| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,983,543 | (C)5→4 | coding (609/990 nt) | araF ← | L‑arabinose‑binding periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,983,539 | 0 | C | . | 96.7% | 912.3 / 15.6 | 215 | coding (613/990 nt) | araF | L‑arabinose‑binding periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/5); new base . (87/121); total (89/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
GCCGCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTA > NC_000913/1983447‑1983627 | gccgccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGc < 2:6725625/93‑1 (MQ=255) ccgccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcc < 1:3038206/93‑1 (MQ=255) cgccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTCGCAGCGTCAAATTccc > 2:4238705/1‑93 (MQ=255) gccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcccc > 1:5594361/1‑93 (MQ=255) gccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcccc < 2:7415820/93‑1 (MQ=255) gccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcccc < 1:2170839/93‑1 (MQ=255) ccAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGccccgg < 1:1076491/93‑3 (MQ=255) aGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCggga < 2:3832211/93‑2 (MQ=255) gcGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGt < 2:1315178/92‑1 (MQ=255) cGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTc < 2:594127/93‑1 (MQ=255) cGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTc > 1:5858999/1‑93 (MQ=255) cGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTc < 1:5027055/93‑1 (MQ=255) cGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTc > 1:3691215/1‑93 (MQ=255) gTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGt < 2:7145533/93‑1 (MQ=255) tGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGtt > 2:4539199/1‑93 (MQ=255) tGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGa < 1:6310567/93‑1 (MQ=255) tGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGa < 2:2949307/93‑1 (MQ=255) gTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGAt > 1:7814968/1‑93 (MQ=255) gTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTg > 1:2356493/1‑93 (MQ=255) ttCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGTAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTgg > 1:7002526/1‑93 (MQ=255) cATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggta < 2:6589941/93‑1 (MQ=255) cATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggta < 2:3520945/93‑1 (MQ=255) aTACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtag < 2:2079038/93‑1 (MQ=255) aTACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtag < 1:1404192/93‑1 (MQ=255) tACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtagg < 1:285670/93‑1 (MQ=255) tACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtagg > 1:3082343/1‑93 (MQ=255) aCCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtaggt > 2:3401046/1‑93 (MQ=255) ccGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtaggta > 2:1179090/1‑93 (MQ=255) cgacgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTAc < 2:4939464/93‑1 (MQ=255) gacgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTAcc < 1:476556/93‑1 (MQ=255) acgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCt < 2:1598643/93‑1 (MQ=255) acgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCt < 1:1245833/93‑1 (MQ=255) acgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCt > 1:3192284/1‑93 (MQ=255) acgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCt < 1:1958766/93‑1 (MQ=255) acgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCt < 1:1700487/93‑1 (MQ=255) taccAGCCAATGTTTAACTTCCGGATTTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAATTG‑CCCCTGGATGTCGTTAGATTTTGTTGGTACCTGa > 2:7035845/4‑93 (MQ=255) gaTCAGCCAATGTTTGACTTCCGGATGTTTAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGa < 1:1840951/93‑1 (MQ=255) gaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGa > 1:6003381/1‑93 (MQ=255) tCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATa > 1:7289772/1‑93 (MQ=255) tCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATa > 2:3989773/1‑93 (MQ=255) aGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATaaa > 2:3266438/1‑93 (MQ=255) aGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATaaa > 2:1665500/1‑93 (MQ=255) cAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAttt < 2:5211132/93‑1 (MQ=255) cAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAttt > 1:3099569/1‑93 (MQ=255) aTGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGt < 1:6749696/93‑1 (MQ=255) aTGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGt < 1:6486069/93‑1 (MQ=255) aTGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGt < 1:6290063/93‑1 (MQ=255) tGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtt > 2:2643547/1‑93 (MQ=255) tGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtt > 2:3125903/1‑93 (MQ=255) tGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtt > 2:560255/1‑93 (MQ=255) tttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtttt < 1:4142214/93‑1 (MQ=255) tttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtttt < 1:794512/93‑1 (MQ=255) tttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtttt < 2:2273276/93‑1 (MQ=255) ttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttttt < 2:3984193/93‑1 (MQ=255) tAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTc > 2:2197384/1‑93 (MQ=255) tAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTc < 1:3359077/93‑1 (MQ=255) aaCTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTcc < 2:349399/93‑1 (MQ=255) aCTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCg < 2:7867461/93‑1 (MQ=255) cTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCgg > 1:5626472/1‑93 (MQ=255) tCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGa < 2:744658/93‑1 (MQ=255) ccGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGaa < 2:6083193/93‑1 (MQ=255) ccGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGaa < 2:7276660/93‑1 (MQ=255) ccGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGaa < 2:5312705/93‑1 (MQ=255) ccGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGaa > 1:3246834/1‑93 (MQ=255) ggATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATc < 2:2140874/93‑1 (MQ=255) ggATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATc < 2:6506267/93‑1 (MQ=255) gATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATcc < 1:3977658/93‑1 (MQ=255) gATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATcc < 2:636308/93‑1 (MQ=255) gATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATcc < 2:4470146/93‑1 (MQ=255) attttGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCg < 2:3262891/90‑1 (MQ=255) 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cGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATcc < 1:5801126/93‑1 (MQ=255) gTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATccc > 2:7936063/1‑93 (MQ=255) gTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGGACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAACCCGGACGCTTTCCGCCCATCCATAGATccc > 2:5944790/1‑93 (MQ=255) tCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCg > 2:4628097/1‑93 (MQ=255) aaaTG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCgta > 2:5720768/1‑93 (MQ=255) aaaTG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCgta < 2:867599/93‑1 (MQ=255) | GCCGCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTA > NC_000913/1983447‑1983627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |