| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,980,552 | (A)6→5 | intergenic (‑141/+26) | otsB ← / ← araH | trehalose‑6‑phosphate phophatase/ABC‑type arabinose transport system permease component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,980,547 | 0 | A | . | 97.0% | 845.0 / 14.8 | 203 | intergenic (‑136/+31) | otsB/araH | trehalose‑6‑phosphate phophatase/ABC‑type arabinose transport system permease component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); major base . (83/111); minor base G (6/0); total (91/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
CGCTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGTGCGTTTCGCTTTTTGCTTGTAACGGTCGAAGATCACCGCTGCCAGCAGG > NC_000913/1980455‑1980635 | cgcTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGa > 1:7856245/1‑93 (MQ=255) gcTTTACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaa < 1:51549/93‑1 (MQ=255) tttACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGGTGGCTATGGTGGGgaaa > 1:3432558/1‑93 (MQ=255) ttACAGGCATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGGTGGCTATGGTGGGgaaaa > 2:5642136/1‑93 (MQ=255) ttACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATGTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaa < 1:3203330/93‑1 (MQ=255) tACAGACATGTAAGTATAGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGaaaaac < 1:568165/93‑2 (MQ=255) 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tataGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCa < 2:438736/93‑1 (MQ=255) ataGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAg > 2:1137388/1‑93 (MQ=255) taGACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGa > 2:7727616/1‑93 (MQ=255) gACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaa > 2:6204695/1‑93 (MQ=255) gACAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaa > 2:3233732/1‑93 (MQ=255) aCAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaaa > 1:5096238/1‑93 (MQ=255) aCAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaaa > 2:7478121/1‑93 (MQ=255) aCAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaaa < 2:2599875/93‑1 (MQ=255) cAGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaaaa < 1:838992/93‑1 (MQ=255) aGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaaaaa < 2:2199319/93‑1 (MQ=255) aGTGTGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGaaaaaa < 1:3603185/93‑1 (MQ=255) gtgtGACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGGAGaaaaaaa > 2:2710428/1‑92 (MQ=255) gACGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATc < 2:6737737/93‑1 (MQ=255) aCGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCa > 1:4191679/1‑93 (MQ=255) aCGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCa < 1:6515533/93‑1 (MQ=255) cGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACTGTGAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAg > 1:7416788/1‑93 (MQ=255) cGGGGGT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAg > 1:6383246/1‑93 (MQ=255) agggggTGCGCTATTTGGAATGAAGAACATCCAAACGTTATGGCGGTGGGCGATGGTGGG‑AAAAACCCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCa < 1:1120011/92‑1 (MQ=255) gggggT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGa > 1:6137142/1‑93 (MQ=255) ggggT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGGAAAAAA‑GCTAAATTGTTGCAGAAAACAGCATCacac > 1:3106066/1‑93 (MQ=255) ggggT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGAc < 1:4728861/93‑1 (MQ=255) gggT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACa > 2:1917310/1‑93 (MQ=255) gggT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACa < 2:5481954/93‑1 (MQ=255) gT‑CGCCATTTGCAACGAAGAACAGCCAACCGTTATGGCGGTTGGCTATGGTGGG‑AAAAACGCTAAATTGTTGCAGAAAAAAGCATCAGACAGt < 1:950767/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |