| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,316,594 | (C)5→4 | coding (1219/1362 nt) | trpC ← | N‑(5‑phosphoribosyl)anthranilate isomerase and indole‑3‑glycerolphosphate synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,316,590 | 0 | C | . | 99.4% | 759.7 / ‑3.6 | 169 | coding (1223/1362 nt) | trpC | N‑(5‑phosphoribosyl)anthranilate isomerase and indole‑3‑glycerolphosphate synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base . (85/83); total (85/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CTTTGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGCCCCCCGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTGACCAGTCAAAACGTTGCCCGCTTCCACCCTGGCCGTTGTCTAA > NC_000913/1316498‑1316678 | tGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccc < 2:4243440/93‑1 (MQ=255) tGATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccc < 1:4438809/93‑1 (MQ=255) gATGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccct > 1:6983183/1‑92 (MQ=255) tGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccctgc < 2:4598238/93‑4 (MQ=255) tGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccctgc < 1:3661658/93‑4 (MQ=255) tGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccctgc < 1:2531776/93‑4 (MQ=255) tGCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccctgc > 1:5224427/1‑90 (MQ=255) gCCCGGTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAGcccctgcc > 1:5614793/1‑89 (MQ=255) gTTGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCcagcag < 1:1526211/93‑1 (MQ=255) ttGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGa > 1:3250472/1‑93 (MQ=255) tGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGaa < 1:4564143/93‑1 (MQ=255) tGCGACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCACCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGaa < 2:6028428/93‑1 (MQ=255) gACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGt < 2:388255/93‑1 (MQ=255) gACTCTACAGCAGAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGt > 1:7540136/1‑93 (MQ=255) 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gAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAtt < 2:2360712/93‑1 (MQ=255) gAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAtt > 1:5161597/1‑93 (MQ=255) gAATTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGAtt > 2:5359647/1‑93 (MQ=255) aTTAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTCCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGa < 1:1251488/93‑1 (MQ=255) ttAAAATCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGAc > 1:7275992/1‑93 (MQ=255) aaaTCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAt < 2:3581177/93‑1 (MQ=255) aaaTCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAt < 2:6828966/93‑1 (MQ=255) aaTCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCAtt > 1:3988641/1‑93 (MQ=255) tCAAGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTa > 2:5183298/1‑93 (MQ=255) aaGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAAt < 1:6898422/93‑1 (MQ=255) aGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATa < 1:1619002/93‑1 (MQ=255) aGTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATa > 2:4513937/1‑93 (MQ=255) aGTCCGGCGCAGCCGGTGTGTGGCGGTTCCACGGAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCGCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATa > 2:5934125/1‑93 (MQ=255) gTCCGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAg > 2:7319878/1‑93 (MQ=255) ccGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTg < 1:1017707/93‑1 (MQ=255) ccGGCGCAGCCGGTTTGTGCCGCTTCCACGCAGTTATCTGCGCCTAAG‑CCCCTGCCAGCAGAACGTTGCCAAGCGATTGACCATTTAATAGTg < 1:1365684/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |