| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,013,772 | +C | intergenic (‑53/‑246) | ysgA ← / → udp | hypothetical protein/uridine phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,013,770 | 1 | . | C | 99.7% | 1090.6 / ‑4.3 | 346 | intergenic (‑51/‑248) | ysgA/udp | hypothetical protein/uridine phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (181/164); total (181/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
GCGTCGTCCGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGC‑ATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTA‑C‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTCATCTTTTATGCAGTCCTG > NC_000913/4013679‑4013857 | gtcgtcCGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTA‑c‑c < 1:5320974/93‑1 (MQ=255) tcgtcCGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTA‑c‑cc < 2:1790516/93‑2 (MQ=255) gtcCGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTA‑c‑cctt > 1:2042508/1‑90 (MQ=255) gtcCGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTA‑c‑cctt > 2:4384492/1‑90 (MQ=255) cGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTtata > 2:3518865/1‑93 (MQ=255) cGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTtata > 2:2232670/1‑93 (MQ=255) cGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTtata < 1:340189/93‑1 (MQ=255) cGGGGTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTtata > 1:3073690/1‑93 (MQ=255) ggggTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATaa > 1:7687684/1‑93 (MQ=255) gggTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATaaa > 1:4058645/1‑93 (MQ=255) gggTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATaaa > 2:6837172/1‑93 (MQ=255) ggTCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATaaaa > 1:5174071/1‑93 (MQ=255) tCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAAt < 2:1117449/93‑1 (MQ=255) tCTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAAt < 1:3941273/93‑1 (MQ=255) cTGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATg > 1:2199471/1‑93 (MQ=255) tGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGt > 2:7141193/1‑93 (MQ=255) tGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGt < 2:4699194/93‑1 (MQ=255) tGAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGt < 2:3907859/93‑1 (MQ=255) gAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGtt < 2:4487804/93‑1 (MQ=255) gAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGtt < 1:6677231/93‑1 (MQ=255) gAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGtt < 2:6656340/93‑1 (MQ=255) gAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGtt > 2:6806350/1‑93 (MQ=255) gAACGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGtt > 2:5381137/1‑93 (MQ=255) aaCGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTg > 1:1546506/1‑93 (MQ=255) aaCGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTg < 2:4806918/93‑1 (MQ=255) aCGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTgc < 1:3831932/93‑1 (MQ=255) aCGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTgc > 1:6052027/1‑93 (MQ=255) aCGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTgc > 1:7450823/1‑93 (MQ=255) cGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTcgcg > 1:878922/1‑93 (MQ=255) cGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTgcg > 2:6790113/1‑93 (MQ=255) gATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTgcgc > 2:500033/1‑93 (MQ=255) tCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGt < 2:6060524/93‑1 (MQ=255) gAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTa > 2:1387877/1‑93 (MQ=255) gAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTa < 2:7654797/93‑1 (MQ=255) aaGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTaa > 1:5846160/1‑93 (MQ=255) aaGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTaa < 1:2454387/93‑1 (MQ=255) aaGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTaa < 1:6303429/93‑1 (MQ=255) gCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACt < 2:7202591/93‑1 (MQ=255) gCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACt > 1:6796905/1‑93 (MQ=255) gCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACt > 2:2458350/1‑93 (MQ=255) cGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACta < 1:4309541/93‑1 (MQ=255) gagaGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACtat > 2:1506542/1‑93 (MQ=255) agagGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACtata < 2:5907111/93‑1 (MQ=255) agagGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACtata < 1:95578/93‑1 (MQ=255) agagGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACtata < 2:5790036/93‑1 (MQ=255) ggcgaTGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTc < 2:3358280/89‑1 (MQ=255) ggcgaTGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACCATAGTc < 1:1911888/89‑1 (MQ=255) gcgaTGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCa > 1:4578600/4‑93 (MQ=255) gcgaTGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCa > 1:462746/4‑93 (MQ=255) cgaTGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAg < 2:1708653/91‑1 (MQ=255) aTGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCa > 1:3635269/1‑93 (MQ=255) aTGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCa < 1:7813758/93‑1 (MQ=255) tGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCAt < 2:4177506/93‑1 (MQ=255) agGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGcaaca < 2:1986557/93‑1 (MQ=255) agGTGCAAATCCAGAGTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGcaaca < 2:5977808/93‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGcaacaa > 2:3022140/1‑93 (MQ=255) gTGCAAATCCAGATTGTTTTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACaaa > 1:4865125/1‑93 (MQ=255) gTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACaaa > 2:3278650/1‑93 (MQ=255) gTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACaaa < 1:6211344/93‑1 (MQ=255) gCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATc > 1:6494929/1‑93 (MQ=255) cAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCTGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATca > 1:510150/1‑93 (MQ=255) aaTCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATcaca < 1:7900232/93‑1 (MQ=255) aTCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACAt < 1:6960656/93‑1 (MQ=255) aTCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACAt < 1:3372418/93‑1 (MQ=255) tCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACAtt < 2:2670680/93‑1 (MQ=255) tCCAGATTGTTGCGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACAtt > 2:2767529/1‑93 (MQ=255) accAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACAtt < 1:6441702/92‑1 (MQ=255) cAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGc > 2:1237179/1‑93 (MQ=255) cAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTACGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGc < 2:7729870/93‑1 (MQ=255) aGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGTACC‑CTTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGcc < 1:6923759/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |