| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,289,431 | T→C | G150G (GGT→GGC) | yraK → | putative fimbrial protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,289,431 | 0 | T | C | 99.4% | 1083.5 / ‑5.3 | 348 | G150G (GGT→GGC) | yraK | putative fimbrial protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (195/151); total (196/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 358 total aligned reads displayed.
CGACCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGTGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTACCCTGTATGTCACCAAGCCATTTCTCGGCTCGATGACCAT > NC_000913/3289341‑3289520 | aCCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATa < 2:4939896/93‑1 (MQ=255) aCCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATa > 1:2184339/1‑93 (MQ=255) aCCAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATa > 2:761433/1‑93 (MQ=255) ccAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATAc < 1:2799663/93‑1 (MQ=255) cAGGTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACg > 1:5326896/1‑93 (MQ=255) ggTTGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGtc < 1:3587783/93‑1 (MQ=255) ttGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGtctc > 1:5156722/1‑93 (MQ=255) ttGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGtctc < 2:3443138/93‑1 (MQ=255) ttGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGtctc < 1:4249123/93‑1 (MQ=255) ttGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGtctc < 1:4151836/93‑1 (MQ=255) tGTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCg > 1:7220862/1‑93 (MQ=255) gTCTCTGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGt < 2:1561765/93‑1 (MQ=255) ctctGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTa < 2:2720017/93‑1 (MQ=255) ctGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATg < 2:4027790/93‑1 (MQ=255) ctGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATg < 2:1072127/93‑1 (MQ=255) ctGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATg > 1:4834450/1‑93 (MQ=255) ctGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATg < 2:5517989/93‑1 (MQ=255) tGTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATgg > 2:357422/1‑93 (MQ=255) gTTAACACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGa > 1:6565198/1‑93 (MQ=255) aaCACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGAccc < 2:1923118/93‑1 (MQ=255) aaCACCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGAccc > 1:6708617/1‑93 (MQ=255) acacCCGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCg > 2:2526274/1‑93 (MQ=255) cccGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTa < 2:2830801/93‑1 (MQ=255) ccGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTaa > 2:3668429/1‑93 (MQ=255) ccGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTaa < 2:4629601/93‑1 (MQ=255) cGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAat < 2:412054/93‑1 (MQ=255) cGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAat > 2:352358/1‑93 (MQ=255) cGATTCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAat > 1:695951/1‑93 (MQ=255) aTTCACACAGATAAAAAACAACACGGCATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAatat > 2:6432596/1‑93 (MQ=255) ttCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATAtt > 1:73359/1‑93 (MQ=255) ttCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATAtt > 2:440714/1‑93 (MQ=255) ttCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATAtt > 2:3845361/1‑93 (MQ=255) tCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTg < 2:5674494/93‑1 (MQ=255) tCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTg > 2:85765/1‑93 (MQ=255) tCACACAGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTg < 1:1425870/93‑1 (MQ=255) acacaGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGt < 2:7472038/93‑1 (MQ=255) cacaGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTg > 2:6079827/1‑93 (MQ=255) caGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCg > 2:2148684/1‑93 (MQ=255) caGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGCGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCg > 2:1875272/1‑93 (MQ=255) aGATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGa > 1:1622499/1‑93 (MQ=255) gATAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGGTAATATTGGTGCGaa > 2:7037817/1‑93 (MQ=255) tAAAAAACAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAacc > 2:1788729/1‑92 (MQ=255) aaaaaCAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAAaacc > 2:4757397/1‑93 (MQ=255) aaaCAACACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAAcaccac > 2:7424263/1‑93 (MQ=255) aacaacACGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACaccacc > 1:7627236/1‑93 (MQ=255) acaacaCGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCt < 1:1032996/93‑1 (MQ=255) acaacaCGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCt > 1:5941351/1‑93 (MQ=255) caacaCGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCtt < 1:7902491/93‑1 (MQ=255) aacaCGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCttt < 2:1234247/93‑1 (MQ=255) aacaCGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCttt > 2:536188/1‑93 (MQ=255) acacGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTa > 2:3206986/1‑93 (MQ=255) acGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTAcc > 1:3057365/1‑93 (MQ=255) acGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTAcc > 2:6907953/1‑93 (MQ=255) acGGTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTAcc < 1:1902277/93‑1 (MQ=255) ggTATATTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTACCCt > 1:6028430/1‑93 (MQ=255) atatTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTACCCTGTa < 1:3076246/93‑1 (MQ=255) atatTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTACCCTGTa < 2:3006602/93‑1 (MQ=255) tatTCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTACCCTGTAt > 2:240384/1‑93 (MQ=255) ttCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTACCCTGTATGt < 2:6896483/93‑1 (MQ=255) ttCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTACCCTGTATGt > 1:1185015/1‑93 (MQ=255) ttCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTACCCTGTATGt > 1:3291441/1‑93 (MQ=255) tCTGCTGCAACCCAAACGGGTGTTTGCCAGGGCGATACGTCTCGTTATGGACCCGTTAATATTGGTGCGAACACCACCTTTACCCTGTATGTc > 1:7508944/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |