| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,251,675 | A→G | R60R (CGT→CGC) | yhaJ ← | putative transcriptional regulator LYSR‑type |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,251,675 | 0 | A | G | 99.4% | 1052.7 / ‑6.3 | 338 | R60R (CGT→CGC) | yhaJ | putative transcriptional regulator LYSR‑type |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (166/170); total (167/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 348 total aligned reads displayed.
AGCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTACGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTCCCAG > NC_000913/3251585‑3251764 | agCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCg > 2:5679422/1‑93 (MQ=255) gCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGa > 2:3608287/1‑93 (MQ=255) tCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATgc > 1:6451193/1‑92 (MQ=255) cGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGcc > 1:4569276/1‑93 (MQ=255) gCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGccc < 2:322297/93‑1 (MQ=255) gCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGccc < 2:52693/93‑1 (MQ=255) gCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGccc < 2:4081230/93‑1 (MQ=255) gCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGccc < 2:433993/93‑1 (MQ=255) gCACCAGTAGTTAGTTTTTCTGCGGCTTCCAGCAAAACGGGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTACGATGGccc < 2:6236644/93‑1 (MQ=255) cATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCg < 2:1319834/93‑1 (MQ=255) tCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTACGATGGCCCGAg > 2:7647526/1‑93 (MQ=255) agtagtCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCg > 2:3502472/1‑93 (MQ=255) agtagtCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCg > 1:6850965/1‑93 (MQ=255) agtagtCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCg < 1:4267666/93‑1 (MQ=255) tagtCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGt < 1:165677/93‑1 (MQ=255) tagtCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGt > 2:7153927/1‑93 (MQ=255) tCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCaa > 1:1739137/1‑93 (MQ=255) tCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCaa > 1:3569406/1‑93 (MQ=255) cAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCaaa < 2:3393641/93‑1 (MQ=255) aGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAAc < 2:5133665/93‑1 (MQ=255) aGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAAc < 1:5302665/93‑1 (MQ=255) gTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACa < 2:2658359/93‑1 (MQ=255) gTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACa < 2:1251079/93‑1 (MQ=255) tttATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAg > 2:559652/1‑93 (MQ=255) tttATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGAGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGCTACGATGGCCCGAGCGGCCAAACAg > 2:7761550/1‑93 (MQ=255) ttATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGc > 2:1044507/1‑93 (MQ=255) aTCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGcac < 1:1090306/93‑1 (MQ=255) aTCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGcac > 2:2878986/1‑93 (MQ=255) tCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGcacc > 1:7900326/1‑93 (MQ=255) tCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGcacc > 2:6317703/1‑93 (MQ=255) cTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGcacca < 1:4877113/93‑1 (MQ=255) gCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGGCAAACAGCACcaca > 1:5367120/1‑93 (MQ=255) ggCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATc < 1:7696155/93‑1 (MQ=255) ggCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATc < 2:2443909/93‑1 (MQ=255) gCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATcc > 2:157979/1‑93 (MQ=255) gCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATcc < 1:259436/93‑1 (MQ=255) gCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATcc < 1:4919337/93‑1 (MQ=255) cTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCa < 2:4279482/93‑1 (MQ=255) tCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGc < 1:926301/93‑1 (MQ=255) tCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGc < 1:6984439/93‑1 (MQ=255) tCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGc > 2:256040/1‑93 (MQ=255) cAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGctc > 2:140906/1‑93 (MQ=255) cAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGctc < 2:3785359/93‑1 (MQ=255) cAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGctc > 2:4106309/1‑93 (MQ=255) cAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGctc < 2:4683544/93‑1 (MQ=255) gCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCtctt > 1:3716437/1‑93 (MQ=255) aaaaCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCtcttct < 1:7118946/93‑1 (MQ=255) aaaaCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCtcttct > 1:5180739/1‑93 (MQ=255) aaaCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTcttctt < 1:6668602/93‑1 (MQ=255) aaCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCttcttc < 1:3404375/93‑1 (MQ=255) aCGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTcc > 1:2638818/1‑93 (MQ=255) cgcgCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCa < 2:3906599/93‑1 (MQ=255) cTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGttttt > 1:1015808/1‑93 (MQ=255) cTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGttttt < 1:3436990/93‑1 (MQ=255) 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caacaaCATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGgt < 1:3334262/93‑1 (MQ=255) caacaaCATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGgt < 2:1906655/93‑1 (MQ=255) aacaacATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGgtg > 2:5963010/1‑93 (MQ=255) acaacaTCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGgtgt < 2:5406560/93‑1 (MQ=255) caacaTCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTa < 2:2251784/93‑1 (MQ=255) caacaTCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGGGTa > 2:302298/1‑93 (MQ=255) aacaTCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAg < 2:4822159/93‑1 (MQ=255) aTCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTa > 1:389074/1‑93 (MQ=255) ctccCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGt > 2:3126946/1‑93 (MQ=255) ctccCGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGt > 1:1958672/1‑93 (MQ=255) ccccGACTTTGGTGAATTGGGTGCGAGGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGTTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTg < 2:4865426/92‑1 (MQ=255) cccGACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGc < 1:6311890/93‑1 (MQ=255) gACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGa > 2:2108345/1‑93 (MQ=255) gACATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGAGGa > 2:7241322/1‑93 (MQ=255) aCATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGaa > 2:1673277/1‑93 (MQ=255) aCATTGGTGAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGaa > 2:6567187/1‑93 (MQ=255) 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gAATTTGGTGCGATGTCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcgcg < 2:2909518/93‑1 (MQ=255) gAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcgcg > 2:5789246/1‑93 (MQ=255) gAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcgcg > 1:6102490/1‑93 (MQ=255) gAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcgcg > 2:7501160/1‑93 (MQ=255) gAATTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCAcgcg > 1:3029766/1‑93 (MQ=255) aTTTGGTGCGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTc < 1:2439572/93‑1 (MQ=255) | AGCTTCCGCATCAGTAGTCAGTTTATCTGCGGCTTCCAGCAAAACGCGCCCTCGCTCCAACAACATCCTCCCGACATTGGTGAATTTGGTACGATGGCCCGAGCGGTCAAACAGCACCACATCCAGCTCTTCTTCCAGTTTTTGCATGGTGTAGCTAAGTGCGGAAGGCACGCGTCCCAG > NC_000913/3251585‑3251764 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |