| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,257,952 | T→C | D703G (GAT→GGT) | tdcE ← | putative formate acetyltransferase 3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,257,952 | 0 | T | C | 99.1% | 1002.4 / ‑2.0 | 325 | D703G (GAT→GGT) | tdcE | putative formate acetyltransferase 3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (136/184); total (139/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
AGGTTAGGATATTTTTCCGGGTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGATCTTCTTTGCCCAGCGCCGCAGGAACGATTG > NC_000913/3257862‑3258042 | aGGTTAGGATATTTTTCCGGGTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACAccc < 2:3848929/93‑1 (MQ=255) ggTTAGGATATTTTTCCGGGTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCg < 1:6622017/93‑1 (MQ=255) gTTAGGATATTTTTCCGGGTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGc < 2:1544958/93‑1 (MQ=255) ttAGGATATTTTTCCGGGTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCt < 2:1341596/93‑1 (MQ=255) ttAGGATATTTTTCCGGGTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCt > 2:6706353/1‑93 (MQ=255) ttAGGATATTTTTCCGGGTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCt < 1:5533916/93‑1 (MQ=255) ttAGGATATTTTTCCGGGTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCt > 2:7512637/1‑93 (MQ=255) ggATATTTTTCCGGGTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCg > 1:5057201/1‑93 (MQ=255) tatTTTTCCGGGTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCgtgg > 2:7390602/1‑93 (MQ=255) tatTTTTCCGGGTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCgtgg > 2:3410492/1‑93 (MQ=255) tCCGGGTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGaaa < 1:6151929/93‑1 (MQ=255) tcGGGTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAAt < 1:2603440/92‑1 (MQ=255) ccGGGTTCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCAATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGGTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAAt < 2:7138190/93‑1 (MQ=255) cGGGTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATa < 1:253143/93‑1 (MQ=255) gggTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATAc > 2:568154/1‑93 (MQ=255) gggTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATAc < 2:4158918/93‑1 (MQ=255) gCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCAt < 2:1040372/93‑1 (MQ=255) cGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCca > 2:4369512/1‑93 (MQ=255) cGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCca < 1:2990922/93‑1 (MQ=255) cGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCca > 1:3262010/1‑93 (MQ=255) gATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCcag > 2:5426640/1‑93 (MQ=255) gATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCcac > 1:310572/1‑92 (MQ=255) aTGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCcagc > 2:5444681/1‑93 (MQ=255) tGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCcagca < 2:1198118/93‑1 (MQ=255) tGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCcagca < 2:5915438/93‑1 (MQ=255) ggCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCcagcag > 2:2970667/1‑93 (MQ=255) aTCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGcc > 1:1710594/1‑93 (MQ=255) tCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCg > 2:6143360/1‑93 (MQ=255) ccAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGa < 1:838222/93‑1 (MQ=255) cagcagCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACGCCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGAc < 2:4847354/93‑1 (MQ=255) cagcagCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGAc > 1:6296138/1‑93 (MQ=255) gcagcaTTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACaa > 2:4572163/1‑93 (MQ=255) cagcaTTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAg > 2:6347441/1‑93 (MQ=255) agcaTTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAgg < 1:4503121/93‑1 (MQ=255) acaTTTCCCGATTCAGTACGTTGACGGTGGGGTGGTGACCGCCTTCGGCACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAggt < 1:1825916/92‑1 (MQ=255) aTTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAggttg > 1:7330806/1‑93 (MQ=255) aTTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAggttg < 2:2395323/93‑1 (MQ=255) aTTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAggttg < 1:7224283/93‑1 (MQ=255) aTTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAggttg > 1:3915098/1‑93 (MQ=255) aTTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAggttg > 1:3852000/1‑93 (MQ=255) aTTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAggttg > 1:3635158/1‑93 (MQ=255) tttCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAggttgg > 1:1359208/1‑93 (MQ=255) ttCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAggttggt > 1:1196519/1‑93 (MQ=255) ttCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAggttggt < 1:1479532/93‑1 (MQ=255) ttCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAggttggt < 1:2970843/93‑1 (MQ=255) tCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAggttggtt < 1:1144148/93‑1 (MQ=255) tCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAggttggtt < 1:4632658/93‑1 (MQ=255) cccGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGttt < 1:3162741/93‑1 (MQ=255) cGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTa < 2:4999389/93‑1 (MQ=255) gATTCATTACGTTGACGTTGGGGCGTTCACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGCTGGAAATACCTATCCAGCAGACCGACAAGGTGGGTGTTAc > 2:5495484/1‑93 (MQ=255) gATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTAc < 2:3139939/93‑1 (MQ=255) gATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTAc < 1:3379775/93‑1 (MQ=255) ttCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCGGGCCGACAAGGTTGGTTTTaggc > 2:5349547/1‑90 (MQ=255) ttCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGt < 1:537562/93‑1 (MQ=255) ttCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGt > 2:3459455/1‑93 (MQ=255) ttCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCATCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGt > 1:7499263/1‑93 (MQ=255) tCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTa > 2:4804760/1‑93 (MQ=255) ttACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACTCCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTg < 2:6572883/93‑1 (MQ=255) ttACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTTCTg < 2:4280606/93‑1 (MQ=255) ttACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTg < 1:4857390/93‑1 (MQ=255) ttACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTg < 2:3677244/93‑1 (MQ=255) ttACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTg < 1:1578960/93‑1 (MQ=255) ttACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTg > 2:2832544/1‑93 (MQ=255) tACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTgg > 2:211379/1‑93 (MQ=255) cgttgacgttgtGGTGTTGACCGCCTGGTACAACCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATGCAGCAGGCCGGCAAGGGTGTTTTTACGTACTCGAt > 2:7827185/1‑93 (MQ=255) ttgacgttgaGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGAtct > 2:6974774/1‑93 (MQ=255) ttgacgttgaGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGAtct > 1:2111866/1‑93 (MQ=255) ttgacgttgaGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGAtct < 2:4724934/93‑1 (MQ=255) tgacgttgaGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGAtctt > 1:2662064/1‑93 (MQ=255) tgacgttgaGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGAtctt < 1:7172301/93‑1 (MQ=255) cgttgaGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGATcttctt < 2:5131478/93‑1 (MQ=255) cgttgaGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGATcttctt > 2:792740/1‑93 (MQ=255) cgttgaGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGATcttctt < 1:144884/93‑1 (MQ=255) cgttgaGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGATcttctt < 1:6545802/93‑1 (MQ=255) gttgaGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGATCTTCttt > 2:4491569/1‑93 (MQ=255) gttgaGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGATCTTCttt < 2:773691/93‑1 (MQ=255) gttgaGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGATCTTCttt > 1:6031410/1‑93 (MQ=255) ttgaGGTGTTGACCGCCTTCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTa > 2:2299041/1‑79 (MQ=255) 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ctCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGATCTTCTTTGCCCAGCGCCGCAGGAAc < 1:2781184/92‑1 (MQ=255) tCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGATCTTCTTTGCCCAGCGCCGCAGGAACg > 1:5673388/1‑93 (MQ=255) tCGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGATCTTCTTTGCCCAGCGCCGCAGGAACg > 1:4410148/1‑93 (MQ=255) cGACACCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGATCTTCTTTGCCCAGCGCCGCAGGAACGa > 1:5195670/1‑93 (MQ=255) acacCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGATCTTCTTTGCCCAGCGCCGCAGGAACGAtt > 2:1807520/1‑93 (MQ=255) cATCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGATCTTCTTTGCCCAGCGCCGCAGGAACGATTg > 2:5209026/1‑93 (MQ=255) | AGGTTAGGATATTTTTCCGGGTGCTCGATGGCATCCAGCAGCATTTCCCGATTCATTACGTTGACGTTGAGGTGTTGACCGCCTTCGACATCCGCTTCGTGGTGGAAATACCCATCCAGCAGGCCGACAAGGTTGGTTTTACGTACTGGATCTTCTTTGCCCAGCGCCGCAGGAACGATTG > NC_000913/3257862‑3258042 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |