| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,315,907 | +A | coding (436/759 nt) | phnK ← | ATP‑binding component of phosphonate transport |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,315,903 | 1 | . | A | 99.0% | 1135.3 / 0.9 | 310 | coding (440/759 nt) | phnK | ATP‑binding component of phosphonate transport |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base A (161/146); total (163/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 360 total aligned reads displayed.
ATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑AAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAA > NC_000913/4315812‑4315992 | cccgCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTGGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaa < 2:2019644/90‑1 (MQ=255) cAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaa > 1:5764/1‑93 (MQ=255) cAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaa < 2:566795/93‑1 (MQ=255) accccGCGGGTCGGTTCATCCATAAACCCCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaaa < 1:4063732/91‑2 (MQ=255) gCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaaag > 2:3754086/1‑91 (MQ=255) gCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaaag > 1:1561497/1‑91 (MQ=255) gCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaaag < 1:3993453/93‑3 (MQ=255) gCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaaag > 2:1559645/1‑91 (MQ=255) ccgccgGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaaaggt < 2:6385184/93‑5 (MQ=255) ccgccgGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaaaggt > 1:1008474/1‑89 (MQ=255) ccgGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑ggtggt < 2:5337341/93‑1 (MQ=255) cggtcggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTc < 2:3027026/93‑1 (MQ=255) cggtcggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTc < 2:1704951/93‑1 (MQ=255) cggtcggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTc < 2:6564304/93‑1 (MQ=255) ggtcggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCg > 2:7533979/1‑93 (MQ=255) ggtcggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCg < 1:3515237/93‑1 (MQ=255) gtcggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCgg > 1:7523259/1‑93 (MQ=255) tcggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGc < 1:6902396/93‑1 (MQ=255) cggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCa < 1:1194224/93‑1 (MQ=255) cggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCa < 1:6461718/93‑1 (MQ=255) ggtTCATCCATACACGCCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGAAg < 2:7028670/93‑1 (MQ=255) ggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAg > 1:4891904/1‑93 (MQ=255) ggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAg > 2:1893033/1‑93 (MQ=255) gtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAgg > 1:1113586/1‑93 (MQ=255) ttCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgt > 2:2259049/1‑93 (MQ=255) ttCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgt < 1:3282182/93‑1 (MQ=255) ttCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgt > 1:3084473/1‑93 (MQ=255) ttCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgt > 1:5847952/1‑93 (MQ=255) tCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgtc > 2:4361892/1‑93 (MQ=255) tCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgtc < 1:7859664/93‑1 (MQ=255) tCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgtc < 2:4946398/93‑1 (MQ=255) aTCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgtcgt > 1:1448455/1‑93 (MQ=255) aTCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgtcgt > 1:5990909/1‑93 (MQ=255) aTCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGGGGTCGGCAGgtcgg > 2:5230684/1‑92 (MQ=255) tCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCAGCAAACGCTGCTGCATAGCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgtcgtc > 2:3084501/1‑93 (MQ=255) cATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGgcgtcgg > 2:123475/1‑92 (MQ=255) cATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGa > 1:2049841/1‑93 (MQ=255) cATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGa > 1:3896992/1‑93 (MQ=255) cATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGa > 2:723930/1‑93 (MQ=255) cATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGa > 1:7339981/1‑93 (MQ=255) cATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGCCGTCGa > 2:5266648/1‑93 (MQ=255) aTAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATCCCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGAt < 1:6039676/93‑1 (MQ=255) aTAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGAt < 2:7798531/93‑1 (MQ=255) aTAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGAt > 1:6761771/1‑93 (MQ=255) tAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATc > 1:5369087/1‑93 (MQ=255) tAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATc < 1:3713106/93‑1 (MQ=255) aaaCACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATcc < 1:6629779/93‑1 (MQ=255) acCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCggct > 1:2240222/1‑91 (MQ=255) ccAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTg > 1:1260749/1‑93 (MQ=255) ccAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTg > 1:2594859/1‑93 (MQ=255) cAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTgg < 2:5721232/93‑1 (MQ=255) aGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGc < 2:4634601/93‑1 (MQ=255) gCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCg > 2:2213141/1‑93 (MQ=255) gCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCg > 2:7922657/1‑93 (MQ=255) 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tCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCAcc > 1:2955686/1‑93 (MQ=255) tCACCAGGGTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGCGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCAcc > 2:3432450/1‑93 (MQ=255) cACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACct > 2:706290/1‑93 (MQ=255) aCCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCCCctt > 1:6275133/1‑92 (MQ=255) aCCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACctc > 1:4399188/1‑93 (MQ=255) aCCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACctc > 2:6827414/1‑93 (MQ=255) ccAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACctct < 2:882862/93‑1 (MQ=255) cAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGGGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCtt > 2:5903706/1‑93 (MQ=255) 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aTACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATc > 2:628745/1‑93 (MQ=255) aTACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATc > 1:7099221/1‑93 (MQ=255) tACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCg > 2:4170147/1‑93 (MQ=255) cgccgGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCCCCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCg < 2:4473915/93‑1 (MQ=255) gccgGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGt > 1:4665421/1‑93 (MQ=255) cgG‑AAAAGGGTGGTGGTGAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAGTCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTaa < 2:3264133/93‑1 (MQ=255) | ATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑AAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAA > NC_000913/4315812‑4315992 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |