Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,337,699 | T→C | Q3R (CAG→CGG) | yrbF ← | putative ATP‑binding component of a transport system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,337,699 | 0 | T | C | 99.7% | 1147.7 / ‑5.2 | 365 | Q3R (CAG→CGG) | yrbF | putative ATP‑binding component of a transport system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (189/175); total (189/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.99e-01 |
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
CGCGGCACGGTCAGGGAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACTGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACATATTTACAGAATATTACC > NC_000913/3337609‑3337788 | cgcgGCACGGTCAGGGAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCGCGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGc < 1:7855940/93‑1 (MQ=255) cgGCACGGTCAGGGAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTAGCCACAGACCGCTc < 2:1495233/93‑1 (MQ=255) ggCACGGTCAGGGAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCAACTAAATTCGCCACAGACCGCTcc < 1:2779476/93‑1 (MQ=255) gCACGGTCAGGGAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCa > 2:5368680/1‑93 (MQ=255) cGGTCAGGGAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATaa > 2:4180754/1‑93 (MQ=255) cGGTCAGGGAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATaa < 2:1830308/93‑1 (MQ=255) ggTCAGGGAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAAt < 1:4759686/93‑1 (MQ=255) ggTCAGGGAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAAt < 2:5053221/93‑1 (MQ=255) gTCAGGGAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAAtt > 1:5013883/1‑93 (MQ=255) gTCAGGGAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAAtt < 2:488178/93‑1 (MQ=255) tCAGGGAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTc > 1:449384/1‑93 (MQ=255) cAGGAAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACTGCTCCATAATTCa < 1:7375777/93‑1 (MQ=255) aGGGAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCAc > 2:6644160/1‑93 (MQ=255) gggAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCAcc < 1:3281051/93‑1 (MQ=255) gggAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCAcc < 1:1638821/93‑1 (MQ=255) gAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCt < 2:7269998/93‑1 (MQ=255) aaaTATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCAcccat > 1:6145000/1‑91 (MQ=255) aaaTATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCtt > 2:3382186/1‑93 (MQ=255) aaTATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTc > 2:2705009/1‑93 (MQ=255) tattatCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGt > 2:2302858/1‑93 (MQ=255) tattatCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGt < 2:3949141/93‑1 (MQ=255) attatCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTc > 1:6586735/1‑93 (MQ=255) ttatCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCt < 1:4936033/93‑1 (MQ=255) tCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGc < 2:3139619/93‑1 (MQ=255) tCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGc > 2:6289683/1‑93 (MQ=255) cGAAGATGCAGCGATTGCCAAGCGTAAAACTGACATCGCTCATATCGAATAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCTCCCTTCGTCTTGCg < 2:2981652/93‑1 (MQ=255) aaGATGCAGCGCTTGCCACGCGTAAAGCTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGtt < 2:6036300/93‑1 (MQ=255) aaGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGtt > 1:983277/1‑93 (MQ=255) aaGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGtt < 1:7091618/93‑1 (MQ=255) aGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTg < 1:4522654/93‑1 (MQ=255) aGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTg < 2:857332/93‑1 (MQ=255) gATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGa > 1:800167/1‑93 (MQ=255) gATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGa < 2:2902281/93‑1 (MQ=255) gATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGa > 2:4815680/1‑93 (MQ=255) cAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGAtttt > 2:6830238/1‑93 (MQ=255) cAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGAtttt > 1:7476216/1‑93 (MQ=255) aGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTc < 1:1339967/93‑1 (MQ=255) aGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTc > 1:5847476/1‑93 (MQ=255) cGATTGCCACGCGTACAGCTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCtc < 2:7034123/93‑2 (MQ=255) cGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTa > 2:1471583/1‑93 (MQ=255) gATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTaa > 2:6916439/1‑93 (MQ=255) aTTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAg > 1:6328127/1‑93 (MQ=255) aTTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAg > 2:3445177/1‑93 (MQ=255) ttGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGc < 1:3678957/93‑1 (MQ=255) ttGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGc > 2:529000/1‑93 (MQ=255) ttGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGc > 2:4350078/1‑93 (MQ=255) tGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCa < 2:4482344/93‑1 (MQ=255) tGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCa < 1:2104518/93‑1 (MQ=255) gCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCAt < 2:6158401/93‑1 (MQ=255) gCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCAt > 1:5214841/1‑93 (MQ=255) aCGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGgc < 1:6503071/93‑1 (MQ=255) gcgTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGgcgc > 2:6475297/1‑93 (MQ=255) gcgTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGgcgc > 2:3737242/1‑93 (MQ=255) cgTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCt < 1:1104117/93‑1 (MQ=255) tAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCa < 1:3237800/93‑1 (MQ=255) tAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCa > 1:6405423/1‑93 (MQ=255) aaaCTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAAt < 2:7929264/93‑1 (MQ=255) aaaCTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAAt < 1:3814977/93‑1 (MQ=255) cTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTa < 1:6210739/93‑1 (MQ=255) aCATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAAcc < 2:5714647/93‑1 (MQ=255) aCATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAAcc > 2:2223725/1‑93 (MQ=255) aCATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAAcc < 1:6047270/93‑1 (MQ=255) cATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCt < 2:1269291/93‑1 (MQ=255) cATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCt > 2:6369611/1‑93 (MQ=255) tCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTg < 1:1807540/93‑1 (MQ=255) gcgcATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGaa < 1:146361/93‑1 (MQ=255) cgcATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAAc < 1:6799250/93‑1 (MQ=255) gcATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAAcc > 1:4142285/1‑93 (MQ=255) gcATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAAcc > 1:5501383/1‑93 (MQ=255) cATATCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAAccc < 1:1952094/93‑1 (MQ=255) atatCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCa > 2:5639106/1‑93 (MQ=255) tatCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCaa > 2:7680200/1‑93 (MQ=255) tatCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCaa < 1:2689628/93‑1 (MQ=255) tatCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCaa > 1:2848696/1‑93 (MQ=255) tatCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCaa > 1:3138817/1‑93 (MQ=255) ttCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAAc < 1:7009177/92‑1 (MQ=255) atCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAAc > 1:2352490/1‑93 (MQ=255) tCGACTAAATTCGCCACAGACCGCTCCATAATTCGCCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACa < 1:2527829/93‑1 (MQ=255) 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ccACAGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACATATTTACAGAata < 1:4281476/93‑1 (MQ=255) ccACAGAACGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTCATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTCAAACCCAACATATTTACAGAata < 1:6916439/93‑1 (MQ=255) caGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACATATTTACAGAATATTa < 1:1244868/93‑1 (MQ=255) caGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACATATTTACAGAATATTa > 1:3919781/1‑93 (MQ=255) caGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACATATTTACAGAATATTa < 2:6688489/93‑1 (MQ=255) caGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACATATTTACAGAATATTa < 1:2255113/93‑1 (MQ=255) caGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACATATTTACAGAATATTa > 1:7186588/1‑93 (MQ=255) aGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACATATTTACAGAATATTAc > 1:5741305/1‑93 (MQ=255) aGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACATATTTACAGAATATTAc < 1:7245032/93‑1 (MQ=255) aGACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACATATTTACAGAATATTAc < 1:7670008/93‑1 (MQ=255) gACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACATATTTACAGAATATTAcc < 2:5468755/93‑1 (MQ=255) gACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACATATTTACAGAATATTAcc < 2:1061880/93‑1 (MQ=255) gACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACATATTTACAGAATATTAcc < 2:7471236/93‑1 (MQ=255) gACCGCTCCATAATTCACCCTTCGTCATGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACATATTTACAGAATATTAcc > 1:1065424/1‑93 (MQ=255) | CGCGGCACGGTCAGGGAAATATTATCGAAGATGCAGCGATTGCCACGCGTAAAACTGACATCGCGCATATCGACTAAATTCGCCACAGACTGCTCCATAATTCACCCTTCGTCTTGCGTTGATTTTCTAAGCATGGCGCTCAATTTAACCTTGAACCCAACATATTTACAGAATATTACC > NC_000913/3337609‑3337788 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |