| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,979,535 | +G | coding (1036/1386 nt) | yifK → | putative amino acid/amine transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,979,534 | 1 | . | G | 99.7% | 1126.2 / ‑4.2 | 350 | coding (1035/1386 nt) | yifK | putative amino acid/amine transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (177/172); total (177/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 376 total aligned reads displayed.
AAAAACCGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑GCTCATGCCTGGAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGATGGTGCCAT > NC_000913/3979442‑3979622 | aaaaaCCGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAAtt > 1:1417210/1‑93 (MQ=255)aaaaaCCGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAAtt < 1:5510753/93‑1 (MQ=255) aaaaCCGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑g > 1:6085489/1‑93 (MQ=255) aaaCCGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑gg > 2:2874109/1‑92 (MQ=255) aaaCCGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑gg < 1:5659829/93‑2 (MQ=255) aCCGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑ggct < 2:1868795/93‑4 (MQ=255) aCCGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑ggct < 1:1847329/93‑4 (MQ=255) ccGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑ggctc < 1:933902/93‑5 (MQ=255) ccGTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑ggctc > 2:4072512/1‑89 (MQ=255) gTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCAt < 1:1031526/93‑1 (MQ=255) gTCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCAt > 2:2081742/1‑93 (MQ=255) tCAGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATg < 2:1244619/93‑1 (MQ=255) aGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGTGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGcc < 1:6893066/93‑1 (MQ=255) aGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGcc < 2:6407155/93‑1 (MQ=255) aGTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGcc > 1:3601052/1‑93 (MQ=255) gTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCt < 2:4861527/93‑1 (MQ=255) gTTACCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCt > 2:2697449/1‑93 (MQ=255) aCCGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCTgaa < 2:7606662/93‑3 (MQ=255) ccGGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCTgaac < 1:6922337/93‑4 (MQ=255) gcggcAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAc < 1:4635390/93‑1 (MQ=255) gcAATGGCGAAAGTTTACCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGGGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAcatg > 2:7883954/1‑92 (MQ=255) cAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAcatca > 1:2102207/1‑93 (MQ=255) aTGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCAtt > 2:7422993/1‑93 (MQ=255) aTGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCAtt > 2:2723630/1‑93 (MQ=255) tGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTc < 1:1539625/93‑1 (MQ=255) tGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTc > 2:1400187/1‑93 (MQ=255) tGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTc < 1:122744/93‑1 (MQ=255) cGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCa > 1:6402015/1‑93 (MQ=255) aaaGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAAt > 2:639626/1‑93 (MQ=255) aaaGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAAt > 2:3024648/1‑93 (MQ=255) aaGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATc < 1:7800564/93‑1 (MQ=255) aaGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATc < 1:4250458/93‑1 (MQ=255) ttCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCa < 1:4568474/93‑1 (MQ=255) tCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAg < 2:2638222/93‑1 (MQ=255) tCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAg < 1:2313279/93‑1 (MQ=255) tCCCGTCACAGCGTACCGGTTGCGGGTGCGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAg > 2:5392072/1‑93 (MQ=255) cccGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGc > 1:3904847/1‑93 (MQ=255) gTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtg > 2:6043413/1‑93 (MQ=255) gTCACGGCGTACCGGTTGCGGGGGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtg > 1:6778411/1‑93 (MQ=255) tCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgt > 1:1998496/1‑93 (MQ=255) tCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgt < 1:591196/93‑1 (MQ=255) cGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGtt < 2:6547937/93‑1 (MQ=255) cGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGtt < 2:5252171/93‑1 (MQ=255) ggCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGttt > 2:3604418/1‑93 (MQ=255) ggCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGttt < 2:4156767/93‑1 (MQ=255) tACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtct > 2:3464939/1‑93 (MQ=255) tACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtct > 1:3701418/1‑93 (MQ=255) tACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtct > 1:4458836/1‑93 (MQ=255) tACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtct > 1:4901360/1‑93 (MQ=255) tACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtct > 2:3119267/1‑93 (MQ=255) aCCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtcta < 1:2674446/93‑1 (MQ=255) aCCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtcta < 1:2477952/93‑1 (MQ=255) aCCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATCCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtcta < 1:4966213/93‑1 (MQ=255) ccGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctac > 2:4984838/1‑93 (MQ=255) ccGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctac < 2:5876492/93‑1 (MQ=255) ccGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctac > 1:6274847/1‑93 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacg > 2:2146006/1‑93 (MQ=255) ggTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgt > 2:5764836/1‑93 (MQ=255) cGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACa > 2:4570985/1‑93 (MQ=255) cGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACa < 1:1098144/93‑1 (MQ=255) cGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACa < 1:5049714/93‑1 (MQ=255) cGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACa < 1:2867605/93‑1 (MQ=255) gggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAg < 2:2487431/93‑1 (MQ=255) ggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGt > 2:1575834/1‑93 (MQ=255) ggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGt < 2:2289088/93‑1 (MQ=255) gtgGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGcc < 2:7745265/93‑1 (MQ=255) tgGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCa > 2:3769328/1‑93 (MQ=255) tgGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCa < 1:1920293/93‑1 (MQ=255) gCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGc < 1:4064530/93‑1 (MQ=255) gCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCGACGTCTACAGTGCCAGc > 1:7042602/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |