| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,384,043 | A→G | V969A (GTG→GCG) | yjeP ← | putative periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,384,043 | 0 | A | G | 82.5% | 641.6 / 134.4 | 302 | V969A (GTG→GCG) | yjeP | putative periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/30); new base G (124/125); total (147/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
GGCAGGGGCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAATTGTCACCGTA > NC_000913/4383952‑4384135 | gCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTAtc < 2:3258455/93‑1 (MQ=255) gCCGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTAtc < 2:1250014/93‑1 (MQ=255) cGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTAtctc < 2:5785587/93‑1 (MQ=255) cGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTAtctc < 2:4780195/93‑1 (MQ=255) cGGTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTAtctc < 1:5892388/93‑1 (MQ=255) ggTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATctct > 1:3167582/1‑93 (MQ=255) gTATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCtt > 1:2323970/1‑93 (MQ=255) tATCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCttt > 2:4672777/1‑93 (MQ=255) aTCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTa > 2:7237921/1‑93 (MQ=255) aTCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTa > 2:7194072/1‑93 (MQ=255) aTCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTa < 2:5188764/93‑1 (MQ=255) aTCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTa > 2:2253303/1‑93 (MQ=255) aTCGTCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTa > 1:2888045/1‑93 (MQ=255) tCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGt > 2:5024591/1‑93 (MQ=255) tCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGt > 1:3553726/1‑93 (MQ=255) tCAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGt > 2:845034/1‑93 (MQ=255) cAACACCACGCGCGTGGCCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTc < 1:5353892/93‑1 (MQ=255) cAACACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTc < 2:1980053/93‑1 (MQ=255) aaCACCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTcc > 2:5618569/1‑93 (MQ=255) acacCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTccc > 2:6831527/1‑93 (MQ=255) acacCACGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTccc < 1:4902470/93‑1 (MQ=255) accacGCGCGTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAg > 1:4441222/1‑93 (MQ=255) cgcgcgTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGc < 2:4955202/93‑1 (MQ=255) gcgTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGa < 1:1875511/93‑1 (MQ=255) gcgTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGa > 1:3836554/1‑93 (MQ=255) gcgTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGa > 1:2824954/1‑93 (MQ=255) cgTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGAt < 2:3071152/93‑1 (MQ=255) cgTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGAt > 1:3377471/1‑93 (MQ=255) cgTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGATGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGAt > 1:4656617/1‑93 (MQ=255) gTGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGAtg < 1:3119522/93‑1 (MQ=255) tGACCGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGAtgg < 2:6339151/93‑1 (MQ=255) cGAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGAtggtggt > 2:3443253/1‑93 (MQ=255) gAGTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGAtggtggtg < 1:5195030/93‑1 (MQ=255) gTCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGgc < 2:646427/93‑1 (MQ=255) tCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGgcg > 2:2132318/1‑93 (MQ=255) tCAGAGAGCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGgcg > 1:571173/1‑93 (MQ=255) agaaagCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGT‑ATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCgg < 2:7521797/93‑1 (MQ=255) agagCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCggg < 2:3787708/93‑1 (MQ=255) gagCGACCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGgt < 1:5938659/93‑1 (MQ=255) aCCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTaa < 1:6835640/93‑1 (MQ=255) aCCAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTaa < 2:7144410/93‑1 (MQ=255) ccAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAAt > 2:1535004/1‑93 (MQ=255) ccAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAAt > 2:242220/1‑93 (MQ=255) cAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAAtt < 2:1816915/93‑1 (MQ=255) cAGTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAAtt > 1:2663440/1‑93 (MQ=255) gTTGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAAtttt < 1:2054900/93‑1 (MQ=255) ttGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTc < 2:4067674/93‑1 (MQ=255) tGATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCg > 2:299295/1‑93 (MQ=255) gATAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGt > 2:4554079/1‑93 (MQ=255) tAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCa > 1:2185727/1‑93 (MQ=255) tAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCa > 1:3461827/1‑93 (MQ=255) tAAACTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCa > 2:3927927/1‑93 (MQ=255) aaaCTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCAc < 1:6325250/93‑1 (MQ=255) aaaCTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCAc < 1:2248462/93‑1 (MQ=255) aaaCTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCAc < 2:6951175/93‑1 (MQ=255) aCTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGc < 2:1070402/93‑1 (MQ=255) aCTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGc < 1:1455196/93‑1 (MQ=255) aCTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGc < 2:6689496/93‑1 (MQ=255) cTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCt < 1:2556307/93‑1 (MQ=255) cTGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCt > 2:1218136/1‑93 (MQ=255) tGCTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTa > 1:45255/1‑93 (MQ=255) cTCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTAcc < 1:4234344/93‑1 (MQ=255) tCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCg > 2:4227584/1‑93 (MQ=255) tCGGTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGCGTTAATTTTCGTCACGCTActg > 2:2472898/1‑91 (MQ=255) ggTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGt > 2:1709267/1‑93 (MQ=255) ggTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGt < 1:6166351/93‑1 (MQ=255) ggTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGt > 1:4356164/1‑93 (MQ=255) gTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTg > 2:3595172/1‑93 (MQ=255) gTAATAAACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTg > 2:3739676/1‑93 (MQ=255) taataaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTga > 1:7152782/1‑93 (MQ=255) taataaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTga > 1:6727894/1‑93 (MQ=255) taataaACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTga < 2:2678543/93‑1 (MQ=255) aataaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTgag > 1:4832562/1‑93 (MQ=255) ataaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTgaga < 1:7428246/93‑1 (MQ=255) ataaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTgaga > 1:7289063/1‑93 (MQ=255) ataaACGCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTgaga < 1:6886489/93‑1 (MQ=255) taaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGAt < 2:5296376/93‑1 (MQ=255) taaACGCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGAt > 2:1616908/1‑93 (MQ=255) 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gCCTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGa > 1:1372104/1‑93 (MQ=255) gCCTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGa > 1:4766679/1‑93 (MQ=255) ccTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGaa < 2:4403450/93‑1 (MQ=255) ccTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGaa < 2:6118446/93‑1 (MQ=255) ccTTGTTCGGCACGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGaa < 2:1457733/93‑1 (MQ=255) cTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCTCGCTACCGGTGAGATCGCGAAt > 1:3675817/1‑93 (MQ=255) cTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAAt > 2:5482726/1‑93 (MQ=255) cTTGTTCGGCGCGATTATCTCTTTACGGTCCCAGTCGCTGATGGTGGTGGCGCGGGTGTTAATTTTCGTCACGCTACCGGTGAGATCGCGAAt < 1:3969932/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |