Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,502,680 | C→T | A352V (GCA→GTA) | b4279 → | putative transport protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,502,680 | 0 | C | T | 88.9% | 750.7 / 55.5 | 262 | A352V (GCA→GTA) | b4279 | putative transport protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/10); new base T (135/98); total (154/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-05 |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
GTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGCAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTACGGTTGCATT > NC_000913/4502590‑4502770 | gTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTaa < 2:7229780/93‑1 (MQ=255) gTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTaa < 1:2425685/93‑1 (MQ=255) tATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGCAAc > 1:5077940/1‑93 (MQ=255) ttGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTg > 2:6999739/1‑93 (MQ=255) ttGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTg > 2:4842785/1‑93 (MQ=255) tGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTgg < 1:6389572/93‑1 (MQ=255) 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atatatGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTa < 1:1613139/93‑1 (MQ=255) atatGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGc > 2:5647310/1‑93 (MQ=255) tGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCtac > 1:3701323/1‑93 (MQ=255) tGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCtac > 1:2202019/1‑93 (MQ=255) aTTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCtacat < 2:4122196/93‑1 (MQ=255) aTTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCtacat < 1:2564720/93‑1 (MQ=255) ttACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCtacata < 2:852171/93‑1 (MQ=255) aCTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCtacataca > 1:2880511/1‑93 (MQ=255) tttCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACAtt > 2:357587/1‑93 (MQ=255) tttCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACAtt > 1:90359/1‑93 (MQ=255) ttCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACAttt > 1:6911931/1‑93 (MQ=255) ttCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACAttt > 1:192703/1‑93 (MQ=255) tCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTc > 2:2675416/1‑93 (MQ=255) tCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTc < 1:2675421/93‑1 (MQ=255) aacaaAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAgg > 2:3357685/1‑93 (MQ=255) aacaaAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGCAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAgg > 1:1128603/1‑93 (MQ=255) 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aaTTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGAtatt < 1:3170409/93‑1 (MQ=255) aaTTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGAtatt < 1:1261132/93‑1 (MQ=255) aTTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGAtatta > 1:5508007/1‑93 (MQ=255) ttAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGAtattat < 2:2192027/93‑1 (MQ=255) ttAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGAtattat < 1:2902166/93‑1 (MQ=255) ttAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGAtattat < 1:1039816/93‑1 (MQ=255) ttAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGCAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGAtattat < 1:5020146/93‑1 (MQ=255) tAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATg > 2:5092348/1‑93 (MQ=255) 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ttAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGgt > 2:4367702/1‑93 (MQ=255) ttAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGgt > 1:3848214/1‑93 (MQ=255) tAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGgtg < 2:3864215/93‑1 (MQ=255) tAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGgtg < 2:6577104/93‑1 (MQ=255) tAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGgtg > 2:1674366/1‑93 (MQ=255) aGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGgtgt < 1:624377/93‑1 (MQ=255) gggACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGtt < 2:4573146/93‑1 (MQ=255) ggACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGttt < 1:4136763/93‑1 (MQ=255) 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gTCTTATTTATAACTTAGGGGCAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCattat > 1:619006/1‑93 (MQ=255) tCTTATTTATAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCattatt < 2:2963737/93‑1 (MQ=255) ttatttatAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCa < 1:478365/93‑1 (MQ=255) ttatAACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGt > 1:5878082/1‑93 (MQ=255) ataACTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTa < 1:6065437/93‑1 (MQ=255) ataACTTAGGGGCAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTa < 1:3422012/93‑1 (MQ=255) taACTTAGGGGCAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTAc > 2:6334516/1‑93 (MQ=255) aaCTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTACg > 2:5364743/1‑93 (MQ=255) cTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTACGGt < 2:5802683/93‑1 (MQ=255) cTTAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTACGGt < 1:7397500/93‑1 (MQ=255) ttAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTACGGtt > 2:6164022/1‑93 (MQ=255) ttAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTACGGtt < 2:2449012/93‑1 (MQ=255) ttAGGGGTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTACGGtt > 2:3148994/1‑93 (MQ=255) ggggTAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTACGGTTGCa > 1:4451213/1‑93 (MQ=255) | GTATTGCAGGGTTGGTTCCAAAATTTATATATGATTACTTTCCAACAAAATTAAGAGGATTAGGGACCGGTCTTATTTATAACTTAGGGGCAACTGGAGGAATGGCCGCACCTGTATTAGCTACATACATTTCAGGATATTATGGCTTAGGTGTTTCATTATTCATTGTTACGGTTGCATT > NC_000913/4502590‑4502770 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |