93‑1 (MQ=255) agaACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTgg < 2:1273357/93‑1 (MQ=255) gaACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGc > 2:4961263/1‑93 (MQ=255) gaACTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGc < 2:5588699/93‑1 (MQ=255) aaCTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCa < 2:1994303/93‑1 (MQ=255) aCTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCAt > 2:2381784/1‑93 (MQ=255) aCTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCAt > 2:6617777/1‑93 (MQ=255) aCTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTACTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCAt > 2:3933199/1‑93 (MQ=255) cTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATc > 2:7477989/1‑93 (MQ=255) cTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATc > 1:5273247/1‑93 (MQ=255) cTTAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATc > 1:5406801/1‑93 (MQ=255) ttAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCa > 1:6239930/1‑93 (MQ=255) ttAACCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCa > 1:6406720/1‑93 (MQ=255) aCCCCGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCt > 1:6716510/1‑93 (MQ=255) ccccGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTa < 1:2601832/93‑1 (MQ=255) ccccGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTa < 2:2098471/93‑1 (MQ=255) ccccGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTa < 2:5747922/93‑1 (MQ=255) cccGCTGCACGCAAACTCTCGTCTGCGTATGGAACGTGGTAACGGTTCTGCTGAAGATTTAACTGCTCGCGTACTGGATCTGGCATCACCTAt > 1:3535019/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |