| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,099,449 | C→T | A63V (GCG→GTG) | kdgT → | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,099,449 | 0 | C | T | 81.5% | 538.2 / 101.1 | 251 | A63V (GCG→GTG) | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/25); new base T (94/109); total (117/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.00e-05 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
CGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGCGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCGTGGGTGGTTGCGGCA > NC_000913/4099359‑4099540 | gggggCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTc > 1:3789371/1‑93 (MQ=255) gggggCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTc > 2:4725547/1‑93 (MQ=255) ggggCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGCGTCa > 2:1941981/1‑93 (MQ=255) gggCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCaa > 2:380371/1‑93 (MQ=255) gggAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATaaaa < 1:4104110/93‑1 (MQ=255) gggAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATaaaa < 2:3379040/93‑1 (MQ=255) gggAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATaaaa > 1:3154583/1‑93 (MQ=255) gAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAAtt > 2:2864813/1‑93 (MQ=255) gAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAAtt > 1:971302/1‑93 (MQ=255) aaaTATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTa > 1:2906960/1‑93 (MQ=255) aaTATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTaa < 1:6514934/93‑1 (MQ=255) aaTATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTaa > 2:2809279/1‑93 (MQ=255) aaTATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGCGTCAATAAAATTaa < 1:3486157/93‑1 (MQ=255) aaTATTTTGGATAATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTaa < 2:7223166/93‑1 (MQ=255) atatTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAg < 1:3293006/93‑1 (MQ=255) tatTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAgc < 2:5237002/93‑1 (MQ=255) atTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAgcg < 2:427568/93‑1 (MQ=255) atTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGCGTCAATAAAATTAAgcg > 2:149421/1‑93 (MQ=255) ttttGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAgcgc > 2:6408774/1‑93 (MQ=255) tttGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGcgcg < 2:6792535/93‑1 (MQ=255) ttGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGa > 2:3022610/1‑93 (MQ=255) tGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGCGTCAATAAAATTAAGCGCGAc < 2:3972892/93‑1 (MQ=255) ggATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGCGTCAATAAAATTAAGCGCGACg > 1:5637551/1‑93 (MQ=255) gATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACgg < 1:91676/93‑1 (MQ=255) cATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGaa > 2:842002/1‑93 (MQ=255) ttCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACg > 2:5395711/1‑93 (MQ=255) ttCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACg < 1:7361112/93‑1 (MQ=255) tCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACgg < 2:1005157/93‑1 (MQ=255) ccAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTAc < 1:6004591/93‑1 (MQ=255) aaCGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTg > 1:5784539/1‑93 (MQ=255) aCGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGc > 2:5466440/1‑93 (MQ=255) aCGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGc < 1:7276303/93‑1 (MQ=255) ggATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTa > 2:2682004/1‑93 (MQ=255) ggATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGCGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTa > 1:4987362/1‑93 (MQ=255) gatgatTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTaa > 1:4864785/1‑93 (MQ=255) gatgatTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTaa > 1:2876331/1‑93 (MQ=255) atgatTACCGGTACGTTGCCCATTCTGGCGTTGTGGTTTTTTGGCATGGGGGTGTAAAAAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTaaa < 2:1873767/93‑1 (MQ=255) atgatTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTaaa < 1:6203148/93‑1 (MQ=255) atgatTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTaaa < 2:6835281/93‑1 (MQ=255) tgatTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAAt < 2:1225751/93‑1 (MQ=255) tgatTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAAt > 1:4499073/1‑93 (MQ=255) tgatTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAAt > 1:6895920/1‑93 (MQ=255) tgatTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGCGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAAt > 1:6955988/1‑93 (MQ=255) gatTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATc < 2:6286799/93‑1 (MQ=255) gatTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGCGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATc < 1:6025875/93‑1 (MQ=255) gatTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGCGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATc < 2:3342023/93‑1 (MQ=255) atTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATcc < 1:7460144/93‑1 (MQ=255) atTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATcc < 2:6067120/93‑1 (MQ=255) ttACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCg < 2:1046526/93‑1 (MQ=255) tACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGCGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCgg < 2:5756950/93‑1 (MQ=255) aCCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGCGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGt > 2:5016069/1‑93 (MQ=255) ccGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTa < 1:3977503/93‑1 (MQ=255) ccGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTa < 2:6489448/93‑1 (MQ=255) ggTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACg > 1:6587737/1‑93 (MQ=255) gTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGc < 2:350291/93‑1 (MQ=255) gTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGc > 2:1353532/1‑93 (MQ=255) gTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGCGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGc > 1:7092128/1‑93 (MQ=255) aCGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCtg < 1:20786/93‑1 (MQ=255) gTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCtggtg > 2:3610521/1‑93 (MQ=255) ccATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTaa < 1:4747741/93‑1 (MQ=255) cATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAAc < 1:107634/93‑1 (MQ=255) aTTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACt > 1:5396710/1‑93 (MQ=255) 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ttttttGCATGGGGGCGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCgt > 1:1768120/1‑93 (MQ=255) tttttGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGTGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCgtg < 1:4548310/93‑1 (MQ=255) tttttGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCgtg > 2:3680435/1‑93 (MQ=255) ttttGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCgtgg < 1:1487872/93‑1 (MQ=255) ttttGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCgtgg < 1:4239936/93‑1 (MQ=255) tttGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCgtggg < 1:2313983/93‑1 (MQ=255) ttGCATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCgtgggt > 1:4199496/1‑93 (MQ=255) cATGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCGTGggtggt < 1:6424954/93‑1 (MQ=255) tGGGGGTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCGTGGGTGGTTg > 2:1717739/1‑93 (MQ=255) tGGGGGCGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCGTGGGTGGTTg < 2:5213516/93‑1 (MQ=255) gggggCGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCGTGGGTGGTTGc > 1:5230268/1‑93 (MQ=255) gggTGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCGTGGGTGGTTGCgg > 1:4352354/1‑93 (MQ=255) gggCGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCGTGGGTGGTTGCgg > 2:7085678/1‑93 (MQ=255) gCGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCGTGGGTGGTTGCGGCa < 1:2223582/93‑1 (MQ=255) | CGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATTACCGGTACGGTGCCCATTCTGGCGGTGTGGTTTTTTTGCATGGGGGCGTCAATAAAATTAAGCGCGACGGGAACGGTACTGCGTAAATCCGGTACGCTGGTGGTAACTAAAATTGCCGTCGCGTGGGTGGTTGCGGCA > NC_000913/4099359‑4099540 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |