| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,139,436 | G→A | intergenic (‑1/‑1) | ptsA ← / → yijI | PEP‑protein phosphotransferase system enzyme I/IIA/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,139,436 | 0 | G | A | 85.6% | 913.2 / 95.8 | 319 | intergenic (‑1/‑1) | ptsA/yijI | PEP‑protein phosphotransferase system enzyme I/IIA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/20); new base A (146/127); total (172/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
AACGCCTTTGGCTGCGGGAAGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTAACTTCCGCCAGCGGCGCATC > NC_000913/4139346‑4139528 | aaCGCCTTTGGCTGCGGGAAGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGt < 1:3638978/93‑1 (MQ=255) cGCCTTTGGCTGCGGGAAGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGTTCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGc > 2:5245299/1‑93 (MQ=255) cGCCTTTGGCTGCGGGAAGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGc < 1:4079540/93‑1 (MQ=255) gCCTTTGGCTGCGGGAAGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCg < 1:1124235/93‑1 (MQ=255) gCCTTTGGCTGCGGGAAGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCg > 1:870862/1‑93 (MQ=255) ccTTTGGCTGCGGGAAGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCgg > 1:5357879/1‑93 (MQ=255) ccTTTGGCTGCGGGAAGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCgg < 2:1735576/93‑1 (MQ=255) cTTTGGCTGCGGGAAGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGTGCggg > 2:1344251/1‑93 (MQ=255) tttGGCTGCGGGAAGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGgc > 2:5674864/1‑93 (MQ=255) ttGGCTGCGGGAAGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGgcg < 1:489660/93‑1 (MQ=255) tGCGGGAAGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGAt > 2:5473193/1‑93 (MQ=255) tGCGGGAAGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGAt > 1:4520575/1‑93 (MQ=255) gCGGGAAGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATa > 1:4739627/1‑93 (MQ=255) gggaGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAAtt < 2:4339916/90‑1 (MQ=255) aGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGc > 1:2672464/1‑93 (MQ=255) aGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGc < 2:6794788/93‑1 (MQ=255) gATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCg < 2:2645760/93‑1 (MQ=255) aTTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCgg > 2:2766010/1‑93 (MQ=255) ttACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGa < 1:7438924/93‑1 (MQ=255) ttACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGa > 1:6395939/1‑93 (MQ=255) ttACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGa < 1:4807730/93‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCa > 2:2365387/1‑93 (MQ=255) aGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGa < 2:410436/93‑1 (MQ=255) aGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGa > 1:7182271/1‑93 (MQ=255) gcgcATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGAt > 2:6915104/1‑93 (MQ=255) gcgcATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGAt < 1:1889095/93‑1 (MQ=255) cgcATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGAtt < 1:4595925/93‑1 (MQ=255) gcATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTg < 2:228810/93‑1 (MQ=255) cATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTgg < 1:1046609/93‑1 (MQ=255) cATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTgg > 1:4284746/1‑93 (MQ=255) aTTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGt < 2:4836484/93‑1 (MQ=255) ttGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTc > 1:5088225/1‑93 (MQ=255) ttGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTc > 1:6100827/1‑93 (MQ=255) tGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCa < 2:3420243/93‑1 (MQ=255) gaTCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTg > 1:1711935/1‑93 (MQ=255) aTCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGa < 2:6340673/93‑1 (MQ=255) aTCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGa > 2:3150086/1‑93 (MQ=255) aTCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGa < 2:3797543/93‑1 (MQ=255) tCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGaa < 2:2093198/93‑1 (MQ=255) tCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGaa > 2:1559616/1‑93 (MQ=255) tAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAAc > 2:1048399/1‑93 (MQ=255) tAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAAc < 2:7328162/93‑1 (MQ=255) tAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAAc < 1:3745926/93‑1 (MQ=255) aagaagAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCg > 2:1197475/1‑93 (MQ=255) gaagaGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGc > 1:3291558/1‑93 (MQ=255) gaagaGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGc > 2:1868775/1‑93 (MQ=255) 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agaTCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTg < 2:4040834/93‑1 (MQ=255) gaTCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTgg > 2:2965727/1‑93 (MQ=255) aTCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGt < 2:5293527/93‑1 (MQ=255) aTCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGt > 2:2181371/1‑93 (MQ=255) cGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTc < 1:1335807/93‑1 (MQ=255) ggCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTcc < 2:7474617/93‑1 (MQ=255) gCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCa < 1:6712710/93‑1 (MQ=255) tCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGtt > 2:3100858/1‑93 (MQ=255) tCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGtt > 2:1448447/1‑93 (MQ=255) tCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGtt > 1:1603082/1‑93 (MQ=255) tCAGAATGCCGCCTCCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGtt > 2:3350247/1‑93 (MQ=255) cAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTc < 2:6892837/93‑1 (MQ=255) cAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTc < 1:5221240/93‑1 (MQ=255) gAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGt < 2:6024184/93‑1 (MQ=255) gAATACCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGt > 1:5998706/1‑93 (MQ=255) aggccgccTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCa < 2:6760188/91‑1 (MQ=255) aTGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCa < 2:7038083/93‑1 (MQ=255) tGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTGAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAg > 1:3494457/1‑93 (MQ=255) tGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGAGTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAg > 1:7373980/1‑93 (MQ=255) ccgccTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGAt > 2:799098/1‑93 (MQ=255) cgccTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGAtt > 1:4996998/1‑93 (MQ=255) cgccTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGAtt < 2:4611893/93‑1 (MQ=255) ccTGCACTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTa > 1:2887228/1‑93 (MQ=255) cTGCACTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTaa > 2:2867171/1‑93 (MQ=255) 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aCTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTAACTTc > 1:3394364/1‑93 (MQ=255) aCTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCCTCAGATTTAACTTc < 2:6445461/93‑1 (MQ=255) cTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTAACTTcc > 2:5596351/1‑93 (MQ=255) cTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTAACTTcc > 1:5632750/1‑93 (MQ=255) cTACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTAACTTcc > 2:4500335/1‑93 (MQ=255) tACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTAACTTCCg > 2:3845522/1‑93 (MQ=255) tACCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTAACTTCCg > 1:5886468/1‑93 (MQ=255) aCCGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTAACTTCCGc > 1:2799458/1‑93 (MQ=255) cGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTAACTTCCGCCa < 2:2598132/93‑1 (MQ=255) cGCTGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTAACTTCCGCCa < 1:4031102/93‑1 (MQ=255) cTGCACACAGTGCGGGCGCGGGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTAACTTCCGCCAg > 1:2344559/1‑93 (MQ=255) tGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTAACTTCCGCCAgcg > 2:503742/1‑93 (MQ=255) tGCACACAGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTAACTTCCGCCAgcg > 1:5458865/1‑93 (MQ=255) cacacaGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTAACTTCCGCCAgcggc < 2:1634304/93‑1 (MQ=255) | AACGCCTTTGGCTGCGGGAAGATTACCCAGCGCATTGAGATCTAAAGAAGAGATCGGCGTCAGAATGCCGCCTGCACTACCGCTGCACACGGTGCGGGCGC‑GGATAATTTGCGGATTCAGATTGGTCAGTGAAACCGGCAGTGGTTCCAGTTCGTCAGATTTAACTTCCGCCAGCGGCGCATC > NC_000913/4139346‑4139528 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |