| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 367,140 | C→T | A207T (GCC→ACC) | mhpR ← | transcriptional regulator for mhp operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 367,140 | 0 | C | T | 96.5% | 915.1 / NA | 292 | A207T (GCC→ACC) | mhpR | transcriptional regulator for mhp operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (103/177); minor base G (10/0); total (115/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.27e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
GTCCGTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGCTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAACGTC > NC_000913/367050‑367229 | gTCCGTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTa > 2:7849170/1‑93 (MQ=255) cccGTACCCCTCTCTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTCACCGTGCCGGATGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTaa < 2:5134144/92‑1 (MQ=255) ccGTACCCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAAc < 2:1933134/93‑1 (MQ=255) ccGTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAAc < 1:876621/93‑1 (MQ=255) cGTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACa < 2:7247514/93‑1 (MQ=255) cGTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACa < 1:4551241/93‑1 (MQ=255) cGTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACa < 2:4492058/93‑1 (MQ=255) gTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTCGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGGTAACAt > 1:7424188/1‑93 (MQ=255) taccccTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACAtt < 2:3113854/90‑1 (MQ=255) aCCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTc < 1:1069511/93‑1 (MQ=255) ccTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGa > 1:5055192/1‑93 (MQ=255) ccTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTGAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCCCCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGa < 2:4742489/93‑1 (MQ=255) ctctTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAGCGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGAt < 1:1720881/93‑1 (MQ=255) ctctTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGGGGGTAACATTTCGAt > 1:5579436/1‑93 (MQ=255) ctctTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGAt > 1:1796342/1‑93 (MQ=255) tctTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCCTCACCGGGGCGGGAGGGTAACATTTCGAtt > 2:3799657/1‑93 (MQ=255) ctTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTa < 1:2422943/93‑1 (MQ=255) ctTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTa < 1:5133792/93‑1 (MQ=255) ctTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTa < 1:2096983/93‑1 (MQ=255) tttGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTaa < 1:2543993/93‑1 (MQ=255) tttGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTaa < 2:2395457/93‑1 (MQ=255) ttGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGTGCTTAACATTTCGATTAAt > 1:5328258/1‑93 (MQ=255) 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cgcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTc < 1:3758658/93‑1 (MQ=255) gcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCt < 1:6612441/93‑1 (MQ=255) gcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCt > 1:3680122/1‑93 (MQ=255) gcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCt < 1:3510425/93‑1 (MQ=255) gcCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCt < 1:5450303/93‑1 (MQ=255) aGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGt < 1:7930621/93‑1 (MQ=255) aGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGt < 2:622823/93‑1 (MQ=255) gAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGTGGGTAACAATTCGATTAATTCCCTGCGGTCTTGtt > 1:4253709/1‑93 (MQ=255) gAATGGCTTCAAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGtt > 1:972495/1‑93 (MQ=255) aaTGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTc < 2:2266038/93‑1 (MQ=255) aaTGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTc > 1:4042762/1‑93 (MQ=255) aaTGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTc > 2:598472/1‑93 (MQ=255) tGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCg < 2:907646/93‑1 (MQ=255) gCTTCCAGCTTTAACGGTGCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCggg < 2:751959/93‑1 (MQ=255) tCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCaa > 1:3186367/1‑93 (MQ=255) ccAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCaaa > 1:7439211/1‑93 (MQ=255) cAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCaaaa > 1:5932660/1‑93 (MQ=255) cAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCaaaa < 2:2892664/93‑1 (MQ=255) cAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCaaaa > 1:3322380/1‑93 (MQ=255) cgCTTTAACTGTGCCCGTGCCATTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAg < 1:1672223/92‑1 (MQ=255) gCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAgg > 1:7682909/1‑93 (MQ=255) cTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGgc < 2:7699034/93‑1 (MQ=255) tttAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTTCTTGCGGTCTTGTTTCGGGCAAAAGgcc > 1:6960067/1‑93 (MQ=255) tttAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGgcc > 2:1451952/1‑93 (MQ=255) tttAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGGTAAAATTTCGATTAATTCCTTGCGGACTTGTTCCGGGCAAAAGgcc > 2:5663386/1‑93 (MQ=255) ttAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGgcca < 2:7610709/93‑1 (MQ=255) tAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGgccag < 2:1201138/93‑1 (MQ=255) aCGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGgccagcc > 2:6835785/1‑93 (MQ=255) aCGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGgccagcc < 2:326046/93‑1 (MQ=255) cGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGgccagcca < 2:4141661/93‑1 (MQ=255) cGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGgccagcca < 1:7107047/93‑1 (MQ=255) ggTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGccagccag < 2:4333643/93‑1 (MQ=255) ttCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGt > 2:2517127/1‑93 (MQ=255) tCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTc > 2:5223233/1‑93 (MQ=255) cGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAgg > 2:4633444/1‑93 (MQ=255) tGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGcc > 2:1631876/1‑93 (MQ=255) gCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGccc > 2:264106/1‑93 (MQ=255) gCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGccc < 1:3919257/93‑1 (MQ=255) aGTTGATAGTCATCAGCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAg < 2:1578916/93‑1 (MQ=255) aGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAg > 1:1506785/1‑93 (MQ=255) aGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAg < 1:5188903/93‑1 (MQ=255) gTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAgg < 2:7373303/93‑1 (MQ=255) gTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAgg > 1:573047/1‑93 (MQ=255) gTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGGTAACATTTCGATTAATTACTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGaag > 2:1352947/1‑91 (MQ=255) ttGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGc > 1:490301/1‑93 (MQ=255) aTAGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGt > 1:2576037/1‑93 (MQ=255) aTAGTCATCACCGGGGCGGGAGGGTAACATTTTGATTTATTCCTTTCGGTCTTGTTCCCGGCAAAAAGCCCGCCAGGGCAGGCCCGAGGCggg > 2:3013026/1‑92 (MQ=255) aGTCATCACCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGttt > 1:3435461/1‑93 (MQ=255) 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aCCGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAg < 1:7580651/93‑1 (MQ=255) ccGGGGCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGc < 2:5349438/93‑1 (MQ=255) ggggCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCgg < 2:1113678/93‑1 (MQ=255) gggCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGc < 1:6711006/93‑1 (MQ=255) ggCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCa > 1:2707528/1‑93 (MQ=255) gCGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCaa < 1:1166276/93‑1 (MQ=255) cGGGAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCaaa < 1:7248505/93‑1 (MQ=255) gggAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAAc > 1:2076470/1‑93 (MQ=255) gggAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAAc > 1:6450401/1‑93 (MQ=255) gggAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAAc < 1:4339596/93‑1 (MQ=255) gggAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAAc > 1:4446025/1‑93 (MQ=255) gAGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAACGt > 2:5028064/1‑93 (MQ=255) aGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAACGTc < 1:3021117/93‑1 (MQ=255) aGGTTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAACGTc > 1:1603134/1‑93 (MQ=255) | GTCCGTAACCCTCTTTGCGCGCGCGCGCCAGAATGGCTTCCAGCTTTAACGGTTCCCGTGCCAGTTGATAGTCATCACCGGGGCGGGAGGCTAACATTTCGATTAATTCCTTGCGGTCTTGTTCCGGGCAAAAGGCCAGCCAGGTCAGGCCCGAGGCGGTTTTCAGAAGCGGCAAACGTC > NC_000913/367050‑367229 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |