| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,951,170 | Δ1 bp | coding (39/1818 nt) | ilvD → | dihydroxyacid dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,951,168 | 0 | C | . | 99.5% | 849.8 / ‑3.3 | 190 | coding (37/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base . (45/144); total (45/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
TGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑G‑GC‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCT > NC_000913/3951085‑3951256 | cactgggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcgc‑cac < 1:3375115‑M2/5‑3 (MQ=255)cactgggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcggggggtcgtgggccggggcgcgc‑c‑cc > 1:5240097‑M2/89‑92 (MQ=255) actgggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcgc‑cacc < 2:4782515‑M2/6‑4 (MQ=255) gggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcGC‑C‑C‑CCGGa < 1:6960371‑M2/9‑1 (MQ=255) ggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtggtcgtgggctgggggggGC‑C‑CCCCGGa > 2:3122327‑M2/84‑93 (MQ=255) ggagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGaa < 1:5139639‑M2/10‑1 (MQ=255) gagtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggtgcG‑‑C‑CACCGGAAt < 1:7196342‑M2/11‑1 (MQ=255) gtaaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgggctgtggggcGC‑C‑CCCGggaaga > 1:1283542‑M2/81‑91 (MQ=255) taaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑c < 2:3033054‑M2/14‑1 (MQ=255) taaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑c < 2:5052314‑M2/14‑1 (MQ=255) agataaagtaggcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑cc < 2:2492763‑M2/15‑1 (MQ=255) aaataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgtgcgctgtggggcG‑‑C‑CACCCGGATGA‑cc > 2:5124531‑M2/79‑93 (MQ=255) ataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgtgcgctgtggggcGC‑C‑C‑CCGGGATGA‑Acgc > 2:2087177‑M2/77‑92 (MQ=255) ataaagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggcgcgtgggctgtggggcG‑‑C‑CACCGGGCTGA‑ACGa > 2:1862358‑M2/77‑93 (MQ=255) aagtatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGc < 2:1715031‑M2/20‑1 (MQ=255) tatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGa < 1:3350959‑M2/23‑1 (MQ=255) tatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGa < 2:4833670‑M2/23‑1 (MQ=255) tatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGa < 2:6038259‑M2/23‑1 (MQ=255) tatgcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgccgtggcgcGG‑C‑CCCCGGAA‑GA‑CCGCCGCCGa > 2:399217‑M2/71‑93 (MQ=255) cTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTGT‑‑‑GGCG‑GG‑C‑CCCCCGAATAA‑ACGACCCCCATTTCg > 1:6813386/1‑93 (MQ=255) gcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGAttt < 1:7813406‑M2/26‑1 (MQ=255) gcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGAttt < 1:3224008‑M2/26‑1 (MQ=255) gcctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGAttt < 2:4599566‑M2/26‑1 (MQ=255) cctaagtgccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTc < 1:5092584‑M2/27‑1 (MQ=255) cctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTc < 1:6682216‑M2/27‑1 (MQ=255) cctaagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTc < 1:1831671‑M2/27‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCCGTGGGG‑‑G‑GC‑C‑CCCCGGAA‑GA‑CCGGCGCCCCTTTCGGt > 2:7303874/1‑93 (MQ=255) aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCCTGCGCCGTG‑‑G‑‑G‑GCGC‑CACCCGGATGA‑CCGACGCCGCTTTCggga > 2:6673763/1‑91 (MQ=255) taagtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCgg < 2:5823191‑M2/29‑1 (MQ=255) gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCTTTCGCTGTG‑‑G‑‑G‑GCGC‑CACCGGCAAGG‑CCGACCCCGCGTTTGGTac > 2:527022/1‑92 (MQ=255) gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCCGT‑‑‑G‑‑GCGCGC‑CACCCGGAAGA‑CCGACCCCCATTTCGGtta > 1:5785017/1‑91 (MQ=255) agtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTa < 2:3405234‑M2/31‑1 (MQ=255) aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGGCGGGGGCTGT‑‑‑G‑‑GCGCGC‑CACCCGGATGA‑ACGAAGCCGCTTTTTGTaatc > 2:1001260/1‑91 (MQ=255) gtaccgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTaa < 2:1101704‑M2/32‑1 (MQ=255) cGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCCGTG‑‑G‑‑G‑GCGC‑CACCCGGATGA‑CCGACGCCCATTTCTGTGAGACg > 2:2981891/1‑93 (MQ=255) gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGGCGT‑‑‑G‑‑GCGCGC‑CCCCGGGATGA‑GCGACGCCCCGTTTGGTAAGCCgc > 2:7713714/1‑92 (MQ=255) gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCCCCTGCGCCGTG‑‑G‑‑G‑GCGC‑CACCGGAAAGA‑CCGACGCCGCCTTTGGTAAGCCGa > 1:668936/1‑93 (MQ=255) accgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 2:3206998‑M2/34‑1 (MQ=255) accgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 1:24153‑M2/34‑1 (MQ=255) accgttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggggctcgtgcgctgtggcgcGC‑C‑ACCCGGAA‑GA‑CCGACGCCGACTTCGGTAAGc > 1:3455072‑M2/60‑93 (MQ=255) ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑GCGCGC‑CACCGGGATGA‑ACGCCCCCCAATTCGGTAAACCggt > 1:5990716/1‑91 (MQ=255) ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCCTGCGCTGTGG‑G‑‑G‑GG‑C‑CCCCGGAATGA‑CCGCACCCCATTTTTGTAAACCGAt > 2:3309840/1‑93 (MQ=255) ttCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCCGCGCCGT‑‑‑G‑‑GCGCGC‑CCCCGGCATGA‑CCCACGCCGACTTCGGTAAGGCgct > 1:3968045/1‑91 (MQ=255) tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGCCGTG‑‑G‑‑G‑GCGC‑CCCCGGGATGACCCGACGCC‑ACTTTGGTAAGcccgtt > 2:2280274/1‑89 (MQ=255) gttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 1:2589270‑M2/37‑1 (MQ=255) cttccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 2:4328033‑M2/37‑1 (MQ=255) ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:413120‑M2/40‑1 (MQ=255) ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:2144531‑M2/40‑1 (MQ=255) ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:3712906‑M2/40‑1 (MQ=255) ccgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 1:2553403‑M2/40‑1 (MQ=255) ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑G‑GCGC‑CACCCGGATGA‑ACGCCCCCCACTTTGGTAAGCCGGTTAttc > 2:722569/1‑91 (MQ=255) cgccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAt < 1:1626269‑M2/41‑1 (MQ=255) gccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:6562893‑M2/42‑1 (MQ=255) ccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcg < 1:1225639‑M2/43‑1 (MQ=255) ccaccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcg < 1:7888568‑M2/43‑1 (MQ=255) caccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 2:122449‑M2/44‑1 (MQ=255) ccaccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCgg < 1:1320888‑M2/46‑1 (MQ=255) caccactcatggtcgtaatatggcgggtgctcgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:7174768‑M2/47‑1 (MQ=255) cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑G‑GCGC‑CCCCCGGATGA‑CCGACGCCGATTTCGGGAAGGCGATTATCGCGGGtgg > 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1:4949025‑M2/17‑93 (MQ=255) cgtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGt > 1:6437952‑M2/16‑93 (MQ=255) gtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGACCTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc > 1:2273306‑M2/15‑93 (MQ=255) gtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc > 2:6805789‑M2/15‑93 (MQ=255) gtgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 1:6251377‑M2/79‑1 (MQ=255) tgcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCa < 1:4531503‑M2/80‑1 (MQ=255) gcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 2:275799‑M2/81‑1 (MQ=255) gcgctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc < 2:2471960‑M2/81‑1 (MQ=255) ctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTNACCCAATTTGTACNGGGTCACGTc > 2:135‑M2/10‑93 (MQ=255) ctgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTc > 2:4116562‑M2/10‑93 (MQ=255) tgtggcgcG‑‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTcc > 1:5338369‑M2/9‑93 (MQ=255) ggcGC‑CGCACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCTATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATc < 1:5925400‑M2/90‑1 (MQ=255) | TGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑‑G‑‑G‑GC‑C‑CACCGGAATGA‑CCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCT > NC_000913/3951085‑3951256 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |