| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,913,076 | (G)6→7 | intergenic (‑248/+105) | glmU ← / ← atpC | N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, epsilon‑subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,913,070 | 1 | . | G | 94.8% | 1152.5 / 52.0 | 381 | intergenic (‑242/+111) | glmU/atpC | N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, epsilon‑subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (14/6); new base G (174/187); total (188/193) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 465 total aligned reads displayed.
CTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGG > NC_000913/3912978‑3913157 | cTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCCTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACa < 2:7729691/93‑1 (MQ=255)cTTGTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACa < 1:6060203/93‑1 (MQ=255) ttttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑g < 1:632124/93‑1 (MQ=255) ttttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑g < 1:4385879/93‑1 (MQ=255) tttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑gg < 1:1452857/93‑1 (MQ=255) tttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑gg < 2:6814259/93‑1 (MQ=255) tttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑gg < 1:2949983/93‑1 (MQ=255) ttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑ggg < 1:1065991/93‑1 (MQ=255) ttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑ggg < 2:4976158/93‑1 (MQ=255) tGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑gggg > 2:1214625/1‑93 (MQ=255) tGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑gggg < 1:4031550/93‑1 (MQ=255) ttcggCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGGCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑ggggg < 1:168304/89‑1 (MQ=255) gTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATGTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑ggggg < 2:3140010/93‑1 (MQ=255) tCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑‑gggggg < 1:7862658/93‑1 (MQ=255) 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cTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTAtg < 2:4099926/93‑1 (MQ=255) ttAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTAtgt < 2:419741/93‑1 (MQ=255) tAATTTAAGCGTCAGGCGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGATTTATATCAGCAGGATCTAtgtg > 2:2054005/1‑93 (MQ=255) tAATTGAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAGTGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGGTTTATATCAGCAGGATCTAtgtg < 2:3917631/93‑1 (MQ=255) tttAAGCGTCAGGTGGATTTTTTTGCTCTTATTTCGATAAATGAATAAACAGAAAAACAGGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGaa < 1:6974819/93‑1 (MQ=255) tttAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAAc > 1:4611835/1‑93 (MQ=255) ttAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACg < 2:3590616/93‑1 (MQ=255) tAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAG‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGc < 2:2802890/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |