| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 536,980 | A→G | I87M (ATA→ATG) N42D (AAC→GAC) |
ybbV → ybbW → |
hypothetical protein putative transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 536,980 | 0 | A | G | 82.2% | 329.2 / 70.3 | 157 | I87M (ATA→ATG) N42D (AAC→GAC) | ybbV ybbW | hypothetical protein putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/4); new base G (100/29); total (124/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
GGCTATAGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATTCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTGGCAATTATCCTCAGCGCCTT > NC_000913/536890‑537068 | gCTATAGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACg > 1:6457647/1‑93 (MQ=255) cTATAGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGt > 1:1151816/1‑93 (MQ=255) tataGCGGAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGtt > 2:5531915/1‑93 (MQ=255) tataGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGtt > 2:726797/1‑93 (MQ=255) tataGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGtt > 2:423291/1‑93 (MQ=255) tataGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGtt > 1:2386618/1‑93 (MQ=255) ataGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTc > 2:3416608/1‑93 (MQ=255) taGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTcc < 2:7140905/93‑1 (MQ=255) taGCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTcc > 1:6797229/1‑93 (MQ=255) gCGAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCa > 2:2643537/1‑93 (MQ=255) gAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAAt > 2:4394037/1‑93 (MQ=255) gAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAAt > 1:3056296/1‑93 (MQ=255) gAAGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATAACGTTCCCAAt > 2:7318395/1‑93 (MQ=255) aaGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATAACGTTCCCAAtt > 2:4660395/1‑93 (MQ=255) aaGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATAACGTTCCCAAtt > 2:3105766/1‑93 (MQ=255) aGATCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTa > 1:5061514/1‑93 (MQ=255) aTCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTAtg > 2:4612729/1‑93 (MQ=255) aTCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTAtg < 1:1559237/93‑1 (MQ=255) aTCTATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTAtg > 2:5204275/1‑93 (MQ=255) tATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGa < 2:3043579/93‑1 (MQ=255) tATTGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGa < 2:5695449/93‑1 (MQ=255) ttGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATg > 1:7026508/1‑93 (MQ=255) tGCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATgg < 1:769322/93‑1 (MQ=255) gCCGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATGGt > 1:6671152/1‑93 (MQ=255) ccGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTc < 1:5998134/93‑1 (MQ=255) ccGAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTc < 2:7435614/93‑1 (MQ=255) gAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTcgg > 1:2951452/1‑93 (MQ=255) gAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTcgg > 1:4894948/1‑93 (MQ=255) gAAAACGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTcgg > 2:2021856/1‑93 (MQ=255) aaaaCGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATGGTcggc > 1:5970642/1‑93 (MQ=255) aaaCGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTcggcg > 2:5282649/1‑93 (MQ=255) aaaCGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATGGTcggcg > 2:4774017/1‑93 (MQ=255) aaCGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTcggcgg > 1:6071270/1‑93 (MQ=255) cGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCt > 1:6295309/1‑93 (MQ=255) cGCAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCt > 2:7430684/1‑93 (MQ=255) cAAAGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGCTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCttt > 2:6669845/1‑93 (MQ=255) aaaGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCtttt > 1:4625849/1‑93 (MQ=255) aGCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCtttttt > 1:5836181/1‑93 (MQ=255) gCCAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTa < 2:2417358/93‑1 (MQ=255) cAGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTAtt > 2:5894297/1‑93 (MQ=255) aGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATtc > 1:4098515/1‑93 (MQ=255) aGCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATtc < 1:5747282/93‑1 (MQ=255) gCGGACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATtct > 2:5248361/1‑93 (MQ=255) ggACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATTCTCg > 1:4674299/1‑93 (MQ=255) ggACCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATTCTCg < 1:1962625/93‑1 (MQ=255) aCCTGGAAAACATTTAACTATTTTACCTTATGGATGGGTTCGGTTCATGACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATTCTCGGc > 1:2297101/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |