| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,311,335 | (T)5→4 | intergenic (‑566/‑173) | ompC ← / → yojN | outer membrane protein 1b (Ib;c)/putative 2‑component sensor protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,311,331 | 0 | T | . | 99.6% | 1112.8 / ‑3.0 | 244 | intergenic (‑562/‑177) | ompC/yojN | outer membrane protein 1b (Ib;c)/putative 2‑component sensor protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base . (133/110); total (134/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
AAAACTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCTTTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATAGAGAAT > NC_000913/2311239‑2311419 | aaaaCTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCt > 2:3369911/1‑93 (MQ=255) aaaCTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCtt > 2:2080371/1‑93 (MQ=255) aaCTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCttt < 1:3137681/93‑1 (MQ=255) cTATAACGCTTGTTAACTATTACACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCttttg < 1:468989/93‑2 (MQ=255) tataACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCttttgt > 2:512827/1‑91 (MQ=255) ataACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCttttgta > 2:2659235/1‑90 (MQ=255) ataACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCttttgta < 2:6499155/93‑4 (MQ=255) ataACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTCCATTTATTTTTGTTGGGCttttgta > 2:7319974/1‑90 (MQ=255) taACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCttttgtag > 2:3913362/1‑89 (MQ=255) taACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCttttgtag > 2:5334396/1‑89 (MQ=255) aaCGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAgg > 2:6218951/1‑93 (MQ=255) aaCGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAgg < 2:5394181/93‑1 (MQ=255) cGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGCTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGtt > 1:7348786/1‑93 (MQ=255) gCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTa > 1:3631232/1‑93 (MQ=255) 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tAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTa > 1:5104302/1‑93 (MQ=255) tAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTa < 2:2160053/93‑1 (MQ=255) aCATCCGCATAGTTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAGTTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACa < 2:7038093/93‑1 (MQ=255) aCATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACa > 2:4921452/1‑93 (MQ=255) aCATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACa < 2:3595713/93‑1 (MQ=255) aCATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACa > 1:1957714/1‑93 (MQ=255) tCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCt > 2:5010982/1‑93 (MQ=255) tCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCt > 1:1625016/1‑93 (MQ=255) 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tttGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATc < 1:3063294/93‑1 (MQ=255) ttGCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCa < 2:7242373/93‑1 (MQ=255) gCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACg < 1:523472/93‑1 (MQ=255) gCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACg > 1:4990254/1‑93 (MQ=255) gCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACg < 1:6371602/93‑1 (MQ=255) gCAATTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACg < 2:7917266/93‑1 (MQ=255) aaTTATTTTTGTTGGGC‑TTTTGAAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACggg > 1:6834024/1‑93 (MQ=255) attattTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGga < 1:4841232/93‑1 (MQ=255) attattTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGga < 1:3638847/93‑1 (MQ=255) tattTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGgaga > 2:1690924/1‑93 (MQ=255) attTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGaa > 1:5784945/1‑93 (MQ=255) attTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGaa < 1:3349887/93‑1 (MQ=255) attTTTGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGaa < 2:2352801/93‑1 (MQ=255) tttttGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAAt < 2:7442314/93‑1 (MQ=255) ttttGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATa > 2:3689459/1‑93 (MQ=255) ttttGTTGGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATa > 1:4722116/1‑93 (MQ=255) tttGTTGGGC‑TTTTGTAGTTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATag < 2:6931100/93‑1 (MQ=255) tttgGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATAgaga < 1:2248144/92‑1 (MQ=255) gttgGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATAgaga > 1:6165339/1‑93 (MQ=255) gttgGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATAgaga < 1:3714684/93‑1 (MQ=255) gttgGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATAgaga < 2:4339464/93‑1 (MQ=255) tgGGC‑TTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATAGAGAat < 2:6635008/93‑1 (MQ=255) | AAAACTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCTTTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGCGCTTGTACATCTATTTCCCCCAATGCAGGATGATAAATATCACGGGAGAATAGAGAAT > NC_000913/2311239‑2311419 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |