| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,059,768 | A→G | intergenic (+44/‑58) | yihM → / → yihN | hypothetical protein/putative resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,059,768 | 0 | A | G | 85.1% | 755.1 / 125.2 | 322 | intergenic (+44/‑58) | yihM/yihN | hypothetical protein/putative resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/28); new base G (150/124); total (170/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
CGTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAATGGTCGGTATCTTATTGCCTTTAAAACAGTGATTTTAAAAATCGCTTAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCT > NC_000913/4059676‑4059860 | cGTACTACAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGaa > 1:5907848/1‑93 (MQ=255) tactacAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTg > 1:6580932/1‑93 (MQ=255) ctacAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGt < 2:6874566/93‑1 (MQ=255) tacAACAAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTc > 1:5025057/1‑93 (MQ=255) acaacaAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCg < 2:3360713/93‑1 (MQ=255) acaacaAATCAAACAAGAGGCAAACCATCTTCTGAACCACTAATAAGTTTTAACTCATACGCAGTTAATAAAACCATTCCATATGAGTGGTCg > 1:2980671/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |