| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,099,309 | (G)7→8 | coding (48/993 nt) | kdgT → | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,099,302 | 1 | . | G | 97.7% | 660.0 / 7.4 | 215 | coding (41/993 nt) | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/2); new base G (123/87); total (126/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
ACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCA > NC_000913/4099210‑4099391 | acTGATGCTCCATTGAGGAATTATGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATccc < 2:4279577/93‑1 (MQ=255)acTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATccc < 1:6841047/93‑1 (MQ=255)acTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATccc < 2:4290275/93‑1 (MQ=255)acTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATccc < 1:1213245/93‑1 (MQ=255) cTGATGCTCCATTGAGGAATTATGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑g > 2:4984175/1‑93 (MQ=255) cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑g < 1:1986131/93‑1 (MQ=255) cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑g < 1:2366753/93‑1 (MQ=255) tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑gg < 1:7410754/93‑1 (MQ=255) tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑gg < 2:5889850/93‑1 (MQ=255) tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑gg > 2:7580838/1‑93 (MQ=255) gATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg < 2:4886055/93‑1 (MQ=255) aTGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g < 1:3867397/93‑1 (MQ=255) tGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑g < 2:2830313/93‑1 (MQ=255) tGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑g > 1:4603738/1‑93 (MQ=255) tGCTCCATTGAGGAATTACGAATCATCACTTAAAAATATGCCGACGGGTGATGGAAATGCAGATAAATCTCTCGATGGAGAAAATCCC‑‑gggta < 2:5324182/93‑3 (MQ=255) gCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg < 1:6262049/93‑1 (MQ=255) gCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg > 1:2922511/1‑93 (MQ=255) gCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg > 1:3086031/1‑93 (MQ=255) gCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg < 2:3574428/93‑1 (MQ=255) gCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg > 1:470124/1‑93 (MQ=255) cTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg‑g > 2:3376299/1‑93 (MQ=255) cTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑ggg‑g‑gg‑g > 2:4497954/1‑93 (MQ=255) 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tACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTcc > 1:4803958/1‑93 (MQ=255) ccGCACCAGCCATAAAAAATAGGCCGACAGGTGAGGGAAATGAAAAAAAACCCCTCGATTAAAAAAACCCCGGGGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTcc < 2:710103/92‑1 (MQ=255) cGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCg < 2:652220/93‑1 (MQ=255) cGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCg > 1:2839447/1‑93 (MQ=255) aTCTGCCCGAAAAAATATGCCGACAGGTAATGCAAATACAGAAAAAACGCTCGATTGAGAAACTCCG‑‑GGG‑G‑GGTGATGATGCTCGTCCCGCTa < 2:7672493/93‑1 (MQ=255) aTCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTa < 2:7804012/93‑1 (MQ=255) aTCAGCCCTAAAAAATAGCCCAACGGGTGATGAAAATGAAAAAAAACCCCTCGATGAAAAAAACCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTa < 2:3150428/93‑1 (MQ=255) tcggCCCTTAAAAATAGGCCGACAGGTGAGGGAAATGCAGATAAAACGCGCGATTGAGAAAATCCCGGGGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTa < 1:5457290/90‑1 (MQ=255) tCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTAt > 1:8209/1‑93 (MQ=255) cAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTAtt > 2:1926826/1‑93 (MQ=255) gCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTcc > 2:2219212/1‑93 (MQ=255) gCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTcc > 1:986154/1‑93 (MQ=255) gCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTcc > 1:7304430/1‑93 (MQ=255) cccTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCt < 2:1284380/93‑1 (MQ=255) cccTTAAAAATATGCCGACAGGCGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGG‑GCGG‑GGTGATGCTCGTACCGCTATTCCt > 2:4817337/1‑93 (MQ=255) cTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCtt > 1:6579565/1‑93 (MQ=255) cTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTg < 1:2289644/93‑1 (MQ=255) cTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTg > 2:164706/1‑93 (MQ=255) cTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAAGGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGAGCTTCGTCCCGCTTTTCCTTg > 1:4732412/1‑93 (MQ=255) ttAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTgg > 2:6635496/1‑93 (MQ=255) aaaaaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGgcg < 1:3948418/93‑1 (MQ=255) aaaaTATGTCGAAAAGCGGCGGGAATGCAGATAAAACGCTCGACTGTGAAAATCCC‑‑GGGCG‑GG‑GATGATGCTAGTGCTGCTACTGCTTGgagc > 2:4185032/1‑93 (MQ=255) aaaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCCTGgctc > 2:7020089/1‑91 (MQ=255) cGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCCGGGGG‑G‑GG‑GGGGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGcc > 1:3925758/1‑93 (MQ=255) 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gaAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCAt < 1:7702485/93‑1 (MQ=255) gaAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGCCGCACTGCGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCAt > 1:1081766/1‑93 (MQ=255) gaAAATCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTACCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCGCCCCCTTCTCGCC‑GGCGCCGGGGAACTGTTTTCGATCAt > 2:1816872/1‑93 (MQ=255) aaaTCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCAtt > 1:2036249/1‑93 (MQ=255) aaaTCCCG‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTc > 1:3485669/1‑93 (MQ=255) tCCC‑‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCa > 1:2873458/1‑93 (MQ=255) | ACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCCC‑‑GGG‑G‑GG‑GATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC‑GGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCA > NC_000913/4099210‑4099391 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |