| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,119,382 | A→G | Y162Y (TAT→TAC) | hslV ← | heat shock protein hslVU proteasome‑related peptidase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,119,382 | 0 | A | G | 79.3% | 463.6 / 133.9 | 242 | Y162Y (TAT→TAC) | hslV | heat shock protein hslVU proteasome‑related peptidase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/25); new base G (99/93); total (124/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
TTCGCTGACGATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTATAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAGCAATTTCACGGGCGCTAAGTTCAGTGTTTTCTAACAGCGCGCGCGCCGC > NC_000913/4119292‑4119471 | ttCGCTGACGATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGtgta < 1:504609/93‑1 (MQ=255) tCGCTGACGATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAg > 2:5486425/1‑93 (MQ=255) tCGCTGACGATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAg > 1:3905391/1‑93 (MQ=255) cGCTGACGATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGa < 2:6154483/93‑1 (MQ=255) cGCTGACGATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGa < 2:5333177/93‑1 (MQ=255) cGCTGACGATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTATAGa < 1:1231878/93‑1 (MQ=255) cGCTGACGATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTATAGa < 2:1712404/93‑1 (MQ=255) gCTGACGATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGAt < 1:829008/93‑1 (MQ=255) gCTGACGATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGAt < 2:6493543/93‑1 (MQ=255) cTGACGATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATg > 1:4588851/1‑93 (MQ=255) tGACGATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGc > 2:6711349/1‑93 (MQ=255) gACGATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCa < 2:2535412/93‑1 (MQ=255) cGATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCaaa < 1:5965899/93‑1 (MQ=255) cGATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCaaa < 1:3065717/93‑1 (MQ=255) gATTTCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAAt < 1:3295625/93‑1 (MQ=255) tttCGCGTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGt > 2:6006253/1‑93 (MQ=255) gcgTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGcc < 1:2450873/93‑1 (MQ=255) gcgTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTATAGATGCAAATGTCGcc < 1:4454766/93‑1 (MQ=255) cagTGGGGGCATTTCAGAAATGGGAGTCCCTTCCCCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTTTGGAAATGGTTGGTATAGATGCAAATGTCGcc < 1:7474735/91‑1 (MQ=255) ggTGGGGCCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTATAGATGCAAATGTCGCCt < 1:3659648/92‑1 (MQ=255) cgTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCt < 2:1778671/93‑1 (MQ=255) gTGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTg > 1:1027809/1‑93 (MQ=255) tGGGGTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGc > 1:5552464/1‑93 (MQ=255) gggTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCaa < 2:3896280/93‑1 (MQ=255) ggTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAat > 2:1035807/1‑93 (MQ=255) gTCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAata < 1:999447/93‑1 (MQ=255) tCATTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTATAGATGCAAATGTCGCCTGCAatat < 2:2616289/93‑1 (MQ=255) aTTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATcc < 1:6360150/93‑1 (MQ=255) aTTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATcc > 2:5095457/1‑93 (MQ=255) aTTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATcc > 2:1942553/1‑93 (MQ=255) aTTTCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATcc > 1:1870037/1‑93 (MQ=255) tttCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCa > 2:3188621/1‑93 (MQ=255) tttCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTATAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCa < 1:4876534/93‑1 (MQ=255) ttCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCaa < 2:744788/93‑1 (MQ=255) tCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAAc > 2:2899202/1‑93 (MQ=255) tCAGACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAAc < 2:4281320/93‑1 (MQ=255) gACATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGcc > 1:3042335/1‑93 (MQ=255) cATGGGAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCtt > 2:2132825/1‑93 (MQ=255) 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ggAGATCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCa < 2:3479206/93‑1 (MQ=255) gagaTCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAg > 2:5375846/1‑93 (MQ=255) gagaTCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAg > 2:120222/1‑93 (MQ=255) gagaTCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTATAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAg < 1:5244821/93‑1 (MQ=255) gaTCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTATAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAGCa > 2:3215231/1‑93 (MQ=255) aTCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAGCaa > 1:7002928/1‑93 (MQ=255) aTCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAGCaa > 2:5145250/1‑93 (MQ=255) aTCCTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAGCaa < 2:7215248/93‑1 (MQ=255) cTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAGCAAttt > 1:2285172/1‑93 (MQ=255) cTTACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAGCAAttt < 1:4710214/93‑1 (MQ=255) tACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAGCAATTTCa < 2:6296559/93‑1 (MQ=255) tACGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAGCAATTTCa < 2:6669914/93‑1 (MQ=255) aCGCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTATAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAGCAATTTCAc < 1:3803055/93‑1 (MQ=255) gCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAGCAATTTCACgg > 2:5972938/1‑93 (MQ=255) gCTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTATAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAGCAATTTCACgg < 1:1962488/93‑1 (MQ=255) cTTTGTAGCTTAATTCTTCGATGGTGTGGAAATGGTTGGTGTAGATGCAAATGTCGCCTGCAATATCCAACGCCTTTTCAGCAATTTCACggg < 2:856925/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |