| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,551,074 | T→C | L202P (CTG→CCG) | uxuB → | D‑mannonate oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,551,074 | 0 | T | C | 85.8% | 673.3 / 102.4 | 289 | L202P (CTG→CCG) | uxuB | D‑mannonate oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/21); new base C (133/115); total (153/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
GTCGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGA > NC_000913/4550984‑4551166 | tcgtGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGggccggc > 2:5180808/1‑93 (MQ=255) tcgtGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGggccggc < 2:2868679/93‑1 (MQ=255) gtGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTc < 2:2151075/93‑1 (MQ=255) gtGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTc > 1:4174088/1‑93 (MQ=255) tGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCa > 2:2470769/1‑93 (MQ=255) tGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCa > 2:666674/1‑93 (MQ=255) aaaaaGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAgg > 1:1262657/1‑93 (MQ=255) aaaaGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGgc > 2:6449496/1‑93 (MQ=255) aaaGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGgcg > 1:431361/1‑93 (MQ=255) aaaGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGgcg > 2:4980722/1‑93 (MQ=255) aaGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGgcgc > 1:1513698/1‑93 (MQ=255) ggTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTg > 2:4834709/1‑93 (MQ=255) gTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGa > 1:3031684/1‑93 (MQ=255) tGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGAcc < 2:2336937/93‑1 (MQ=255) tGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGAcc < 1:1322866/93‑1 (MQ=255) gAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGAccc > 1:6561662/1‑93 (MQ=255) aaaGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCg > 2:6678278/1‑93 (MQ=255) aaGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGc > 1:7329234/1‑93 (MQ=255) aaGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGc < 1:6059012/93‑1 (MQ=255) aaGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGc > 1:4900498/1‑93 (MQ=255) aaGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGc > 1:6158104/1‑93 (MQ=255) aGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCa > 1:2040148/1‑93 (MQ=255) cGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGc < 1:2815790/93‑1 (MQ=255) gTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCt < 2:2160590/93‑1 (MQ=255) gTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCt < 1:6339583/93‑1 (MQ=255) gTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCt > 1:2733555/1‑93 (MQ=255) tttACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTg < 1:3251902/93‑1 (MQ=255) tttACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTg > 1:3561807/1‑93 (MQ=255) tACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTggc < 2:4240122/93‑1 (MQ=255) tACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTggc < 1:7037194/93‑1 (MQ=255) aCGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTggcg < 2:1483175/93‑1 (MQ=255) cGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTggcgg > 1:1196771/1‑93 (MQ=255) ggTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTggcggc > 1:2286677/1‑93 (MQ=255) gTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCa < 2:1785190/93‑1 (MQ=255) gATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATg > 2:1568256/1‑93 (MQ=255) gATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATg < 1:4456959/93‑1 (MQ=255) aTGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATgg > 2:7478341/1‑93 (MQ=255) tGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGa > 1:1655518/1‑93 (MQ=255) tGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGa < 1:3810998/93‑1 (MQ=255) gTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCCGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGAt < 1:1963898/93‑1 (MQ=255) tCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGAtt > 2:1447645/1‑93 (MQ=255) ccTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTg > 1:4610997/1‑93 (MQ=255) ccTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTg > 1:818606/1‑93 (MQ=255) cTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTga > 2:3264301/1‑93 (MQ=255) tGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTgaa > 1:1738734/1‑93 (MQ=255) tGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTgaa > 1:1391252/1‑93 (MQ=255) cGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTgaaga < 1:4385139/93‑1 (MQ=255) gATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTgaagaa > 1:1128227/1‑93 (MQ=255) gATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTgaagaa > 1:669810/1‑93 (MQ=255) tAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGaaaa > 2:4568796/1‑93 (MQ=255) tAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGaaaa > 1:2426156/1‑93 (MQ=255) tAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGaaaa > 2:5585652/1‑93 (MQ=255) tAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGaaaa < 2:3916717/93‑1 (MQ=255) tAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGaaaa > 2:7140569/1‑93 (MQ=255) tAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGaaaa < 1:5433868/93‑1 (MQ=255) aCGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATg > 1:1828073/1‑93 (MQ=255) gtgcgtgAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTc < 1:1448033/93‑1 (MQ=255) tgcgtgAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCa > 2:6274030/1‑93 (MQ=255) tgcgtgAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCa > 2:3401380/1‑93 (MQ=255) tgcgtgAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCa < 1:3464038/93‑1 (MQ=255) tgcgtgAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCa < 1:2312817/93‑1 (MQ=255) aaaaCGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTcc > 1:983511/1‑93 (MQ=255) aaaaCGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTcc > 2:1041506/1‑93 (MQ=255) aaaCGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGACGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTccc < 2:3092208/93‑1 (MQ=255) aaCGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCg > 2:4458903/1‑93 (MQ=255) aaCGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCg > 2:6120979/1‑93 (MQ=255) aCGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGt < 1:847614/93‑1 (MQ=255) aCGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGt > 2:6099773/1‑93 (MQ=255) ggTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGc < 1:6497159/93‑1 (MQ=255) gTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCa > 2:3640287/1‑93 (MQ=255) gTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCa > 2:6496430/1‑93 (MQ=255) cATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCAcc > 1:3873016/1‑93 (MQ=255) aTGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCa > 1:2486316/1‑93 (MQ=255) aTGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCa < 2:6805649/93‑1 (MQ=255) gtgGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATg < 2:5878072/93‑1 (MQ=255) tgGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATgg < 2:5086947/93‑1 (MQ=255) ggCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGt < 2:1909661/93‑1 (MQ=255) gCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGtt < 2:2682212/93‑1 (MQ=255) 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aCTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTcc < 2:5416371/93‑1 (MQ=255) cTGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCcg > 1:6478387/1‑93 (MQ=255) tGGGGCCGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCcgg > 2:7053190/1‑93 (MQ=255) ggccggctCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCcggcgg < 2:6146743/93‑1 (MQ=255) ggccggctCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCcggcgg < 1:6256456/93‑1 (MQ=255) ctggctCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGgcggcg < 2:202051/93‑1 (MQ=255) | GTCGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGA > NC_000913/4550984‑4551166 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |